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摘要

背景:

新出现的SARS-CoV-2变种B.1.1.529因其基因组序列发生大量突变，特别是在刺突蛋白区域发生突变，令全球卫生政策制定者担忧。世界卫生组织(WHO)将其指定为全球担忧变体(VOC)，并将其命名为“Omicron”。在欧米克隆出现后，全球新冠肺炎病例激增，主要是在南非。

摘要目的:

我们的目的是了解Omicron是否比现有的变体具有流行病学优势。

方法:

我们对GISAID上提供的Omicron的完整基因组序列进行了硅芯片分析，以分析该变体中存在的突变对病毒-宿主相互作用的功能影响，包括病毒传播性、毒力/致命性和免疫逃逸。此外，我们还对SARS-CoV-2特定变体基因组序列(2021年10月1日至11月29日期间)与SA匹配的流行病学数据(新冠肺炎病例和死亡病例)的相对比例进行了相关性分析。

结果:

与目前的全球VOCs/VOIs列表(根据世卫组织)相比，Omicron具有更多的序列变化，特别是在刺突蛋白和宿主受体结合基序(RBM)方面。Omicron与Alpha变体的完整序列和RBM的核苷酸和蛋白质序列同源性最接近。突变主要集中在病毒的尖刺区(28-48)。此外，突变分析表明，突变的富集降低了ace2结合的亲和力和RBD蛋白的表达，相反，增加了免疫逃逸的倾向。在新变异出现后SA报告的序列中，Omicron与Delta变异呈负相关(r=-0.99, p< .001, 95% CI: -0.99至-0.97)，后来呈下降趋势。自第一例病例以来，欧米克隆的比例(74-100%)增加，与此同时，COVID-19新病例急剧增加。相反，新发死亡发生率没有增加(r=-0.04, p>0.05, 95% CI =-0.52 ~ 0.58)。

结论:

病毒基因组序列的计算机分析表明，Omicron变体比现有的VOCs/VOIs(包括Delta)具有更显著的免疫逃逸能力，但毒性/致死率低于其他报道的变体。欧米克隆更强的免疫逃逸能力可能是COVID-19病例激增并很快成为全球主导菌株的原因。它们比现有的变种更具传染性，但致死率较低，因此超过了它们，从而导致了大流行的垮台。