皇家全科医生学院(RCGP)研究和监测中心(RSC)是一个具有全国代表性人群的全科医生网络[ 1为传染病的每周监测提供假名数据。该疾病监测方案由英格兰公共卫生部(PHE)委托实施，涵盖包括流感在内的37种传染病。流感及呼吸系统疾病监察小组与公共卫生署在流感及呼吸系统疾病监察方面已建立超过50年的合作关系[ 2现在已经进行了第53季的监控和分析。

RCGP RSC每周从覆盖400多万人口的500多名城市和非城市全科医生的全国代表性样本中提取假名数据。这些做法的数据每周在线报告[ 3.，其中包括监测英国流感样疾病(ILI)和其他传染病和呼吸道疾病的每周发病率。我们亦会编制年度报告[ 4］.RCGP RSC数据集包括所有编码数据和所有规定项目，包括疫苗接触[ 1］.

RCGP RSC在每个流感季节进行病毒学监测，有100名全科医生参与2019-2020流感季节( 图1）.这些病毒学抽样做法也被纳入全国代表性( 图1）.全科医生在急性呼吸道疾病患者出现症状后7天内采集鼻咽拭子。从出现急性支气管炎或细支气管炎症状的5岁以下儿童身上采集鼻咽拭子。此外，从5岁及以上出现急性呼吸道感染和呼吸道合胞病毒发病的人身上采集鼻咽样本[ 5］.在公共卫生部门呼吸道病毒组对拭子进行流感检测，以监测阳性率和流行毒株，以及衡量疫苗的有效性。

在2018-2019年流感季节期间，RCGP RSC成功开展了一项试点，收集成人血清学样本，并将其与患者的医疗记录联系起来[ 6］.这项试验是与公共卫生部血清流行病学小组合作进行的，并将其添加到国家卫生服务(NHS)实验室提交给公共卫生部的残留血液样本中[ 6， 7］.血清学可以提供重要的背景人群免疫信息[ 6]，哨兵网络可以提供一种系统的数据收集机制，并将其与医疗记录和健康结果联系起来[ 8］.血清学试点项目证明了该网络收集成人血清学样本的能力[ 9］.

随着COVID-19疫情的爆发，PHE和RCGP RSC调整了现有的流感监测，以监测COVID-19在社区中的传播，本协议为这种合作奠定了基础。COVID-19感染的主要国家战略是遏制，通过电话帮助系统NHS111和PHE健康保护小组对高危患者进行管理，但RCGP RSC监测是完全独立的。RCGP RSC将通过扩大其既定工作，提供病毒学和血清学监测，以监测社区中COVID-19感染的时间和地理分布，并评估遏制战略的有效性。

我们不会孤立地进行这项研究。我们将与最近从“推进临床和公共卫生应对新型冠状病毒流行的知识”项目中获得欧盟地平线2020资助的英国同事和I-MOVE联盟分享该方案。[ 10］.预期通过这种合作，项目管理将比单独行动的国家取得更大的效率。

本研究的目的是确定是否存在未被发现的COVID-19社区传播，估计人群易感性，监测社区COVID-19感染的时间和地理分布。

本研究的目的如下:

我们打算捕获以下内容。

这些方法将沿用现行流感监测系统所采用的方法[ 5]和最近的血清学研究[ 6]，包括五个组成部分:(1)初级保健临床监测;(2)病毒学监测;(3)人群血清学监测;(四)病例的康复血清;(5)数据管理。

我们将继续从哨点做法中进行病毒学采样，而不是随着季节性流感的减少而停止。此外，我们将招募更多的监控人员。

RCGP RSC病毒学实践的目标是在RCGP RSC哨点网络中每周进行200-300次鼻咽拭子取样，收集所有年龄段的标本。除了流感病毒学监测的纳入标准(ILI、急性支气管炎/细支气管炎)外，参与机构还将从任何出现下呼吸道感染急性症状的人身上采集鼻咽拭子样本，如果症状是在7天内出现的。

抽样将包括:

收集的样本(拭子或血清)将通过预付信封发送到相应的公共卫生部门实验室进行分析。将对收集的所有样本进行流感和COVID-19检测。此外，PHE将对2020年2月初至2月中旬收集的任何流感病毒学样本进行回顾性检测，以检测COVID-19。

实践仍会遵循公共卫生部门的规程[ 16对于有感染风险的人来说，他们应该在隔离通道上张贴指示牌，而不是亲自去诊所。对参加手术的患者进行直接检测仍然是允许的，但我们也推出了在家中自行擦拭的服务。[ 17］.流程总结详细见 多媒体附录3．

每个患有ILI或呼吸道疾病的人与全科医生联系(例如，通过电话预约)时，都应明确询问他们最近是否前往中国和目前PHE建议中标记的其他国家，或者他们是否与其他COVID-19患者有过接触。如果这些筛查查询呈阳性，则建议患者不要来诊所，而是按照PHE流程表[ 16］.这可以由接待或临床工作人员，取决于个人实践协议。这些呼叫应编码到GP CMR系统中，并可作为RCGP RSC每周报告的一部分进行报告。我们编制了培训材料来支持这个编码( 多媒体附录4）.这些提示卡包括:

参与病毒学监测的诊所将偶然地从前来进行常规血液检查的患者身上收集血液样本。参加常规血液检查的患者将被要求提供额外的血清学样本。

我们在RCGP RSC数据库中进行了初步搜索，以查看成人和儿童的全血细胞计数(FBC)结果的数量和总体比率( 图6- 9）.FBC是最常见的血液检测之一，我们希望这将给出进行血液检测的总数的大致指示。15-17岁儿童和60岁及以上成人的抽样率最高，0-4岁儿童和18-29岁成人的抽样率最低( 图6- 9）.

我们将提供1000个所有年龄段的血清学基线样本，反映不同年龄段的出勤率。此外，我们将测试是否能够从病毒学实践中获得所有这些以提高产量。良好的地理传播是很重要的，因此公共卫生部门可以就收集血清学最有用的地区提出建议。

之后每月将有800个样品。

我们将制定一份新的做法申请表，以记录最近的旅行和COVID-19暴露情况。

我们将试行一项计划，向确诊病例和感染时曾有急性病毒学样本的人士收集休养期血清学样本。这是为了确定从病毒中恢复但可能继续释放病毒的患者是否处于携带者状态。

如果有少数病例，这可能有助于开发一种检测试剂盒，供患者带到他们自己的全科医生那里，并探讨其对患者的可接受性。

如果全国有大量COVID-19病例，可以从有确诊病例的RCGP RSC实践中收集康复期样本，并能够链接到完整的医疗记录。这一过程可能包括在RCGP RSC实践中检查阳性个体的假名NHS号码，检查关于确诊病例传染性考虑的当前PHE指南，并按照前面提到的过程为患者提供预约。

这需要在全国范围内通过网络进行仔细协调，并可能要求公共卫生部门确保个人不会被多个机构联系。一旦PHE提出请求，RSC可以提供一个有用的结构来引导初始联系。参与年度流感病毒学监测的RCGP RSC实践已开始从出现下呼吸道感染症状的患者中取样。正在对收到的所有样本进行流感和COVID-19检测。

RCGP RSC将探讨如何通过扩大病毒学监测，从COVID-19检测呈阳性的任何患者身上收集康复期样本。

从一开始，我们将仔细整理数据，以确保它可以用于未来的研究。我们的临床数据将与病毒学联系起来。我们将使用可查找、可访问、可互操作、可重用的原则来管理我们的数据。为了方便起见，我们的数据集列在英国健康数据研究中心[ 18]和欧洲卫生数据证据网络[ 19］.

该统计方法支持针对广泛疾病爆发的政策方针，其中使用所谓的非药物干预措施来应对新出现的大流行病，以抑制疾病。这项政策旨在降低人群中的接触率，从而减少病毒的传播。为了实现这一目标，英国政府最近明确表示希望实施人口自我隔离措施。该政策以繁殖数(R)(每个病例产生的平均继发病例数)为目标，并以将R降至1以下为目标，力求将病例数降至较低水平，或(如以往严重急性呼吸系统综合征和埃博拉疫情中所见)消除人际传播。

正如2009年H1N1流感大流行的经验所表明的那样，国家自主行动方案可以成为缓解大流行的关键组成部分[ 20.］.我们研究重点的关键将是估计人口中的高峰病例，并通过数据收集和建模来持续监测随着社会距离措施的放松，新病例的潜在增长和后续高峰的出现。

有关中国内地新冠肺炎疫情的重要疾病流行病学措施已公布[ 21］.大流行动力学的另一个基本衡量标准是从感染到一个人传染给他人的时间长度和平均传染性持续时间。如果对这些因素进行准确的估计，就可以很好地预测大流行可能持续的时间和最终感染病例的数量。

我们打算将近似贝叶斯推理(ABC)应用于(可能是空间异质的)易感-暴露-感染-去除(SEIR)随机流行病模型[ 22］.这些技术具有高度的并行性，并已成功地应用于许多领域，包括疾病传播建模。它们特别适合于没有似然函数的情况，以及诸如马尔可夫链蒙特卡罗等传统方法不切实际的情况。这种方法已被证明在ASPREN监测数据上有效工作，ASPREN是一个哨兵全科医生和执业护士的网络，他们报告关于ILIs和其他情况的未确定信息[ 23]，其中数据缺失和观测过程本身建模的需要等问题已成功解决[ 24］.此外，用分布方法估计了新病例的高峰。

由于并行性，SEIR模型的参数估计在大型数据集上易于处理，并且这些方法已经在几个R库中实现;我们打算使用ABSEIR库(存放在GitHub上:https://tinyurl.com/vqu35cj)和abctools库(https://tinyurl.com/tfjavz4)来每周估计流行病措施。

由于我们正在ABC常规中拟合sir流行病模型，我们预计我们的结果将对每周包含相对较少计数的病例数据具有稳健性。例如，参见[ 25]的ABC方法应用于特里斯坦达库尼亚1967年的普通感冒数据，其中计数为 我(感染个案数目)及 R(恢复的病例数)最多只有几十例。

最后，除了上述方法外，我们还将采用Kaplan-Meier方法估算病死率，该方法有两个结果(死亡和恢复)[ 26］.这种方法独立于ABC方法[ 27]，并将允许比较两种建模方法的估计，以判断结果的稳健性。

RSC与PHE的监测定义为 健康保护根据《2002年保健服务(病人信息控制)条例》第3条。这已经得到了PHE Caldicott卫报办公室的证实。

我们没有看到任何增加的风险的做法或从业人员参与这一监督。感染预防和控制建议将遵循现有的国家指导。发现的任何病例将根据当时有效的PHE/NHS指南进行管理，包括对已确定的接触者的建议。

然而，我们的培训将包括提醒安全处理标本和修订感染控制措施，预计在我们的做法中很高。这是第12条有关安全护理及治疗的重要部分，由护理质素委员会定期检查[ 28］.

已就所有CMR系统中提供的COVID-19临床编码向RCGP RSC实践提供建议。这包括临床描述符( 表4)以及最近的旅行记录。

参与年度流感病毒学监测的RCGP RSC实践已开始从出现下呼吸道感染症状的患者中取样。正在对收到的所有样本进行流感和COVID-19检测。这导致了在低风险患者中对背景传播的初步早期识别。

截至2020年3月7日，监测系统通过扩展病毒学抽样，在无旅行史的低风险患者中发现2例新冠肺炎。

本协议描述了我们如何调整国家流感监测系统，以监测COVID-19意外感染的社区传播。我们迅速创建并纳入了新的代码，以便记录数据，并正在收集数据，以监测遏制战略的有效性。

通过这项监测，我们打算更多地了解2019冠状病毒病在门诊护理中的流行病学。特别是它的传播速度，无论是时间上的还是地理上的。我们对低风险患者的检测也将告知基于对高风险患者及其接触者进行病毒学检测和自我隔离的控制策略是否有效。遏制措施应能减缓传播，加强监测可能有利于管理传播[ 28］.然而，可能会有一个点，病毒在人群中更广泛地传播，就像在意大利发生的那样[ 29］.对低风险患者的监测应告知我们何时达到这一临界点以及何时感染率开始下降。

COVID-19流行病学仍处于紧急状态[ 30.］.英国初级保健以登记为基础的性质意味着我们将能够创建一个累积发病率和持续时间的完整图像。

监测系统应能够确定可能适合进行抗病毒治疗试验的COVID-19正在传播的地区。我们还可以跟踪这些药物或疫苗的有效性或任何不良反应。

最后，COVID-19确诊病例的早期发现证明了在国家网络中迅速实施了这种加强的监测。

安全操作是我们的首要关注点。该小组已运作超过50年，并在1968/69年香港流感大流行、1977/78年俄罗斯流感大流行及2009年猪流感大流行期间，参与收集样本以监察疾病及疫苗的成效。[ 31， 32］.我们不知道参与监测对执业人员或其他患者有任何增加的风险。大流行防范是RCGP和RSC作用的一部分。

加强对RCGP RSC中接触者的信息进行编码，将减少可能是COVID-19疑似病例的人无意中被带到手术场所的可能性，这似乎是合理的。在意外发现病例的情况下，了解情况可能对患者、他们的接触者和诊所都有帮助。对实践的影响是，如果发现案件，关闭一天进行深度清理，然后重新开放。

我们系统的主要限制是数据点的数量。我们正在收集100个站点的血清学和病毒学数据，这些站点覆盖了一小部分人口。这对于监测流感来说是令人满意的，但我们不确定这对COVID-19疫情来说是否足够大的样本。我们的地点(监测措施)目前是固定的，如果能够在病例较多的地区迅速采取措施，可能会有所帮助。目前，我们将每周报告一次。我们现有的系统可以加强到每周两次，但也许每天或每小时的数据应该是我们目前的做法。

10岁以下儿童的血清学机会抽样可能受到限制，因为儿童血液检查的总体比率较低。

利用RCGP RSC-PHE网络对COVID-19突发疫情的扩展监测已迅速建立。获取适当的信息以捕获所需数据的模型已经取得了成功，从创建代码的那一周就开始记录数据。此外，修改现有的监测系统以平行方式收集人口数据也是有效的。然而，我们目前不确定这种监测的规模是否提供了足够的数据来推动当地的遏制战略，或者不经常报告是否符合我们信息时代的需要。