JPH JMIR公共卫生监测 JMIR公共卫生和监视 2369 - 2960 卡塔尔世界杯8强波胆分析 加拿大多伦多 v8i11e36424 36240022 10.2196/36424 原始论文 原始论文 人群水平SARS-CoV-2周期阈值与COVID-19感染趋势的关系:纵向研究 Mavragani 孤挺花 Eysenbach 冈瑟 Yousefi 马哈茂德 Mahmoodi Marziyeh Mahmoodi Marziyeh Dehesh 帕利亚 兽医学博士博士学位 1 https://orcid.org/0000-0002-5061-9448 Baradaran 哈米德•雷扎 医学博士 1 2 https://orcid.org/0000-0002-5070-5864 Eshrati Babak 医学博士 1
流行病学系 公共卫生学院 伊朗医科大学 Hemmat高速公路 德黑兰1449614535 伊朗 98 9183616737 babak.eshrati@gmail.com
3. https://orcid.org/0000-0001-5999-7173
Motevalian 赛义德阿巴斯 医学博士 1 https://orcid.org/0000-0002-0404-4495 萨利希 Masoud 博士学位 4 https://orcid.org/0000-0001-9485-8371 Donyavi Tahereh 医学博士 5 https://orcid.org/0000-0002-8502-2780
流行病学系 公共卫生学院 伊朗医科大学 德黑兰 伊朗 老化临床与实验研究小组 应用健康科学研究所 阿伯丁大学 阿伯丁 联合王国 预防医学与公共卫生研究中心 德黑兰 伊朗 生物统计系 公共卫生学院 伊朗医科大学 德黑兰 伊朗 生物技术系 联合医学学院 伊朗医科大学 德黑兰 伊朗 通讯作者:Babak Eshrati babak.eshrati@gmail.com 11 2022 8 11 2022 8 11 e36424 14 1 2022 18 5 2022 30. 5 2022 11 10 2022 ©Paria Dehesh, Hamid Reza Baradaran, Babak Eshrati, Seyed Abbas Motevalian, Masoud Salehi, taherh Donyavi。最初发表于JMIR公共卫生和监测(https://publichealth.www.mybigtv.com), 2022年11月8日。 2022

这是一篇根据创作共用署名许可协议(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)发布的开放获取文章,允许在任何媒介上不受限制地使用、分发和复制,前提是正确引用了首次发表在JMIR公共卫生和监测上的原创作品。必须包括完整的书目信息,https://publichealth.www.mybigtv.com上的原始出版物的链接,以及此版权和许可信息。

背景

人群水平实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)循环阈值分布作为病毒载量的代理,可能是预测COVID-19动态的有用指标。

客观的

本研究的目的是确定平均Ct值的日变化趋势与COVID-19动态之间的关系,计算方法为按年龄划分的每日新冠肺炎住院人数、每日新增阳性检测人数、每日新冠肺炎死亡人数。我们进一步试图确定这些数据序列之间的滞后。

方法

本研究的样本收集于2021年3月21日至2021年12月1日。记录所有转到伊朗德黑兰医学科学大学分子诊断实验室进行RT-PCR检测的患者的每日Ct值。从伊朗德黑兰省COVID-19患者信息登记系统中提取每日阳性检测数和按年龄分组的住院患者数。对时间序列变量建立了自回归综合移动平均(ARIMA)模型。然后进行交叉相关分析,以确定平均日Ct值与其他COVID-19动态相关变量之间的最佳滞后和相关性。最后,将通过互相关确定的最佳Ct滞后作为协变量纳入外生变量自回归综合移动平均(ARIMAX)模型计算系数。

结果

日平均Ct值与日新住院人数呈显著负相关(23天时间延迟)。 P=.02), 30天时间延迟,每天新增阳性检测数( P=.02),以及COVID-19每日死亡人数( P= .02点)。延迟30天的日平均Ct值可能会影响COVID-19每日阳性检测次数(β= -16.87, P<.001)和COVID-19日死亡人数(β= -1.52, P= 03)。Ct滞后(23天)与COVID-19住院次数之间存在显著相关性(β= -24.12, P= .005)。交叉相关分析显示,平均Ct值与18-59岁住院患者日均Ct值存在明显的时间延迟(23天时间延迟, P=.02)和60岁以上的患者(23天时间延迟, P<措施)。5岁以下每日住院人数(9天时间延迟、 P=.27),年龄5-17岁(延时13天, P=点)。

结论

对于COVID-19监测来说,找到一个可以预测社区疫情激增的良好指标非常重要。我们的研究结果表明,延迟30天的平均日Ct值可以预测COVID-19阳性确诊病例数量的增加,这可能是卫生系统的一个有用指标。

周期阈值 新型冠状病毒肺炎 趋势 监测 流行病学 疾病监测 监测 数字监控 预测模型 流行病建模 卫生系统 传染性疾病
简介

冠状病毒是人畜共患病原体,可在获得特定突变后传播给人类[ 1].新型冠状病毒主要通过呼吸道飞沫传播。虽然也有眼分泌物和口粪传播,但这些传播方式仍不确定[ 2 3.].

采用实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测全球呼吸道样本中的SARS-CoV-2,作为常规监测手段。RT-PCR检测对诊断COVID-19具有较高的敏感性和特异性,比病毒培养方法周转时间更快;因此,该检测已成为诊断COVID-19的主要方法。RT-PCR对病毒载量有定性和定量的结果[ 4].RT-PCR循环阈值(Ct)被确定为检测样品中靶基因所需的扩增循环数[ 5].Ct值是RT-PCR的半定量结果,反映了样本中病毒核酸的数量,可作为病毒载量的代理,有助于疫情控制的决策。Ct值与病毒载量呈反向关系,Ct值每增加3.3,病毒载量下降10倍[ 6];病毒负担最高的时候是出现疾病症状的第一天[ 7].COVID-19 RT-PCR检测阳性结果的Ct值低于推荐临界值。在美国,美国食品和药物管理局将Ct值<37视为COVID-19阳性结果的临界值[ 8].在Ct值<25的样本中,70%以上的样本可以培养SARS-CoV-2,而Ct值为>35的样本中,只有3%的样本可以培养[ 9].多项研究报道,Ct值也与疾病严重程度和死亡率有关,症状较严重的患者Ct值较低[ 5 10- 12].此外,因COVID-19死亡的住院患者Ct值较低[ 13].一项系统综述显示,住院患者Ct值与疾病严重程度显著相关,而非住院患者Ct值与疾病严重程度不相关[ 5].Ct值在个体水平上用于疾病预后或治疗计划的研究存在争议。Ct值可能因不同实验室的采集方法而有所不同[ 14]或选择用于RT-PCR的靶基因[ 15].此外,RT-PCR检测可以检测到任何病毒物质,无法区分活病毒和病毒碎片,病毒碎片可能会在超过感染性的时间内长期存在[ 12].

据我们所知,很少有研究研究使用人群水平的Ct值作为衡量社区COVID-19动态的指标。由于Ct值与疾病严重程度和传染性有显著关系,人群每日检测样本的平均Ct值越高,可能预测社区的疫情增长。海等[ 16]分析了模拟和监测数据,发现Ct值在人群中所占比例的降低可能会导致局部传播增加或增加新的患者数量[ 16].此外,Ct中值可能是预测大流行激增的有效措施。

为了解决这些问题,本研究旨在确定每日平均Ct值与COVID-19动态之间的关系,包括每日新冠肺炎住院人数、每日新增阳性检测人数、每日新冠肺炎死亡人数以及按年龄划分的新冠肺炎住院人数。我们进一步的目的是确定这些序列之间的滞后。

方法 样品和RT-PCR

本研究的样本收集于2021年3月21日至2021年12月1日。纳入标准是从疑似感染COVID-19的个人身上获得的样本,并被转介到伊朗德黑兰的一个实验室以确认诊断。记录所有转到实验室进行RT-PCR检测的患者的每日Ct值结果。从伊朗德黑兰省COVID-19患者信息登记系统中提取9个月的每日阳性病例数和按年龄组划分的住院人数。

本研究包括上呼吸道样本(包括鼻咽和前鼻孔拭子样本),使用无菌涤纶薄拭子(塑料或铝柄)作为主要测试样本。样本由医生、护士、实验室专家和其他经过足够培训和经验的工作人员收集。所有生物样本都被送往伊朗德黑兰的伊朗医学大学分子诊断实验室。所有样品均采用Pishtazteb One-step RT-PCR COVID-19试剂盒(双靶基因诊断)进行分析,RNA提取采用Zybio核酸提取试剂盒(磁珠法)进行。为确认诊断,靶基因为SARS-CoV-2核衣壳基因和RdRp基因[ 17].对每个样本,记录Ct值。记录RT-PCR检测阳性且Ct值≤37的样本,测定每日平均Ct值。

统计分析 概述

对所有转介到实验室的患者的每日Ct中位数以及按年龄组划分的每日COVID-19住院患者数量随时间的变化进行绘制。采用自回归综合移动平均(ARIMA)和外生变量自回归综合移动平均(ARIMAX)模型,确定伊朗德黑兰省每日平均Ct值与每日COVID-19住院人数、每日COVID-19死亡人数和每日阳性检测人数之间的显著相关性。

ARIMA模型

时间序列分析适用于处理具有时间趋势的一组数据[ 18].Box-Jenkins时间序列方法,特别是ARIMA模型,是自相关数据时间序列分析的最佳方法之一[ 19],如每日平均Ct值。在自回归模型中,结果(Yt)是前几个值的线性函数,是一个随机分量。非季节性ARIMA模型参数为( P d q),其中 p为自回归阶数(AR), d趋势的程度是不同的,和为移动平均(MA)阶。要进行时间序列分析,首先需要检查均值和方差的稳定性。为此,我们采用了增强迪基-富勒检验[ 20.]用于检验均值的稳定性,Box-Cox检验用于检验方差的稳定性。对数变换和微分分别用于建立方差和均值的稳定性。首次差可表示为:

Y 't= Yt可能是t - 1 (1)

在Yt表示非平稳时间序列数据,Y 't为首次差分后的时间序列。如果时间序列具有季节性趋势,则使用季节差异来稳定该序列。AR参数 p表示时间序列Y的当前值的线性相关关系t用之前的值Yt - 1Y2,……和当前残差εt 21].MA参数表示时间序列Y的当前值的线性相关关系t利用时间序列ε的当前残差和先前残差tt - 1,…… 22].AR的一般公式( p)及文学硕士()模型分别用式(2)和式(3)表示:

欧美= C +β1Yt - 12Y2+……+βpYt-n +εt (2)

欧美= C +εt——ϕ1εt - 1——ϕ2ε2…-ϕεt-q (3)

其中C是常数;β12,…,βp为AR模型术语;和ϕ12,…,ϕ为MA模型项。通过自相关函数和偏自相关函数确定AR和MA参数的个数。

ARIMA模型的一般形式可以写成:

Y 't= C +β1Yt - 12Y2+……+βpYt - p1εt - 12ε2+……+ϕεt-qt... (4)

开发ARIMA模型的四个主要步骤包括检查均值和方差稳定性(见表S1) 多媒体附件1),以及识别 p而且条款(见 多媒体附件1).

模型参数估计

模型参数采用最大似然法。为了确定最佳ARIMA模型,在通过残差检验(方差正态性和稳定性)的模型中,选取贝叶斯信息准则(BIC)和赤池信息准则(AIC)最低的模型作为最终模型。BIC和AIC公式表示如下:

BIC = -2. ln ( l) + k.ln(米) (5)

AIC = 2 k-2ln ( l (6)

其中m是观测数据的数量,k是模型中参数的总数,ln( l)为似然函数。

建立ARIMA模型,将日平均Ct值、日新型冠状病毒肺炎住院人数、日新增阳性检测人数、日新型冠状病毒肺炎死亡人数、日新型冠状病毒肺炎住院人数作为时间序列。中描述了ARIMA模型的详细推导方法 多媒体附件1

互相关函数

采用互相关函数评价日平均Ct值与每日新冠肺炎住院人数、每日新增阳性检测人数、每日新冠肺炎死亡人数、按年龄分组的新冠肺炎住院人数之间的时间延迟。采用之前拟合的ARIMA模型对独立变量(日平均Ct值)和因变量(每日COVID-19住院人数、每日新增阳性检测人数、每日COVID-19死亡人数、按年龄划分的COVID-19住院人数)进行预处理。互相关系数的数学表示如下:

rαβ k = C αβ(k)/ 年代α年代β (7)

其中C αβ(k)预处理后的输入时间序列与预处理后的输出时间序列在滞后时的协方差值是多少 k预处理输入时间序列的标准差值,和是预处理输出时间序列的标准差值[ 23].采用Schwarz Bayesian信息准则(SBIC)、Hannan-Quinn信息准则(HQIC)和AIC三个指标选择最佳滞后。

SBIC = log (n) k-2 log (L(θ̂)) (8)

HQIC = 2 ln (L(θ̂))+ 2 klog (logn) (9)

式(8)和式(9)中,n为样本量,k为估计参数的个数,θ为所有参数值的集合,L(θ)为模型的似然值。

ARIMAX模型

ARIMAX模型是对ARIMA模型的扩展,增加了一个解释性自变量。ARIMAX模型是多元回归分析与时间序列分析相结合的模型;因此,可以确定Ct值的不同滞后与其他研究变量之间关系的影响因子。ARIMAX模型公式如下:

Ytx (t) +α=β1Yt - 12Y2+……+αpYt - pt——ϕ1εt - 12ε2+……+ϕεt-qt... (10)

其中x(t)是时刻t的自变量,β是其相关系数。Yt - 1)Y……t−p前一个值是因变量,εt…εt-q是时间序列的残差。确定x的滞后之间的关联和关联系数t + m时间序列和Y序列t,采用ARIMAX模型。使用互相关函数来寻找x之间的线性相关关系t + m和Yt对于不同的滞后,这可以帮助找到可能用于预测因变量的自变量的最佳滞后[ 24].将相关函数选取的Ct值滞后值作为协变量,与每日新冠肺炎住院人数、每日新增阳性病例数、每日新冠肺炎死亡人数、按年龄划分的新冠肺炎住院人数等因变量一起纳入ARIMAX模型。参数估计采用极大似然法。应用Ljung-Box Q检验来评估残差序列的白噪声。数据采用Stata 14版软件进行分析。 图1给出了建立最佳ARIMAX模型的步骤。

建立最佳ARIMAX模型的步骤。ACF:自相关函数;AIC:赤池信息准则;ARIMA:自回归综合移动平均;ARIMAX:带外生变量的自回归综合移动平均;BIC:贝叶斯信息准则;PACF:偏自相关函数。

道德的考虑

由于本研究未使用个人数据,因此不需要正式的伦理评估或知情同意。该研究得到了伊朗医学科学大学伦理委员会的批准(伦理代码:IR.IUMS.REC.1400.799)。

结果 评价结果

表1显示分析中包含的研究变量的描述性统计数据。Ct值的最小值与2021年4月11日有关,住院患者的最大频率与2021年8月23日有关。在过去9个月里,有80882份COVID-19阳性检测报告提交给伊朗德黑兰伊朗医学科学大学分子诊断实验室。

图2为Ct值的时间变化趋势,以及9个月来住院人数、阳性检测人数、新冠肺炎死亡人数、5岁以下住院人数、5-17岁住院人数、18-59岁住院人数、60岁以上住院人数的变化趋势。与先验假设相似,日平均Ct值与每日住院人数、每日新冠肺炎检测阳性次数(有时间延迟)、每日新冠肺炎死亡人数、各年龄组每日住院人数呈负相关。如 图2,平均日Ct值与每日COVID-19住院患者数、每日COVID-19阳性检测数和每日COVID-19死亡人数之间存在约28-32天的时间延迟。

研究变量的描述性统计。

变量 最大 最低 意思是(SD)
因变量:周期阈值 24.87 15.83 19.89 (1.33)
独立变量
住院人数 763 47 310.65 (260.259)
阳性检测数量 925 42 396.48 (211.05)
COVID-19死亡人数 72 0 15.98 (24.57)
5岁以下住院患者人数 58 0 16.514 (10.23)
5-17岁住院人数 41 1 12.35 (6.78)
18-59岁住院人数 444 12 155.94 (91.61)
60岁以上住院患者人数 330 3. 123.58 (63.37)

9个月周期阈值(Ct)及其他研究变量的变化趋势。

研究变量的ARIMA模型

表2显示了研究变量的最佳ARIMA模型。与其他模型相比,ARIMA(1,0,1)模型的日平均Ct值表现最佳,BIC值、日住院人数、日阳性检测次数均最低。ARIMA(1,0,2)模型是COVID-19日死亡人数的最佳模型。所有模型均具有最少的显著估计参数,残差分析显示使用AIC所选ARIMA模型具有良好的拟合(方差的正态性和稳定性)。研究变量中没有季节性模式。ADF检验用于评估均值稳定性,Box-Cox检验用于检验方差的时间序列稳定性。日住院人数按年龄划分的时间序列方差不稳定,故对该变量进行对数变换。

采用贝叶斯信息准则(BIC)和赤池信息准则(AIC)对自回归综合移动平均(ARIMA)模型进行优选。

变量 华宇电脑 日志的可能性 另类投资会议 BIC
周期阈值 (1,0, - 1)一个 -355.99 702.38 716.42
住院人数 (1,0, - 1) -1553.31 -1231.24 -1220.61
COVID-19检测阳性数量 (1,0, - 1) -1198.16 2494.99 2827.07
COVID-19死亡人数 (1 0 2) -933.16 1876.33 1893.88
5岁以下住院患者人数 (1,0, - 1) -905.64 481.26 494.797
5-17岁住院人数 (1,0, - 1) -819.80 393.80 407.322
18-59岁住院人数 (1,0, - 1) -1401.00 374.58 384.72
60岁以上住院患者人数 (1,0, - 1) -919.60 397.41 407.55

一个括号中的数字表示参数( p d),其中 p是自回归的阶数, d趋势的程度是不同的,和是移动平均的顺序。

互相关分析

图3为研究变量与Ct值之间的交叉相关。在该图中,不考虑负滞后,因为负滞后表明研究变量可能在以后的时间点影响某一时期的平均Ct值;因此,用正滞后来表示未来Ct值对研究变量的影响。在预处理后的输入和输出序列之间执行互相关函数。 表3显示Ct值与研究变量之间的最佳滞后差。采用AIC、SBIC、HQIC等指标对所选滞后进行检验。没有统计学意义(所有 P平均Ct值与每日5岁以下住院人数和5-17岁住院人数之间的滞后(时间延迟)>.05)。然而,平均Ct值与住院患者数量之间存在显著23天的滞后。COVID-19检测阳性的日计数以及COVID-19死亡的日计数与平均Ct值有30天的显著滞后。

周期阈值(Ct)值与其他研究变量之间的交叉相关(y轴)。

周期阈值与其他研究变量之间存在高相关性滞后。

变量 滞后 r P价值 另类投资会议一个 HQICb SBICc
住院人数 23 -0.25 02 15.34 15.95 16.85
阳性检测数量 30. -0.34 02 15.83 16.83 8.24
COVID-19死亡人数 30. -0.26 02 10.90 11.69 12.86
5岁以下住院患者人数 9 -0.22 .76 10.38 10.73 11.25
5-17岁住院人数 13 -0.23 29 9.54 9.89 10.41
18-59岁住院人数 23 -0.27 .04点 14.24 14.85 15.75
60岁以上住院患者人数 23 -0.30 07 13.54 14.15 15.05

一个AIC:赤池信息标准。

bHQIC: Hannan-Quinn信息标准。

cSBIC:施瓦茨贝叶斯准则。

Ct值对研究变量的影响(ARIMAX模型)

用互相相关分析得到日Ct值与其他变量之间的最佳滞后后( 表3),利用ARIMAX计算所选滞后的影响系数。 表4显示延迟30天的Ct值可能会影响COVID-19检测阳性的每日数量和COVID-19的每日死亡人数。具体而言,Ct值下降可能导致30天后新冠病毒检测阳性的平均数量增加约16.87倍。此外,随着Ct值的下降,30天后每天死于COVID-19的人数将增加约1.52倍。Ct滞后(23天)与COVID-19住院次数之间存在显著系数。对于18-59岁和60岁以上的患者,Ct值与23天延迟和COVID-19住院次数也有显著相关性。

使用自回归综合移动平均和外生变量模型得到的估计系数。

变量和参数 系数(β) 95%可信区间 P价值
住院人数;最佳模型:(1,0,1)
Ct一个(23)b -24.12 -41.08 ~ -7.16 .005
基于“增大化现实”技术c(1) 获得 .95到1.02 <措施
d(1) .87点 -。96to –.78 <措施
COVID-19死亡人数;最佳模型:(1,0,2)
Ct (30) -1.52 -2.86到- 0.18 03
AR (1) .96点 .89到1.03 <措施
马(1) -1.07 -1.22到- 0.92 <措施
马(2) . 21 .09到.34 措施
阳性检测次数;最佳模型:(1,0,1)
Ct (30) -16.87 -28.93到-4.82 <措施
AR (1) .96点 0.84到1.07 <措施
马(1) .89 -1.06到- 0.71 <措施
5岁以下住院患者人数;最佳模型:(1,0,1)
Ct (9) 60 -1.68到。47 低位
AR (1) .96点 0.84到1.07 <措施
马(1) .89 -1.06到- 0.71 <措施
5-17岁住院人数(1,0,1)
Ct (13) .40 -1.30到0.50
AR (1) .97点 .92到1.03 <措施
马(1) .89 -。99to –.79 <措施
18-59岁住院人数;最佳模型:(1,0,1)
Ct (23) -11.87 -21.81到-1.94 02
AR (1) 获得 .95到1.02 <措施
马(1) .85 -。94to –.76 <措施
60岁以上住院患者人数;最佳模型:(1,0,1)
Ct (23) -11.44 -17.82到-5.07 <措施
AR (1) 获得 0.96到1.02 <措施
马(1) .90 -。98to –.81 <措施

一个Ct:周期阈值。

b括号中的数字表示延迟天数。

c基于“增大化现实”技术:自回归。

d移动平均线。

讨论 主要研究结果

Ct值是病毒载量的一个很好的代表,它可以提供隔离病毒载量较高(Ct值较低)的人以及过去5天与这些人有过接触的人以降低传播率的可能性[ 11].因此,Ct值可以很好地预测未来疾病进程的状态。本研究探讨了sars - cov -2阳性RT-PCR检测Ct值的种群分布与COVID-19动态的关系。结果表明,日平均Ct值与新冠肺炎动态的3个研究变量(日住院人数、日检测阳性数、日死亡人数)呈显著负相关。Ct值可以提前30天预测新冠肺炎阳性病例数量的流行曲线峰值。

与之前工作的比较

这一结果与Walker等人的研究结果一致[ 21表明人群水平Ct值的下降先于SARS-CoV-2阳性检测的增加。另一项研究显示,个人Ct值与COVID-19症状严重程度呈负相关[ 25].一些研究集中在人群水平Ct值作为预测大流行激增的指标的影响上。与本研究一致,Tso等人[ 26]显示,在埃尔帕索大地区,每日Ct中位数与每日阳性检测计数、每日传播率和每日COVID-19住院人数呈负相关;他们还显示,每日Ct中位数与每日COVID-19住院人数之间存在33天的显著时间延迟。在本研究中,我们发现日平均Ct值与18-59岁和60岁以上住院COVID-19患者数量之间存在显著的23天时间延迟。前一个年龄组是主要劳动力,因此更有可能接触并感染SARS-CoV-2病毒。巴肯等[ 27]的研究结果显示,各年龄组间Ct值平均值有统计学差异,但80-89岁患者的Ct值略低。根据伊朗的一项流行病学研究,大多数住院的COVID-19患者年龄在50-60岁之间[ 28].在本研究中,日平均Ct值与5岁以下COVID-19患者数量之间的关系不显著。

海等[ 16]利用人群水平Ct值的数学模型估计了美国马萨诸塞州的流行轨迹,并发现不断增加的流行波将伴随着高病毒载量(较低Ct值)的近期感染患者的高频率,而当老年感染患者数量较多时,流行波则出现下降。因此,在SARS-CoV-2流行期间,从疾病护理系统获得的Ct值可以短时间内确定流行过程的过程[ 16].本研究利用ARIMAX模型研究Ct值延迟时间对COVID-19阳性检测数的影响,发现人群水平平均Ct值与COVID-19阳性病例数之间存在30天的延迟。

限制

用于测量不同地理区域人群水平Ct值的Ct值的测量方式或数据集质量保证的差异,可能会影响Ct值预测当地COVID-19流行波的效力。以往的研究表明,监测样本的群体水平Ct值的变化可能导致疾病爆发[ 16 29].有一种假设认为,如果仅使用有临床症状且检测呈阳性的患者计算每日平均Ct值,则更容易发现每日Ct值与COVID-19病例之间的相关性;因此,Ct值的下降可能与COVID-19患者数量的增加密切相关。为了验证这一假设,本研究仅使用有症状患者的Ct值来计算每日平均Ct值。

结论

人群日平均Ct值与SARS-CoV-2检测阳性次数和时间延迟有关。在降低日平均Ct值30天后,预计新冠肺炎病例将增加。找到一个可以预测社区疫情激增的良好指标,对改善COVID-19监测至关重要。更快地预测新一波疾病将有助于卫生政策制定者启动适当的公共卫生政策,如实施封锁,以减少预期的大流行激增,并将为卫生系统提供机会,满足药品和设施的需求,以支持更多的患者。

附加数据涉及统计分析步骤和ARIMA模型的详细描述。

缩写 ADF

增强Dickey-Fuller

另类投资会议

赤池信息标准

基于“增大化现实”技术

自回归

华宇电脑

自回归综合移动平均

ARIMAX

带外生变量的自回归综合移动平均

BIC

贝叶斯信息准则

Ct

循环阈值

HQIC

汉南-奎因信息标准

移动平均线

rt - pcr

逆转录聚合酶链反应

SBIC

施瓦茨贝叶斯信息准则

没有宣布。

吸引 PCY SKP Y K 冠状病毒多样性、系统发育和种间跳跃 Exp生物医学 2009 10 234 10 1117 1127 10.3181 / 0903 -奥- 94 19546349 0903 - 94先生 Seah IYJ 安德森 AEZ l P 年轻的 碱液 直流 Agrawal R 评估2019冠状病毒病(COVID-19)患者眼泪的病毒脱落和传染性 眼科学 2020 07 127 7 977 979 10.1016 / j.ophtha.2020.03.026 32291098 s0161 - 6420 (20) 30311 - 0 PMC7151491 l P COVID-19患者结膜分泌物中可能存在病毒 Acta角膜切削 2020 05 18 98 3. 223 223 10.1111 / aos.14413 32189460 PMC7228356 H 年代 D Ng T W H 台湾新冠肺炎疫情调查组 台湾地区COVID-19传播动态及发病前后不同暴露期风险的接触追踪评估 美国医学会实习生 2020 09 01 180 9 1156 1163 10.1001 / jamainternmed.2020.2020 32356867 2765641 PMC7195694 年代 Manissero D 斯蒂尔 V Pareja J COVID-19背景下周期阈值临床效用的系统综述 传染疾病 2020 09 9 3. 573 586 10.1007 / s40121 - 020 - 00324 - 3 32725536 10.1007 / s40121 - 020 - 00324 - 3 PMC7386165 汤姆 米娜 乔丹 要解释SARS-CoV-2测试,请考虑周期阈值 临床感染病 2020 11 19 71 16 2252 2254 10.1093 / cid / ciaa619 32435816 5841456 PMC7314112 沃尔什 约旦 K Clyne B 罗德 D 德拉蒙德 l 伯恩 P 埃亨 年代 卡蒂 PG O ' brien O 'Murchu E 奥尼尔 史密斯 SM 瑞安 哈林顿 P SARS-CoV-2检测、病毒载量和感染过程中的传染性 J感染 2020 09 81 3. 357 371 10.1016 / j.jinf.2020.06.067 32615199 s0163 - 4453 (20) 30449 - 7 PMC7323671 紧急使用授权(EUA) COVID-19 RT-PCR总结检测(美国实验室公司) 美国食品和药物管理局 2020 2022-10-23 https://www.fda.gov/media/136151/download 扎阿 R Aherfi 年代 维尔茨 NgydF4y2Ba Grimaldier C 范黄平君 T 寇尔森 P 拉乌尔 D La斯科拉 B 3790份聚合酶链反应定量阳性样本与阳性细胞培养的相关性,包括1941株严重急性呼吸综合征冠状病毒2株 临床感染病 2021 06 01 72 11 e921 e921 10.1093 / cid / ciaa1491 32986798 5912603 PMC7543373 La斯科拉 B Le Bideau Andreani J 黄平君 VT Grimaldier C 寇尔森 P Gautret P 拉乌尔 D 通过细胞培养测定病毒RNA载量,作为SARS-CoV-2患者出院的管理工具 临床微生物感染病 2020 06 27 39 6 1059 1061 10.1007 / s10096 - 020 - 03913 - 9 32342252 10.1007 / s10096 - 020 - 03913 - 9 PMC7185831 Sarkar B Sinha R Sarkar K 聚合酶链反应周期阈值指示的新冠肺炎感染病例的初始病毒载量可作为其传播性的预测指标——来自印度古吉拉特邦的经验 印度社区医院 2020 45 3. 278 10.4103 / ijcm.ijcm_593_20 X 年代 H Y Z Z Y X Y 太阳 J Y X J COVID-19不同疾病严重程度患者急性期和恢复期的病毒和抗体动力学:一项为期6个月的随访研究 性罪 2020 12 22 35 6 820 829 10.1007 / s12250 - 020 - 00329 - 9 33351168 10.1007 / s12250 - 020 - 00329 - 9 PMC7754696 Choudhuri J 卡特 J 纳尔逊 R Skalina K Osterbur-Badhey 约翰斯顿 一个 戈尔茨坦 D 进场歌 西曼斯基 J 入院时SARS-CoV-2 PCR周期阈值与患者死亡率相关 《公共科学图书馆•综合》 2020 12 31 15 12 e0244777 10.1371 / journal.pone.0244777 33382805 玉米饼- d - 20 - 27704 PMC7774957 米兰达 R 古特雷斯 一个 德·阿泽雷多·利马 CH 球场 PN Gadelha 先生 COVID-19临床结果中病毒载量的误读 病毒Res 2021 04 15 296 198340 10.1016 / j.virusres.2021.198340 33592214 s0168 - 1702 (21) 00047 - 2 PMC7881726 Binnicker 乔丹 COVID-19检测的挑战和争议 临床微生物学 2020 10 21 58 11 e01695-20 10.1128 / JCM.01695-20 32817231 JCM.01695-20 PMC7587118 干草 J Kennedy-Shaffer l Kanjilal 年代 列侬 NgydF4y2Ba 盖伯瑞尔 年代 Lipsitch说道 米娜 乔丹 从横截面病毒载量分布估计流行病学动态 科学 2021 07 16 373 6552 2021 10.1126 / science.abh0635 34083451 science.abh0635 PMC8527857 Sheikhzadeh E Eissa 年代 伊斯梅尔 一个 Zourob COVID-19诊断技术及新进展 Talanta 2020 12 01 220 121392 10.1016 / j.talanta.2020.121392 32928412 s0039 - 9140 (20) 30683 - 4 PMC7358765 Brockwell P Brockwell P 戴维斯 R 时间序列和预测简介 2016 纽约州纽约 施普林格 马利基 Z Atlam E Ewis 一个 Dagnew G Alzighaibi 基于“增大化现实”技术 ELmarhomy G Elhosseini Hassanien AE 迦得 预测COVID-19大流行结束和第二次反弹风险的ARIMA模型 神经计算应用 2021 10 23 33 7 2929 2948 10.1007 / s00521 - 020 - 05434 - 0 33132535 5434 PMC7583559 Chimmula VKR l 基于LSTM网络的加拿大COVID-19传播时间序列预测 混沌孤子分形 2020 06 135 109864 10.1016 / j.chaos.2020.109864 32390691 s0960 - 0779 (20) 30264 - 2 PMC7205623 迪奥普 毫升 Kengne W 一般整值时间序列的分段自回归 统计计划推理 2021 03 211 271 286 10.1016 / j.jspi.2020.07.003 Ceylan Z 意大利、西班牙和法国COVID-19流行率的估计 科学总体环境 2020 08 10 729 138817 10.1016 / j.scitotenv.2020.138817 32360907 s0048 - 9697 (20) 32334 - 2 PMC7175852 Agustina D Yosmar 年代 黎萨 J 地震参数与海啸高度相关模型的识别 2017 IOP会议系列:地球与环境科学,第四届国际科学研讨会 2017年10月19日至20日 茂物、印度尼西亚 10.1088 / 1755 - 1315/187/1/012076 Abolmaali 年代 Shirzaei 年代 SIR模型、线性回归、logistic函数和ARIMA模型预测新冠肺炎病例的比较研究 公共卫生目标 2021 8 4 598 613 10.3934 / publichealth.2021048 34786422 公共健康- 08 - 04 - 048 PMC8568588 Rabaan AA Tirupathi R Sule AA Aldali J Mutair AA Alhumaid 年代 Muzaheed 古普塔 NgydF4y2Ba Koritala T Adhikari R Bilal Dhawan 女子 R 密特拉 年代 Emran 结核病 Dhama K 病毒动力学和实时RT-PCR Ct值与COVID-19疾病严重程度的相关性 诊断 2021 06 15 11 6 1091 10.3390 / diagnostics11061091 34203738 diagnostics11061091 PMC8232180 Tso CF Garikipati 一个 Green-Saxena 一个 达斯 R 人群SARS-CoV-2周期阈值与局部疾病动态的相关性:探索性观察研究 JMIR公共卫生监测 2021 06 03 7 6 e28265 10.2196/28265 33999831 v7i6e28265 PMC8176948 巴肯 B 霍夫 J Gmehlin C 佩雷斯 一个 Faron Munoz-Price l Ledeboer NA SARS-CoV-2 PCR周期阈值的分布为有症状患者的整体和靶向敏感性提供了实际的见解 是J临床病理 2020 09 08 154 4 479 485 10.1093 / ajcp / aqaa133 32687186 5873820 PMC7454307 Nikpouraghdam Jalali Farahani 一个 Alishiri G Heydari 年代 Ebrahimnia Samadinia H Sepandi 贾法里 NgydF4y2Ba Izadi Qazvini 一个 Dorostkar R Shahriary 一个 Farnoosh G Hosseini Zijoud Taghdir Alimohamadi Y Abbaszadeh 年代 Gouvarchin Ghaleh 阿訇 伊朗2019冠状病毒病(COVID-19)患者的流行病学特征:单中心研究 临床病毒 2020 06 127 104378 10.1016 / j.jcv.2020.104378 32353762 s1386 - 6532 (20) 30120 - 7 PMC7172806 沃克 一个 普里查德 E 房子 T Robotham J 博雷尔 P 贝尔 贝尔 J 牛顿 J 法勒 J 钻石 Studley R 干草 J Vihta KD 皮托 TE 施特塞尔 NgydF4y2Ba 马修斯 个人电脑 艾尔 DW Pouwels KB COVID-19感染调查小组 Ct阈值是社区SARS-CoV-2病例中病毒载量的代表,在不同人群和时间中存在很大差异 Elife 2021 07 12 10 e64683 10.7554 / eLife.64683 34250907 64683 PMC8282332
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