这是一篇开放获取的文章,根据创作共用署名许可协议(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)的条款发布,允许在任何媒介上不受限制地使用、分发和复制,前提是正确引用了首次发表在JMIR Formative Research上的原创作品。必须包括完整的书目信息,https://formative.www.mybigtv.com上的原始出版物的链接,以及此版权和许可信息。gydF4y2Ba
英国范围内的COVID-19疫苗药物警戒(DaC-VaP)合作旨在监测疫苗的使用和有效性,并使用常规临床和管理数据提供药物警戒。为了监控这些,可能需要合并分析。然而,术语的变化带来了一个障碍,因为英国使用医学临床术语系统命名法(SNOMED CT),而英国其他地区在初级保健中使用Read v2术语。数据来源的可用性在英国各地并不统一。gydF4y2Ba
本研究旨在使用观察医疗结果伙伴关系(OMOP)公共数据模型(CDM)中的概念映射来识别记录的常见概念,并在重复的横断面研究中报告这些概念。我们计划这样做的疫苗覆盖率和2个不良事件(AEIs),脑静脉窦血栓形成(CVST)和过敏反应。我们确定了SNOMED CT、Read v2、世界卫生组织的概念映射gydF4y2Ba
选择了用于药物警戒研究的DaC-VaP的暴露量和结果。通过观察健康数据科学和信息学(OHDSI)自动术语协调、提取和标准化分析(ATHENA)在线浏览器,确定了这些变量与英国退化国家卫生服务中使用的不同术语的映射。然后,每个国家的首席分析人员确认或添加了已确定的映射。然后使用这些映射以通用格式报告aei。我们每28天报告一次疫苗后0-2天和3-28天的窗口率。gydF4y2Ba
我们列出了Read v2、SNOMED CT、ICD-10和dm+d之间的映射关系。对于疫苗暴露,我们发现从OMOP到我们的临床术语有清晰的映射,尽管dm+d在搜索时OMOP没有列出代码。我们找到了CVST和过敏反应代码列表。对于CVST,我们必须使用更广泛的脑静脉血栓形成概念方法来包括Read v2。我们识别了56个SNOMED CT代码,其中我们选择了47个(84%)和15个Read v2代码。对于过敏反应,我们的精细化搜索确定了60个SNOMED CT代码和9个Read v2代码,我们分别选择了10个(17%)和4个(44%)纳入我们的重复横断面研究。gydF4y2Ba
这种方法允许在OMOP CDM中使用到不同术语的映射,而不需要对整个数据库进行编目。但是,Read v2的粒度概念不如某些术语(如SNOMED CT)。此外,OMOP CDM不能弥补临床编码系统的局限性。Read v2和ICD-10都不是足够细粒度的,不能明确地标记CVST。因此,任何合并分析都必须在不太具体的脑血管静脉血栓形成水平上进行。总的来说,这个CDM中的映射是有用的,我们的方法可以用于只有有限数量概念的快速合作。gydF4y2Ba
COVID-19疫苗接种是控制当前大流行的最佳选择,因此,关于摄取和药物警戒(与检测、评估、理解和预防疫苗或药物的任何副作用有关的科学和活动)的数据对于监测其进展至关重要。自2019年底在中国武汉首次发现COVID-19以来,该病毒已在全球蔓延,截至2022年2月28日,确诊病例超过1.9亿例,与COVID-19相关的死亡人数超过590万例[gydF4y2Ba
医疗记录系统使信息流动超越组织边界。全科医生使用自己的信息技术(IT)系统每天记录数百万例患者的互动。这一合作关系面临的一个挑战是,由于英国4个国家使用的临床术语存在差异,常规初级保健数据存在异质性。数据和连通性COVID-19疫苗药物警戒(DaC-VaP)合作项目旨在探索英国各地疫苗的有效性、使用和安全性。英国已过渡到医学临床术语系统命名法(SNOMED CT),自2016年4月以来未更新Read v2 [gydF4y2Ba
使用通用数据模型(CDM)可以为许多寻求从不同来源汇总数据的人提供一种解决方案[gydF4y2Ba
其他组织,包括美国的国家COVID队列协作组织(N3C),在如何实现数据源之间的协调方面面临挑战。虽然这是定制的,并从不同的来源和cdm收集数据,N3C也广泛使用OMOP [gydF4y2Ba
我们的主要目的是评估使用OMOP CDM在DaC-VaP合作中报告COVID-19疫苗接种后典型aei发病率的可行性,并将其作为重复的横断面分析进行报告。这项研究的目标包括:gydF4y2Ba
为了测试OMOP自动术语协调、提取和标准化分析(ATHENA)在线浏览器到范例aei的映射的有效性。ATHENA是所有最新OMOP CDM词汇表和映射的存储库,可以搜索和下载。gydF4y2Ba
报告全英国的疫苗接种率,按年龄组、性别、疫苗类型和种族分层,目的是报告全英国的疫苗接种率。我们区分了注射过第一剂和第二剂疫苗的人。gydF4y2Ba
报告英格兰、苏格兰、威尔士和北爱尔兰以及2例AEIs、脑静脉窦血栓形成(CVST)和过敏反应的发生率。gydF4y2Ba
我们使用OMOP ATHENA在线浏览器来识别到SNOMED CT的映射、Read v2术语和gydF4y2Ba
数据来自4个DaC-VaP合作伙伴的数据源。gydF4y2Ba
英国的数据来自牛津皇家全科医师学院(RCGP)研究和监测中心(RSC),这是欧洲最古老的监测网络之一。现在是第53个运营季节,与英国公共卫生部(PHE)一起工作[gydF4y2Ba
在苏格兰全科注册的540万人的EAVE II数据跟踪了苏格兰人口中的COVID-19。这项努力产生了有影响力的发现,苏格兰和英国政府用于应对COVID-19大流行。gydF4y2Ba
安全匿名信息链接(SAIL)数据库是一个可信的研究环境(TRE),是威尔士范围内的研究资源,专注于改善健康、福祉和服务,其中包括初级保健全科医生(GP)记录、二级保健医院数据和紧急服务数据,以及一系列行政、政府、教育、社会护理和专家审计、注册和服务数据。这些数据也被国家健康与保健卓越研究所(NICE)用来制定覆盖英格兰和威尔士的政策。SAIL由安全电子研究平台(SeRP,一个技术平台和服务,使SAIL数据库以及英国和世界各地的其他tre和平台成为可能)提供支持。gydF4y2Ba
数据通过商业服务组织诚实经纪人服务(HBS)访问,该服务也使用SeRP。它有全科医生注册(但没有初级保健临床记录)、增强的处方数据库、急诊科出诊、住院、COVID-19检测和疫苗管理系统。gydF4y2Ba
我们在接种疫苗后的单个时间间隔内对接种人群AEIs的发病率进行了重复的横断面报告。gydF4y2Ba
我们使用ATHENA在线浏览器在OMOP CDM中搜索感兴趣的概念。这些概念包括人口统计细节、COVID-19疫苗接种和AEIs。感兴趣的人口和社会经济地位(SES)数据是年龄和性别,SES被分为五分位数(五分位数5是最贫困的)。我们还收集了肥胖的数据(定义为最新BMI≥30或编码为肥胖;BMI是一种通过你的身高和体重来衡量你的体重是否健康的指标),以及吸烟状况(现在吸烟、以前吸烟或从不吸烟)。gydF4y2Ba
我们将OMOP ATHENA在线浏览器标记的链接与4个国家目前使用的链接进行了比较。我们报告了任何分歧,并就每个国家将使用哪些术语/代码达成了共识。gydF4y2Ba
OMOP也映射到gydF4y2Ba
每个DaC-VaP合作伙伴国家将限制其使用VOCAB(词汇)工具的ATHENA搜索为SNOMED CT或Read v2(视情况而定)和dm+d。gydF4y2Ba
药物词典dm+d由通用术语(称为“虚拟”)和实际可处方物品(称为“实际”)的层次结构组成。COVID-19疫苗的dm+d用例如下:gydF4y2Ba
虚拟治疗部分(VTM):层次结构的顶端(治疗指标类型,如COVID-19疫苗);在这个用例中,这是COVID-19疫苗。gydF4y2Ba
虚拟药品(VMP):这是概念产品的下一个级别,允许疫苗类型(COVID-19疫苗类型:mRNA或载体);在我们的用例中,信使RNA (mRNA)疫苗及其制造商将与重组疫苗区分开来。gydF4y2Ba
虚拟医疗产品包(VMPP):这是医疗VMP的概念产品包,例如,一个6剂量的多剂量小瓶。gydF4y2Ba
实际药品(amp):这些是处方给个人的药品;例如,疫苗品牌(Pfizer-BioNTech, Moderna)。gydF4y2Ba
实际药品包装(AMPPs):这些是药品的分发包。gydF4y2Ba
来自每个国家的分析团队报告了他们是否包含了从OMOP搜索中识别的所有术语,以使用ATHENA映射到他们的术语,以及他们是否添加了他们经常使用的其他术语。gydF4y2Ba
我们每月进行这些搜索,以产生按人口群体划分的每月疫苗覆盖率输出,并报告AEIs的发生率。gydF4y2Ba
疫苗接种率报告为每个国家的成年人接种疫苗的百分比,并按年龄、性别、吸烟状况和肥胖情况分层。我们使用2个时间窗口(0-2天和3-28天)报告了2例疫苗接种后AEIs的病例。gydF4y2Ba
DaC-VaP合作伙伴对前28天进行了横断面研究。gydF4y2Ba
第一次搜索于2020年12月8日开始(在英国接种的第一剂辉瑞疫苗),第二次搜索于2021年1月5日开始。这些时间间隔为28天(2021年2月2日、3月2日、3月30日、4月27日至8月17日)。gydF4y2Ba
横断面包括接种疫苗之日在全科诊所注册并保持注册28天的所有个人。产出按以下年龄组报告:<16岁、16-39岁、40-64岁和65岁及以上。AEIs患者也报告了疫苗接种后的死亡率。gydF4y2Ba
我们按疫苗品牌进行报道,包括未知疫苗的报道。我们假设2020年12月未知的疫苗品牌是辉瑞- biontech,因为牛津-阿斯利康直到2021年1月才有,其他类型的疫苗晚些时候才有。gydF4y2Ba
我们的目标是包括统计报告和非比例分析指标、比例报告比(PRR)和报告优势比(ROR)。我们使用了贝叶斯方法,该方法提供了一个框架,将先验信息/知识和数据结合起来,以解释概念透明度。我们的目标是使用IC = loggydF4y2Ba2gydF4y2Ba(观测+ 1/2)/(预期+ 1/2)。gydF4y2Ba
DaC-VaP的合作者对他们的数据有个人道德控制。没有报告可能会暴露个人身份的数据。如果一个群体中少于5个人,则报告为<5。本研究旨在证明DaC-VaP合作在报告感兴趣的结果方面的潜力。gydF4y2Ba
牛津大学遵守一般数据保护条例和NHS数字数据安全和保护政策[gydF4y2Ba
东南苏格兰研究伦理委员会(#314 02;12 / SS / 0201)。苏格兰公共卫生公共利益和隐私小组委员会(#315)批准了该项目(#1920-0279)去识别数据集的链接和分析。gydF4y2Ba
这项研究使用了SAIL数据库中的匿名数据。我们使用了患者提供的数据,并由NHS收集,作为他们护理和支持的一部分。所有研究均在SAIL独立信息治理审查小组(IGRP;项目编号0911)。gydF4y2Ba
北爱尔兰的数据是从商业服务组织HBS访问的,该组织通过SeRP提供了去识别的链接数据。所有进行的研究都得到了哈佛商学院治理委员会(HBSGB;项目编号064)。gydF4y2Ba
我们最初报告了研究所需的数据项或临床概念是否存在于OMOP CDM中,是否与SNOMED CT、Read v2或dm+d有映射(gydF4y2Ba
然后我们通过术语(gydF4y2Ba
最重要的是aei。对于CVST,具体的概念存在于OMOP中,它也存在于SNOMED CT中:来自CVST的SNOMED概念ID 95455008和19522900(概念ID 195229008)。对于过敏反应,SNOMED CT和ATHENA在线浏览器分别显示130和161项。SNOMED CT和OMOP分别有16个和15个项目。Read v2代码是CVST和过敏反应的通用代码。其中,与疫苗接种有关的内容见gydF4y2Ba
清洁发展机制中包括的变量gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba概念性绘图,随后每月报告计数。gydF4y2Ba
数据项gydF4y2Ba | OMOPgydF4y2BabgydF4y2Ba(Y =是的,N = no)gydF4y2Ba | 数据源gydF4y2Ba | |||
|
|||||
|
性别gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 在OMOP CDM映射中使用标准化的性别代码。出生日期和年龄的概念也存在。gydF4y2Ba | ||
|
年龄的乐队gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | OMOP中存在出生日期和年龄概念。gydF4y2Ba | ||
|
|||||
|
多重剥夺指数(IMD,一套针对英格兰小地区(下层超级产出地区)的相对剥夺指标,基于7个剥夺领域),英格兰,苏格兰多重剥夺指数(SIMD),威尔士多重剥夺指数(WIMD),北爱尔兰多重剥夺指数(NIMDM)gydF4y2Ba | NgydF4y2Ba | OMOP CDM中不存在。可以在OMOP内的所有英国数据库中引入自定义映射。它将在DaC-VaP中得到协调gydF4y2BadgydF4y2Ba数据合作伙伴(5分位数最贫困,1分位数最贫困)。gydF4y2Ba | ||
|
|||||
|
体重指数> 30 /肥胖gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 会在测量表中找到或从肥胖的诊断中找到。gydF4y2Ba | ||
|
吸烟情况gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 会在观察台上找到。gydF4y2Ba | ||
|
|||||
|
疫苗类型gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 将在药物、过程和事件表中找到。对于英国,源代码是dm+dgydF4y2BaegydF4y2Ba或SNOMED CTgydF4y2BafgydF4y2Ba.gydF4y2Ba | ||
|
疫苗剂量gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 在疫苗管理方面。gydF4y2Ba | ||
|
疫苗接种日期gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | COVID-19疫苗接种事件的事件日期。gydF4y2Ba | ||
|
|||||
|
CVSTgydF4y2BahgydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 将在条件表中找到。它被映射到SNOMED CT或Read v2。我们在这项可行性研究中没有包括药物。gydF4y2Ba | ||
|
速发型过敏反应gydF4y2Ba | YgydF4y2Ba | 将在条件表中找到。它被映射到SNOMED CT或Read v2。我们在这项可行性研究中没有包括药物。gydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaCDM:公共数据模型。gydF4y2Ba
bgydF4y2BaOMOP:观察性医疗结果伙伴关系。gydF4y2Ba
cgydF4y2BaSES:社会经济地位。gydF4y2Ba
dgydF4y2BaDaC-VaP:数据和连接COVID-19疫苗PharmacovigilagydF4y2Ba
egydF4y2Badm+d:药品和器械词典。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaAEI:相关不良事件。gydF4y2Ba
hgydF4y2BaCVST:脑静脉窦血栓形成。gydF4y2Ba
在OMOP中确定的研究概念gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba和icd -gydF4y2BabgydF4y2Ba,以及任何映射到SNOMED CTgydF4y2BacgydF4y2Ba,读取v2和dm+dgydF4y2BadgydF4y2Ba.gydF4y2Ba
基本术语gydF4y2Ba | OMOP雅典娜gydF4y2BaegydF4y2Ba概念IDgydF4y2Ba | icd -gydF4y2Ba | dm + dgydF4y2Ba | snom CTgydF4y2Ba | 读v2gydF4y2Ba |
CVSTgydF4y2BafgydF4y2Ba(非标准到标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, I67.6, U07.7(疫苗引起的不良反应)和P3.344(住院成人的CVST)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BaggydF4y2Ba | 4102202gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
CVST(标准到非标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 4102202gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏性(局部)gydF4y2Ba | 4034658gydF4y2Ba | T78.2(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 40316757(全身)、42536383(过敏性休克)、4294049(突然发作)、2084167(过敏)、4084167(急性过敏反应)、441202(非标准OMOP映射)、441202、40640468(全身性)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应gydF4y2Ba | 441202gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 40316757(系统),40640468(通用)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(正确用药不良反应引起的过敏性休克)gydF4y2Ba | 45376003gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明),19746gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 4254051(药品或药剂),441297(药品不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(药物引起的)gydF4y2Ba | 241937000gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 46274027, 4084168(非标准OMOP)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应(过程)gydF4y2Ba | 42537947gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 44807057(过敏反应护理),4021200(患者状态护理),42537947(非标准到标准OMOP地图),44807057(标准到非标准OMOP地图)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(物质过敏)gydF4y2Ba | 4221182gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 4022675(物质),4294049(突然发作),441202(过敏反应),4221182(非标准到标准OMOP映射),4083868(标准到非标准OMOP映射)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaOMOP:观察性医疗结果伙伴关系。gydF4y2Ba
bgydF4y2Ba诊断结果:gydF4y2Ba
cgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
dgydF4y2Badm+d:药品和器械词典。gydF4y2Ba
egydF4y2BaATHENA:用于分析的自动化术语协调、提取和标准化。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaCVST:脑静脉窦血栓形成。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
在OMOP中确定的研究概念gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba以及ICD-10的任何映射gydF4y2BabgydF4y2Badm + dgydF4y2BacgydF4y2Ba, snomed ctgydF4y2BadgydF4y2Ba,或在苏格兰读为v2。gydF4y2Ba
基本术语gydF4y2Ba | OMOP雅典娜gydF4y2BaegydF4y2Ba概念IDgydF4y2Ba | icd -gydF4y2Ba | dm + dgydF4y2Ba | snom CTgydF4y2Ba | 读v2gydF4y2Ba |
CVSTgydF4y2BafgydF4y2Ba(非标准到标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)和P3.344(住院成人的CVST)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BaggydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
CVST(标准到非标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
脑静脉血栓形成gydF4y2Ba | 45446702gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | G67AgydF4y2Ba |
中枢神经系统静脉窦血栓形成gydF4y2Ba | 3534267gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | F051zgydF4y2Ba |
中枢神经系统静脉窦血栓性静脉炎gydF4y2Ba | 4100223gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | F053gydF4y2Ba |
非化脓性静脉窦血栓形成gydF4y2Ba | 45456755gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | G676gydF4y2Ba |
过敏性(局部)gydF4y2Ba | 4034658gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应gydF4y2Ba | 441202gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(正确用药不良反应引起的过敏性休克)gydF4y2Ba | 45376003gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明),19746gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(药物引起的)gydF4y2Ba | 241937000gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应(过程)gydF4y2Ba | 42537947gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(物质过敏)gydF4y2Ba | 4221182gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaOMOP:观察性医疗结果伙伴关系。gydF4y2Ba
bgydF4y2Ba诊断结果:gydF4y2Ba
cgydF4y2Badm + d:gydF4y2Ba
dgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
egydF4y2BaATHENA:用于分析的自动化术语协调、提取和标准化。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaCVST:脑静脉窦血栓形成。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
在OMOP中确定的研究概念gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba以及ICD-10的任何映射gydF4y2BabgydF4y2Badm + dgydF4y2BacgydF4y2Ba, snomed ctgydF4y2BadgydF4y2Ba,或在威尔士读v2。gydF4y2Ba
基本术语gydF4y2Ba | OMOP雅典娜gydF4y2BaegydF4y2Ba概念IDgydF4y2Ba | icd -gydF4y2Ba | dm + dgydF4y2Ba | snom CTgydF4y2Ba | 读v2gydF4y2Ba |
CVSTgydF4y2BafgydF4y2Ba(非标准到标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, I67.6, U07.7(疫苗引起的不良反应)和P3.344(住院成人的CVST)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BaggydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
CVST(标准到非标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏性(局部)gydF4y2Ba | 4034658gydF4y2Ba | T78.2(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应gydF4y2Ba | 441202gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | SN50.11gydF4y2Ba |
过敏反应(正确用药不良反应引起的过敏性休克)gydF4y2Ba | 45376003gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明),19746gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | SN50110gydF4y2Ba |
过敏反应(药物引起的)gydF4y2Ba | 241937000gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | SN50.00 14 m5.00gydF4y2Ba |
速发型过敏反应(过程)gydF4y2Ba | 42537947gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | Sn50.11, sn50.00, 14m5.00gydF4y2Ba |
过敏反应(物质过敏)gydF4y2Ba | 4221182gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | Sn50.11, sn50.00, 14m5.00gydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaOMOP:观察性医疗结果伙伴关系。gydF4y2Ba
bgydF4y2Ba诊断结果:gydF4y2Ba
cgydF4y2Badm + d:gydF4y2Ba
dgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
egydF4y2BaATHENA:用于分析的自动化术语协调、提取和标准化。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaCVST:脑静脉窦血栓形成。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
在OMOP中确定的研究概念gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba以及ICD-10的任何映射gydF4y2BabgydF4y2Badm + dgydF4y2BacgydF4y2Ba, snomed ctgydF4y2BadgydF4y2Ba,或北爱尔兰的Read v2。gydF4y2Ba
基本术语gydF4y2Ba | OMOP雅典娜gydF4y2BaegydF4y2Ba概念IDgydF4y2Ba | icd -gydF4y2Ba | dm + dgydF4y2Ba | snom CTgydF4y2Ba | 读v2gydF4y2Ba |
CVSTgydF4y2BafgydF4y2Ba(非标准到标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)和P3.344(住院成人的CVST)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BaggydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
CVST(标准到非标准映射)gydF4y2Ba | 10083037gydF4y2Ba | I63.6, 167.6, UO7.7(疫苗引起的不良反应)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏性(局部)gydF4y2Ba | 4034658gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应gydF4y2Ba | 441202gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(正确用药不良反应引起的过敏性休克)gydF4y2Ba | 45376003gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明),19746gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(药物引起的)gydF4y2Ba | 241937000gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
速发型过敏反应(过程)gydF4y2Ba | 42537947gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
过敏反应(物质过敏)gydF4y2Ba | 4221182gydF4y2Ba | 45537000(过敏性休克未指明)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaOMOP:观察性医疗结果伙伴关系。gydF4y2Ba
bgydF4y2Ba诊断结果:gydF4y2Ba
cgydF4y2Badm + d:gydF4y2Ba
dgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
egydF4y2BaATHENA:用于分析的自动化术语协调、提取和标准化。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaCVST:脑静脉窦血栓形成。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
dm+d和SNOMED CT均记录COVID-19疫苗暴露情况。不出所料,该疫苗被列为药物词典层次结构顶部的VTM,为每种疫苗类型创建了VMPs。有与现有疫苗相匹配的虚拟和实际包装和产品。SNOMED CT中还包括其他给药和疫苗类型的临床术语(gydF4y2Ba
COVID-19疫苗概念。gydF4y2Ba
疫苗品牌/一般/管理gydF4y2Ba | 管理、ngydF4y2Ba | dm+d的个数gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba或SNOMED CTgydF4y2BabgydF4y2Ba代码,ngydF4y2Ba | 原料,ngydF4y2Ba | |||||
|
VTMgydF4y2BacgydF4y2Ba | 钢瓶gydF4y2BadgydF4y2Ba | VMPPgydF4y2BaegydF4y2Ba | AMPPgydF4y2BafgydF4y2Ba | AMPgydF4y2BaggydF4y2Ba |
|
||
通用COVID-19gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BahgydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
通用的信使核糖核酸gydF4y2Ba我gydF4y2Ba | 3.gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
通用的重组gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 3.gydF4y2Ba | |
疫苗管理gydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
COVID-19疫苗管理gydF4y2Ba | 6gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
COVID-19第一剂疫苗接种gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
COVID-19第二剂疫苗接种gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
Oxford-AstraZeneca (gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | 4gydF4y2Ba | 4gydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
现代化gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
Pfizer-BioNTechgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | 2gydF4y2Ba | 1gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
一个gydF4y2Badm+d:药品和器械词典。gydF4y2Ba
bgydF4y2BaSNOMED CT:医学临床试验的系统化命名法。gydF4y2Ba
cgydF4y2BaVTM:虚拟治疗部分。gydF4y2Ba
dgydF4y2BaVMP:虚拟药品。gydF4y2Ba
egydF4y2BaVMPP:虚拟药品包。gydF4y2Ba
fgydF4y2BaAMPP:实际药品包装。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaAMP:实际药品。gydF4y2Ba
hgydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
本研究展示了一种映射方法,使用OMOP CDM识别与CVST和过敏反应相关的代码,将COVID-19疫苗药物警戒所需的常见概念与与英国相关的不同术语联系起来。我们所有预定义的概念都在OMOP CDM中得到了体现。但是,有些映射(如SES)没有特定的映射,因此需要开发自定义映射。我们注意到,可以使用局部代码和变量管理来实现概念粒度较小的专一性,特别是对于CVST。gydF4y2Ba
OMOP CDM对于克服用于aei的编码系统的粒度限制可能不是最优的。Read v2术语的粒度较小,自2016年4月以来一直没有正式更新,因此英国发达国家已经进行了本地化调整,以记录新的疾病和治疗方法,如COVID-19和疫苗接种。gydF4y2Ba
通常,每个数据库都使用cdm(如OMOP),使用其中一个团队创建的脚本映射数据并查询它们。编目使用的应用程序包括White Rabbit和Rabbit in a Hat (gydF4y2Ba
数据库(在本例中是ORCHID)到OMOP CDM的正式映射。我们使用了3个步骤来开发提取、转换和加载(ETL)设计。我们专门针对ORCHID数据库的SQL环境进行了测试。CDM:公共数据模型;OHDSI:观察性健康数据科学和信息学;观察性医疗结果伙伴关系;ORCHID:牛津RCGP临床信息学数字中心。gydF4y2Ba
OMOP清洁发展机制为获取患者人口统计学和社会经济特征、不同疫苗暴露情况提供了框架[gydF4y2Ba
概念映射到大量的术语,例如在OMOP和它的ATHENA在线浏览器中,对于那些进行研究的人来说是有用的和有价值的,这些研究将异类数据聚集在一起进行汇总分析。全面映射必须设置一个粒度级别,该级别可能比它们映射到的术语更具体或更不具体。本地数据库级别的临床变量管理将被证明有助于解决粒度问题。这将允许本地专家对映射进行细化,其他人可以使用这些映射对少量临床概念进行有限的汇总分析。合并分析的互联性也可以支持MHRA用于优化患者安全的自发报告系统。gydF4y2Ba
相关不良事件gydF4y2Ba
实际药品gydF4y2Ba
实际药品包装gydF4y2Ba
用于分析的自动化术语协调、提取和标准化gydF4y2Ba
公共数据模型gydF4y2Ba
脑静脉窦血栓形成gydF4y2Ba
数据和连接COVID-19疫苗PharmacovigilagydF4y2Ba
药品和设备词典gydF4y2Ba
食品和药物管理局gydF4y2Ba
全科医生gydF4y2Ba
诚信经纪服务gydF4y2Ba
管理活动的医学词典gydF4y2Ba
药品和保健产品管理局gydF4y2Ba
全国新冠肺炎队列协作gydF4y2Ba
国民保健制度gydF4y2Ba
观察性健康数据科学与信息学gydF4y2Ba
观察性医疗结果伙伴关系gydF4y2Ba
牛津RCGP临床信息数字中心gydF4y2Ba
以病人为中心的结果研究所gydF4y2Ba
以患者为中心的结果研究网络gydF4y2Ba
皇家全科医师学院gydF4y2Ba
研究及监察中心gydF4y2Ba
真实的数据gydF4y2Ba
安全匿名信息链接gydF4y2Ba
前哨公共数据模型gydF4y2Ba
安全的电子研究平台gydF4y2Ba
社会经济地位gydF4y2Ba
医学临床术语系统命名法gydF4y2Ba
值得信赖的研究环境gydF4y2Ba
虚拟药品gydF4y2Ba
虚拟药品包gydF4y2Ba
虚拟治疗部分gydF4y2Ba
我们感谢牛津皇家全科医师学院(RCGP)研究和监测中心(RSC)的执业成员注册的患者,他们允许在这项研究中共享他们的化名数据。我们也感谢EMIS(教育管理信息系统)、TPP(凤凰合作伙伴关系)、InPractice系统和福祉的合作,以促进数据提取。RSC主要由英国卫生安全局资助。gydF4y2Ba
我们还要感谢所有为研究提供匿名数据的数据提供者。我们要感谢合作伙伴关系,使获取和访问去识别数据成为可能,这导致了这一结果。该合作由威尔士政府技术咨询小组(TAC)指导下的斯万西大学健康数据研究英国团队领导,包括以下团体和组织:安全匿名信息链接(SAIL)数据库、威尔士行政数据研究(ADR)、威尔士数字健康和护理(DHCW)、威尔士公共卫生、国家卫生服务(NHS)共享服务伙伴关系(NWSSP)和威尔士救护车服务信托(WAST)。gydF4y2Ba
SdeL与FDRH和A Sheikh合作构思了该方法。SdeL、GD和A Stipanic起草了协议的版本,所有阅读并批准了论文的作者都提供了输入。gydF4y2Ba
SdeL报告说,通过他的大学,他获得了阿斯利康、葛兰素史克、赛诺菲、Seqirus和武田的疫苗相关研究资助,并成为阿斯利康、赛诺菲和Seqirus咨询委员会的成员。FDRH承认部分支持作为国家卫生与保健研究所(NIHR)应用研究合作(ARC)牛津泰晤士河谷的主任,以及NIHR牛津大学医院(OUH)生物医学研究中心(BRC)的主题领导。FDRH还从阿斯利康(AstraZeneca)、勃林格殷格翰(Boehringer Ingelheim)、拜耳(Bayer)、百时美施贵宝(Bristol Myers Squibb)/辉瑞(BMS /Pfizer)和诺华(Novartis)不时收取演讲或咨询费用。酋长担任英国和苏格兰政府的顾问。他也是Astra-Zeneca's Thrombotic Thrombocytopenic工作组的成员。所有这些角色都是无偿的。RO是国家健康与护理卓越研究所(NICE)技术评估委员会的成员,NICE决策支持小组(DSU)的成员,以及NICE技术支持小组(TSU)的准成员。她曾担任制药行业的有偿顾问,提供不相关的方法学建议。她报告了英国制药工业协会(ABPI)和布里斯托大学的教学费用。RAL是威尔士政府COVID-19技术咨询小组的非续聘成员。 All other authors declare no conflicts of interest.