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信息检索(214)

发表在在15卷第八名(2013): 8月

临床证据检索:PubMed和谷歌Scholar用于快速临床检索的比较

临床证据检索:PubMed和谷歌Scholar用于快速临床检索的比较

临床证据检索:PubMed和谷歌Scholar用于快速临床检索的比较

本文作者:

Salimah Z Shariff1、2 ； Shayna AD Bejaimal2 ； 杰西卡·M·森特罗普1、2 ； 亚瑟五世伊恩萨维库斯2 ； R布莱恩·海恩斯3、4 ； 马修·A·威尔2 ； Amit X Garg1 2 3
文章 作者 引用自(88) Tweetations (501) 指标

    原始论文

    1加拿大伦敦西部大学肾内科肾内科肾脏临床研究组

    2加拿大西部大学流行病学和生物统计学系，伦敦

    3.麦克马斯特大学临床流行病学和生物统计学系，汉密尔顿，加拿大

    4麦克马斯特大学医学系，汉密尔顿，安大略省，加拿大

    通讯作者:

    Salimah Z Shariff，数学学士，博士

    肾脏临床研究组

    肾脏科

    西方的大学

    800号委员路ELL-108室

    伦敦，ON, N6A 4G5

    加拿大

    电话:1 519 685 8500 ext 56555

    传真:1519 685 8072

    电子邮件:salimah.shariff@lhsc.on.ca


    背景:医生经常在PubMed上搜索信息，以指导病人的护理。最近，谷歌Scholar作为另一个免费访问的书目数据库而受到欢迎。

    摘要目的:比较PubMed和谷歌Scholar的搜索性能。

    方法:我们调查了肾内科医生(肾脏专家)，并从100篇肾治疗系统综述中为每位医生提供了一个独特的临床问题。每位医生都提供了他们将输入书目数据库的搜索词，以找到回答临床问题的证据。我们在PubMed和谷歌Scholar中执行了这些搜索，并比较了检索到的前40条记录的结果(相当于PubMed中的2个默认搜索页面)。我们评估了在PubMed和谷歌Scholar上进行的搜索的召回率(找到的相关文章的比例)和精度(相关文章与不相关文章的比例)。系统综述中纳入的初步研究作为相关文章的参考标准。我们进一步记录了相关文章是否作为免费全文提供。

    结果:与PubMed相比，谷歌Scholar的平均搜索检索到的相关文章是PubMed的两倍(PubMed: 11%;谷歌学者:22%;P<措施)。两个数据库的准确性相似(PubMed: 6%;谷歌学者:8%;P= . 07)。谷歌Scholar提供了更多的免费全文出版物(PubMed: 5%;学者:14%;P<措施)。

    结论:对于快速临床搜索，谷歌Scholar返回的相关文章是PubMed的两倍，并提供更多的免费全文文章。

    中国医学杂志，2013;15(8):e164

    doi: 10.2196 / jmir.2624

    关键字

    信息传播/方法； 信息存储与检索； 医疗； 图书馆学； PubMed； 谷歌学者； 肾脏学


    随着现有健康信息的爆炸式增长，医生越来越依赖书目数据库的健康信息来指导病人的护理。不幸的是，医生在试图找到他们需要的信息时面临挑战。他们缺乏时间制定有效的搜索策略，经常检索大量不相关的文章[1-9］．此外，许多书目资源需要付费订阅，这进一步限制了对当前最佳证据的访问。

    PubMed和谷歌Scholar这两个在线资源在全世界都可以免费获取。PubMed仍然是使用最广泛的医学文献资源[10］．最近，谷歌Scholar作为一种可供选择的在线书目搜索资源而广受欢迎[11-21］．对比了谷歌Scholar和PubMed中可用的搜索特性表1．PubMed只索引同行评审的生物医学文献，谷歌Scholar也索引来自各种学科和来源的文章、论文、书籍、摘要和法院意见，包括学术出版商、专业协会、在线存储库、大学和其他网站[22］．当PubMed以大致倒序的时间顺序对文章排序时，谷歌Scholar的目标是使用一种专有算法对文章的相关性进行排序，该算法权衡了每篇文章的全文、作者和期刊信息，以及文章在其他学术文献中被引用的次数。卡塔尔世界杯4强波胆分析在PubMed的2100万条记录中，只有一小部分可以通过PubMed Central或特定期刊获得免费全文出版物。相比之下，由于其扩展的搜索功能，谷歌学者可以提供更多的免费全文出版物。到目前为止，谷歌Scholar与PubMed相比，在检索相关原始文献以回答临床问题方面的效用还没有得到充分的测试。

    在本研究中，我们比较了PubMed和谷歌Scholar检索肾内科医生为解决肾治疗问题而创建的相关肾文献的能力。肾脏文献分散在400多种多学科期刊上，肾病学家很难找到;因此，这门学科为这种类型的评估提供了一个理想的模型[23］．

    表1。搜索功能可在PubMed和谷歌学者。
    功能 PubMed 谷歌学者
    搜索



    		允许使用布尔术语(AND, OR, NOT) 是的 是的

    		提供搜索限制(例如，年龄、出版类型、日期) 是的(广泛) 是的(非常有限)

    		提供搜索过滤器的使用，将搜索结果限制在特定的临床研究类别或主题(例如，临床查询，特定主题查询) 是的 没有

    		允许使用截断(在PubMed中输入星号“*”来包含多个开头或结尾-例如，cardio*) 是的 否(自动搜索单词中的差异)

    		允许使用受控词汇表(例如，MeSH术语) 是的 没有

    		提供搜索词的拼写检查 是的 是的

    		存储搜索历史 是的 没有

    		根据相关性对结果进行排序 没有 是的
    获取文章



    		指示文章是否作为免费全文提供 是的 是的

    		允许链接到机构订阅访问(例如，链接到大学图书馆) 是的 是的
    其他服务



    		允许文章引用被导入书目管理器(例如，引用管理器) 是(可以导入多个选定引用) 是(一次只能导入一个引用)

    		追踪文章被其他出版物引用的次数 是的(只针对PubMed Central的期刊) 是的

    		算法在搜索时也会搜索出版物的全文 没有 是的

    		为预先指定的搜索提供电子邮件警报 是的 是的(2010年引入)

    		允许用户查看感兴趣的文章的相关文章 是的 是的

    		来源列出所有期刊及其出版日期，包括在他们的数据储备。 是的 没有

    临床问题和相关文章

    我们从2001年至2009年发表的100篇高质量肾治疗系统综述的目标声明中提取了100个临床问题。我们在2009年11月通过选择选项查看肾脏学科的所有综述，从证据更新服务中确定了系统综述;我们的搜索产生了207篇系统评论。该服务对符合严格方法学标准并具有较高临床相关性的系统评价和荟萃分析进行预筛选和识别[24，25］．两名肾内科医生使用先前开发的检查表独立确认，每一篇文献均针对与成人肾内科护理相关的单一临床问题(kappa=0.98) [26]并包括至少两项初步研究。分歧通过讨论解决;100篇文献符合纳入标准(见图1对于选择评论的过程)。我们将每次综述的目标陈述转化为一个临床问题(见多媒体附件1有关提出的问题和收到的搜索查询的样本)。例如，一篇综述的目的是“评估生理盐水与碳酸氢钠在预防造影剂肾病方面的有效性”。我们将这一陈述转化为临床问题:“生理盐水与碳酸氢钠在预防造影剂肾病方面的效果如何?”“(27］．我们提取了每篇综述中所引用的符合纳入资格标准的主要研究的引文。这些引文作为相应临床问题的一套相关文章(也称为“参考标准”)。这些评论平均引用了19篇文章，在所有评论中总共引用了1574次。

    ‎
    图1。选择系统评价的过程。
    查看此图

    数据收集和测量

    我们调查了在加拿大执业的肾病学家的简单随机样本(反应率75%)。调查详情可在别处查阅[28，29］．简单地说，我们询问了肾脏学家关于他们收集信息的做法。此外，我们为每位肾科医生提供了一个独特的、随机选择的、以治疗为中心的临床问题，这些问题来自肾脏系统回顾。肾内科医生提供搜索词，他们将输入文献资源检索相关研究，以解决临床问题(称为“搜索查询”)。调查采用迪尔曼定制设计方法进行设计和管理[30.］．抽样框架由在加拿大执业的肾病学家组成，包括学术(在一个有奖学金培训计划的中心执业)和社区肾病学家。使用随机数发生器从采样框架中选择肾病学家;每次选择一名肾病学家，随机分配一个临床问题。一旦选定的肾内科医生被认为是无应答的，相同的临床问题被分配给另一个肾内科医生。此外，在收到完整的调查问卷后，如果受访者没有对临床问题提供搜索查询，则对新的参与者重新进行相同的调查。调查管理继续进行，直到100个问题中的每一个都收到一个有效的搜索查询。共收到115份调查回复，其中15份因搜索查询缺失或难以辨认而被排除在进一步分析之外(n=8)，或因为在医生被视为无回复后收到调查(n=7)。

    为了比较PubMed和谷歌Scholar供执业医生使用的性能，我们在PubMed和谷歌Scholar中使用所有默认设置执行了每个医生提供的搜索查询。偶尔，医生会提供拼写错误的搜索词、首字母缩写或其他不一致之处。为了解决这个问题，使用预先指定的规则(列在多媒体附件2)．会议一式两份，分歧以协商一致方式解决。所有的搜索都是在2010年5月到7月之间进行的。我们将每次搜索限制在每次系统综述的方法部分中提供的搜索日期。对于每个搜索结果，我们计算检索到的记录总数、检索到的相关文章数量以及相关记录在搜索结果中的位置。对于每一篇相关文章，我们都遵循了全文访问的所有链接，并记录了全文版本是否可以免费检索。我们没有使用任何付费特权访问。为了确保我们在搜索时不会无意中使用我们机构的许可，所有搜索都是在一台由本地服务提供商而不是我们机构提供的互联网访问的计算机上进行的。我们在试点阶段测试并验证了我们的搜索方法。两名评审员(计算机科学和生物医学专业的研究生)分别在PubMed和谷歌Scholar上进行了10次搜索，并达成了99%的一致性。

    内容覆盖

    为了评估由于一个源中缺少文章而导致的潜在偏差，我们评估了每个数据库的内容覆盖率。内容覆盖率分析确定是否在特定的书目数据库中包含相关文献[31］．在搜索PubMed这样的数据库时，没有找到重要文章有两个潜在的原因:感兴趣的文章没有包含在数据库的内容库中(称为缺乏内容覆盖)，或者文章是存在的，但当搜索短语输入到数据库中时，搜索机制无法检索到它。为确定内容覆盖率，我们使用其他覆盖率研究中概述的高级搜索策略搜索每篇主要文章[32，33］．这涉及到手稿标题(英语和非英语)、作者姓名、期刊标题、页码和出版年份的各种组合。我们选择了候选匹配的所有链接以确认匹配。在谷歌Scholar中，查看候选文章的所有版本的选项总是被选中，并且尝试了所有链接。如果在某个资源中没有找到主要的文章，则由另一个评分者执行进一步的搜索，以确认其不存在。我们之前发表了一篇应用相同方法的肾脏文献的更全面的内容覆盖分析[34］．

    一般统计分析策略与样本量

    主要分析

    检索最突出的两个性能指标是查全率和查准率(表2)．我们的调查结果表明，80%的肾内科医生浏览的搜索结果不超过40个，这相当于PubMed上默认的2个搜索页面[28］．因此，对于初级分析，我们计算了每次搜索中前40条检索记录的召回率和精度。我们用的是双面配对t测试比较PubMed和谷歌Scholar之间的搜索结果。为了降低I型错误的风险，我们采用了保守的方法P0.025表示所有比较的显著性。我们使用SAS, Version 9.2进行所有统计分析。

    二次分析

    我们在只考虑可免费获取的相关文章的情况下，重复了召回率的计算。对于每个医生生成的搜索，我们还计算了所有检索记录的召回率和精度(不仅仅是前40条)。

    表2。计算搜索召回率的公式一个和精度b ．
    在PubMed或谷歌Scholar中搜索临床问题 相关的文章c Nonrelevant文章
    文章发现 TP 《外交政策》
    找不到文章 FN TN

    一个搜索查全率TP/(TP + FN):相关文章被搜索到的数量占相关文章总数的比例。

    b搜索精度TP/(TP + FP)(在诊断测试术语中也称为阳性预测值):相关文章被找到的数量占所找到文章总数的比例。

    c对于每个检索，相关文章的集合是原始系统综述中包含的主要研究，临床问题就是从这些研究中得出的。

    肾病学家和搜索特征

    参与研究的肾内科医生平均年龄为48岁，从事肾内科工作的平均时间为15年。所有受访者在前一年都使用了在线资源来指导患者的治疗。大约90%的人使用PubMed进行搜索，40%的人使用谷歌Scholar;32%的人同时使用书目资源。肾脏学家提供的搜索平均包含三个概念术语，每个术语都包含一个概念，例如心肌梗死。48%的肾病学家在他们的搜索中使用布尔术语，如AND, OR和NOT。7%的搜索包含高级搜索功能，如搜索限制、搜索过滤器和截断(在PubMed中输入星号“*”可以包含多个结尾，例如，nephr*)。年龄较大的肾内科医生与年龄较小的肾内科医生、男性与女性、学术实践与社区实践的肾内科医生进行的搜索没有发现实质性差异。

    内容覆盖

    PubMed和谷歌Scholar在他们的数据库中包含了类似比例的测试文章:它们都包含了收集到的1574篇独特引用的78%。谷歌Scholar收录了另外5%未被PubMed收录的文章，PubMed收录了另外2%未被谷歌Scholar收录的文章;两种来源都有15%的文章缺失。

    主要分析

    谷歌Scholar在前40条记录中检索到的相关文章是PubMed的两倍(平均召回率:21.9% vs 10.9%;表3)．两个数据库的精度相似。当我们把这两个指标放在一起考虑时，谷歌Scholar在77%的搜索中表现出更好的查全率和相似的准确性。

    二次分析

    谷歌Scholar免费全文访问相关文章的检索量是PubMed的三倍(平均召回率:15% vs 5%;P< 0.001;表3)．在检查所有记录(不仅仅是前40条记录)时，PubMed和谷歌Scholar检索了类似数量的相关文章，尽管谷歌Scholar继续提供更多的免费全文出版物访问。总的来说，与PubMed相比，谷歌Scholar每次搜索检索到的记录更多(中位数:分别为1000条和148条)。这导致谷歌Scholar在考虑所有检索文章时，搜索精度较低。

    表3。在PubMed和谷歌Scholar中测试了医生搜索的召回率和准确性(在前40次引用中，PubMed发现54%的搜索没有相关引用，谷歌Scholar发现21%的搜索没有相关引用)。
    测量一个 前40次引用以内 所有引用
    意思是,%b(SDc） P价值d 意思是,%b(SDc） P价值d
    回忆

    		<措施
    		.10

    		PubMed 10.9 (20)
    		38.0 (33)

    		谷歌学者 21.9 (24)
    		43.2 (29)
    免费全文检索 <措施
    		<措施

    		PubMed 4.7 (11)
    		16.4 (20)

    		谷歌学者 14.6 (20)
    		25.1 (23)
    精度

    		07
    		<措施

    		PubMed 5.6 (11)
    		6.0 (11)

    		谷歌学者 7.6 (7)
    		0.8 (0.8)

    一个测量公式:(1)召回率:(检索到的相关文章数)/(可检索的相关文章总数);(2)免费全文查全率:(检索到的可免费全文查看的相关文章数)/(检索到的相关文章总数);(3)精度(检索到的相关文章数)/(检索到的总引用数)。

    b值表示100次搜索结果的平均值。

    cSD =标准差。

    dP值比较PubMed与谷歌学者使用配对t测试;当使用非参数Wilcoxon符号秩检验时，显著性值保持相似。

    主要研究结果

    肾脏学家越来越多地依赖在线文献数据库来指导病人的护理。由于大多数肾科医生查看的搜索结果少于40个，如果没有包含在这个狭窄的窗口内，重要的文献将会被错过[28］．对于我们的主要目标，我们比较了PubMed和谷歌Scholar在前40条记录中检索相关肾脏文献的能力。我们发现谷歌Scholar检索到的相关文章是pubmed的两倍，是免费全文访问的相关文章的三倍。这些结果并非由于内容覆盖率的差异，因为78%的测试文章可在两个数据库中获得[34］．相反，谷歌Scholar性能的提高可能源于其基于相关性对结果进行排名的方法。然而，当考虑到所有的搜索结果(不仅仅是前40条记录)时，谷歌Scholar和PubMed之间的召回率相似，而精度则更倾向于PubMed。

    尽管许多学者看到了谷歌Scholar的价值，但医生们对它的接受速度却很慢[11-21，35-40］．与谷歌Scholar不同，PubMed提供与医生直接相关的索引内容，包括临床控制词汇(MeSH[医学主题标题])、搜索限制(如按年龄或研究类型限制文章)，以及访问特定学科和方法搜索过滤器[24，41-43］．这些高级特性有可能减少检索到的不相关文章的数量。然而，在这项研究中，只有7%的受访者在搜索中使用了这些功能。77%的肾内科医生报告说以前使用过搜索限制，只有37%的人使用受控词汇表，只有20%的人使用PubMed的临床查询功能等过滤器[28，29］．PubMed搜索从生物医学期刊中检索已发表的文献，谷歌学者搜索从一系列学科中检索已发表和未发表的文献。这可能解释了每次搜索发现的总体记录数量更大的原因(谷歌Scholar的中位数为1000,PubMed的中位数为148)。

    谷歌Scholar提供了更大的免费全文文章访问权限。考虑到发展中国家的医生和机构可能缺乏维持期刊订阅所需的资源，这是值得注意的。即使在发达国家，人们也能感受到为知识付费的负担。一些学术数据库和期刊已经将大学订阅费提高了400%。这促使一所加拿大大学图书馆取消了对Web of Science书目数据库的订阅访问，理由是“具有挑战性的财政环境”是主要原因[44-46］．

    我们的发现与以前的研究一致[12，14，15，20.，21］．在呼吸护理、肉瘤、药物治疗和家庭医学的目标领域的初步测试中，谷歌Scholar与PubMed相比，具有更好的全面性(召回率)，但效率(精确度)较差。在我们的研究中，当我们考虑所有检索到的记录，而不仅仅是前40个记录时，也看到了类似的结果。然而，以前的研究只测试了少量的搜索(范围:1-22)，而目前的研究有100次搜索。此外，在以前的研究中使用的搜索查询是由研究人员在理想化的环境中创建和测试的，这可能不适用于在繁忙的临床环境中由医生生成的搜索。

    我们遵循了信息检索领域搜索数据库评估的建议，并设计了我们的研究，以改进以往研究的局限性[47，48］．为了确保所测试的临床问题与执业肾内科医生相关，我们使用肾系统回顾收集问题，这些问题针对患者护理中存在不确定性的问题。为了确保综述中的所有文章都与临床问题相关，我们选择了仅指定一个目标的系统综述。最后，为了最大限度地提高外部有效性，我们使用了一项调查来获得由执业肾病学家创建的搜索结果。我们的调查获得了75%的回复率，这些回复率来自在社区和学术环境中执业的较新的和经验丰富的肾病学家[28］．

    限制

    我们的研究有一些局限性。我们没有直接观察肾病学家搜索。忙碌的临床医生在调查中报告的搜索词与他们实际输入的搜索词之间可能存在差异[37］．根据推荐，我们使用高质量系统综述中包含的主要研究来定义相关性[14，20.，49-54］．通过使用这种方法，我们无法纳入其他一些医生可能认为相关的文章(例如，方法学质量较低的研究、叙述性评论、病例报告、评论)。然而，我们的方法采用了被广泛接受的证据层次原则，以确定在搜索中检索的最重要的主要文章。出于可行性考虑，我们的研究集中在治疗问题上。随着更多关于诊断、预后和病因学的系统综述的发表，我们将能够扩展这项研究，以测试对这些类型研究的搜索。我们的研究测试了医生提供的搜索，这可能是最初的搜索;然而，在实践中，不满意的搜索可能会再次尝试或根据所获得的结果进行修改。然而，我们的结果表明，谷歌Scholar可以改善肾内科医生的初始搜索，从而节省宝贵的临床时间。考虑到调查的性质，我们不确定肾脏学家采取了多少步骤来完善他们的搜索，未来的研究应该探索这一点。尽管谷歌Scholar检索到的相关文章是PubMed的两倍(前40次引用)，但80%的相关文章都没有被任何一个来源检索到。 Improved methods to efficiently retrieve relevant articles for clinical decision making requires further development and testing. Future research might also evaluate the effectiveness of strategies that apply relevance-based ranking to PubMed results on physician searches [55］．

    结论

    总之，对于快速临床搜索，谷歌Scholar返回的相关文章是PubMed的两倍，并提供了更多的免费全文。临床医生改进搜索有可能加强研究向实践的转移，并改善患者护理。未来的研究应该在其他医学学科中证实这些结果。

    致谢

    这项研究的资金来自“内科医生服务公司”。基金会”。Shariff博士获得了加拿大卫生研究院(CIHR)博士研究奖和西安大略大学Schulich医学研究奖学金的支持。Garg博士获得了CIHR颁发的临床科学家奖的支持。

    利益冲突

    没有宣布。

    ‎

    多媒体附件1

    被调查者选择的系统评论和检索查询的样本。

    PDF档案(adobepdf档案)，185KB
    ‎

    多媒体附件2

    在PubMed和谷歌Scholar中用于语法改进医生搜索的规则。

    PDF档案(adobepdf档案)，257KB
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    G·艾森巴赫(G Eysenbach)编辑;提交18.03.13;N Allen, D Perez-Rey, A Manconi的同行评议;对作者04.05.13的评论;订正版本收到16.05.13;接受11.06.13;发表15.08.13

    版权

    ©Salimah Z Shariff, Shayna AD Bejaimal, Jessica M Sontrop, Arthur V Iansavichus, R Brian Haynes, Matthew A Weir, Amit X Garg。最初发表于《医疗互联网研究杂志》(//www.mybigtv.com)， 2013年8月15日。

    这是一篇开放获取的文章，根据创作共用署名许可(http://creativecommons.org/licenses/by/2.0/)的条款发布，允许在任何媒介上无限制地使用、分发和复制，前提是正确引用最初发表在《医学互联网研究杂志》上的原创作品。必须包括完整的书目信息，//www.mybigtv.com/上的原始出版物的链接，以及此版权和许可信息。
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