JBBgydF4y2Ba JMIR生物信息学生物技术gydF4y2Ba JMIR生物信息学和生物技术gydF4y2Ba 2563 - 3570gydF4y2Ba 卡塔尔世界杯8强波胆分析 加拿大多伦多gydF4y2Ba v1i1e20735gydF4y2Ba 33496683gydF4y2Ba 10.2196/20735gydF4y2Ba 原始论文gydF4y2Ba 原始论文gydF4y2Ba 新型冠状病毒之谜:在印度流行的SARS-CoV-2病毒的系统发育和共进化突变分析gydF4y2Ba EysenbachgydF4y2Ba 冈瑟gydF4y2Ba AntoniadesgydF4y2Ba 阿陀斯gydF4y2Ba 普拉丹gydF4y2Ba MeetagydF4y2Ba 巴纳吉gydF4y2Ba AninditagydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0002-3007-6036gydF4y2Ba SarkargydF4y2Ba 拉克什gydF4y2Ba MScgydF4y2Ba 1gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0003-1096-6557gydF4y2Ba 密特拉gydF4y2Ba SuvrotoagydF4y2Ba MScgydF4y2Ba 1gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0003-0651-5884gydF4y2Ba 罗gydF4y2Ba MahadebgydF4y2Ba MScgydF4y2Ba 1gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0001-6340-0659gydF4y2Ba 杜塔gydF4y2Ba 圣诞老人gydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0002-6897-7390gydF4y2Ba Chawla-SarkargydF4y2Ba remamtagydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba
印度医学研究委员会-国家霍乱和肠道疾病研究所gydF4y2Ba Beliaghata Scheme-XM创新科技道P-33gydF4y2Ba 加尔各答,700010gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 91 9830660999gydF4y2Ba chawlam70@gmail.comgydF4y2Ba
https://orcid.org/0000-0002-7141-1785gydF4y2Ba 印度医学研究委员会-国家霍乱和肠道疾病研究所gydF4y2Ba 加尔各答gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 通讯作者:Mamta Chawla-SarkargydF4y2Ba chawlam70@gmail.comgydF4y2Ba Jan-DecgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba e20735gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba ©Anindita Banerjee, Rakesh Sarkar, Suvrotoa Mitra, Mahadeb Lo, Shanta Dutta, Mamta Chawla-Sarkar。最初发表于JMIR研究协议(http://www.researchprotocols.org)， 07.09.2020。gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba

这是一篇开放获取的文章，根据创作共用署名许可协议(http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)的条款发布，允许在任何媒介上不受限制地使用、分发和复制，前提是正确引用了首次发表在JMIR研究协议上的原创作品。必须包括完整的书目信息，http://bioinform.www.mybigtv.com上的原始出版物的链接，以及此版权和许可信息。gydF4y2Ba

 背景gydF4y2Ba

新型冠状病毒的RNA基因组正在快速突变，人传人率正在上升。因此，对其进化动态的时间解剖，不同菌株之间变异的本质，以及了解地方性环境中的单核苷酸多态性至关重要。描绘这种新型病毒的异构基因组星座将有助于我们了解它在特定地理区域的复杂行为。gydF4y2Ba

 客观的gydF4y2Ba

这是对2020年前6个月(1月至6月)全球共享所有流感数据倡议(GISAID)存储库中提供的95个印度SARS-CoV-2基因组序列的综合分析。分析了印度12个不同邦流行的SARS-CoV-2毒株的进化动力学、基因特异性系统发育以及9个结构和非结构基因中新出现的共进化突变。gydF4y2Ba

 方法gydF4y2Ba

从GISAID数据库中下载了印度提交的95条SARS-CoV-2核苷酸序列。利用分子进化遗传学分析(Molecular Evolutionary Genetics Analysis, version X)软件，根据SARS-CoV-2基因的核苷酸序列构建9个系统进化树图。与来自中国武汉的SARS-CoV-2原型进行了共进化突变分析。与A97V突变相关的RNA依赖RNA聚合酶/非结构蛋白NSP12的二级结构被预测。gydF4y2Ba

 结果gydF4y2Ba

系统发育分析揭示了与蝙蝠严重急性呼吸综合征样冠状病毒遗传接近的“L”型SARS-CoV-2毒株的“基因组型簇”进化和适应性选择。这些毒株与穿山甲或中东呼吸综合征相关的冠状病毒毒株有亲缘关系。关于新型共进化突变，目前在印度已发现2个群体，“主要群体”(66/95,69.4%)和“次要群体”(21/95,22.1%)，分别存在4个和5个共存突变。“主要群体”突变落在A2a分支中。除11083G>T (L37F, NSP6基因)外，其余小群突变均为印度菌株所特有。gydF4y2Ba

 结论gydF4y2Ba

这项研究强调了快速进化的SARS-CoV-2病毒以及多个分支和亚分支的共循环。这项全面的研究为监测病毒基因组中的新突变、解释病毒发病机制的变化以及设计疫苗或其他治疗方法提供了潜在的资源。gydF4y2Ba

 SARS-CoV-2gydF4y2Ba 印度隔离gydF4y2Ba 种系发生gydF4y2Ba 核苷酸同源性gydF4y2Ba 新型共进化突变gydF4y2Ba NSP12/RdRP二级结构gydF4y2Ba 遗传学gydF4y2Ba 病毒gydF4y2Ba 进化gydF4y2Ba 突变gydF4y2Ba 新型冠状病毒肺炎gydF4y2Ba 基因组gydF4y2Ba 流行病学gydF4y2Ba 传染性疾病gydF4y2Ba 简介gydF4y2Ba

2019年12月，由新型SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行最初在中国武汉被报道，但在3个月内就蔓延到世界各地[gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba］．截至2020年7月21日，已发现超过1490万人感染了SARS-CoV-2, 210多个国家的死亡人数约为615939人。系统发育分析显示，SARS-CoV-2在亚属内聚集gydF4y2Ba SarbecovirusgydF4y2Ba属之下gydF4y2Ba BetacoronavirusgydF4y2Ba并可能经历了由蝙蝠通过可能的中间宿主马来亚穿山甲的人畜共患传播，最终在人类中传播[gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba］．积极意义上，SARS-CoV-2的单链RNA基因组在短时间内(2019年12月至2020年6月)不断突变并产生多个进化支。因此，有必要分析这种新型冠状病毒的复杂进化特征，识别在世界不同地区流行的菌株之间的单核苷酸多态性(SNPs)和其他突变。之前关于SARS-CoV-2病毒遗传和进化动态的报告试图推断出这种病毒在大流行早期从蝙蝠进入人类的传播方式，但尽管已经获得了更多的序列数据，许多问题仍未得到解答。因此，研究特定地理环境下的异质性基因组星座将有助于了解其复杂的流行病学，并制定特定区域的策略来遏制其传播和严重程度。gydF4y2Ba

2020年1月，喀拉拉邦报告了头3例有武汉旅行史的印度病例[gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba];随后，截至2020年7月21日上午8点，印度标准时间GMT +5:30，印度官方记录的活动性病例为402,529例，康复病例为724,577例，死亡病例为28,084例[gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba］．按COVID-19感染人数计算，印度在全球排名第三，而且在地理上容易受到这种新型病毒的影响，因为印度占全球近6%，占COVID-19死亡人数的3.5%。尽管印度人口密度高，卫生条件差，卫生保健系统负担过重，但与其他西方国家相比，印度的总感染人口比例要低得多，即印度为0.05%，美国为0.87%，巴西为0.73%，俄罗斯为0.46%，意大利为0.4%。虽然印度SARS-CoV-2感染的平均死亡率(2.46%)与世界相当(例如，美国3.88%，欧洲6.6%)，但印度50%的死亡可归因于40-64岁年龄组[gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba］．因此，为了了解印度流行毒株的系统动力学，本研究旨在分析全球共享所有流感数据倡议(GISAID)中提交的完整病毒基因组序列[gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba来自95种SARS-CoV-2代表性菌株，它们分布在印度12个受影响不同的邦。为了阐明可能的祖先，这些印度菌株的基因系统发育已与来自欧洲、美国和中国的其他分离株以及属于感染人类和其他动物宿主的其他属的冠状病毒株进行了破译。还分析了印度SARS-CoV-2毒株之间新的共进化突变。gydF4y2Ba

通过这种基因组分析和系统发育方法，我们试图将重点放在SARS-CoV-2从人畜共患宿主中现有的祖先的自然进化上。此外，分析武汉毒株(分支O)在一段时间内积累在病毒基因组内的新突变将强调它们对病毒蛋白质结构和功能的影响。gydF4y2Ba

 方法gydF4y2Ba 序列挖掘gydF4y2Ba

从GISAID数据库下载了2020年1月至6月印度提交的95条SARS-CoV-2核苷酸序列，用于系统发育分析和新突变筛选。从其他几个国家提交的GenBank数据库下载了SARS-CoV-2以及其他类型冠状病毒的其他几个参考基因序列，用于树状图构建和进一步的谱系分析。gydF4y2Ba

 系统发育分析与突变筛选gydF4y2Ba

以2个结构基因(刺突和核衣壳)和7个非结构基因(非结构蛋白[NSP]2、NSP3、NSP4、NSP6、NSP7、NSP8和NSP12)为对象构建了9个系统发育谱系图。使用MUSCLE v3.8.31 (drive5)对所有相应的基因序列进行多序列比对。氨基酸序列通过TRANSEQ (EMBL-EBI)进行推导。系统进化树状图由分子进化遗传学分析X (MEGAX)构建，使用最大似然统计方法(1000次自举重复)，并对每个树状图使用最佳拟合核苷酸替代模型。通过MEGAX的模型测试参数确定最佳拟合模型。将印度毒株与武汉SARS-CoV-2原型毒株(MN908947.3/SARS-CoV-2 Wuhan- hu -1)进行了不同的新型共存突变分析。gydF4y2Ba

 A97V突变RNA依赖性RNA聚合酶二级结构预测gydF4y2Ba

我们使用Chou和Fasman二级结构预测(CFSSP)在线服务器预测带有新型A97V突变的RNA依赖RNA聚合酶(RdRP)/NSP12的二级结构[gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 结果gydF4y2Ba 结构基因与非结构基因的系统发育分析gydF4y2Ba 斯派克基因gydF4y2Ba

在印度研究的95株分离株中，93株在同一谱系内聚集在一起gydF4y2Ba BetacoronavirusgydF4y2BaSARS-CoV-2在3个不同的亚簇中(A=53株，B=12株，C=28株)，而2株分别来自泰伦加纳(Telangana) (EPI_ISL_ 431101)和来自马哈拉施特拉邦(Maharashtra) (EPI_ISL_ 479550)，分别靠近C亚簇，在spike (S)基因的系统发育树状图中包含分支特异性菌株A1、A3、B1、B2、B1 -1和B4-2。SARS-CoV-2原型毒株属于O支(MN908947.3/SARS-CoV-2/HUMAN/CHN/Wuhan-Hu-1/2019)，与印度毒株在C亚簇内属于同一谱系(>99%同源性)。亚簇A由分支特异性A2和A2a毒株以及来自纽约动物园的老虎毒株和另一种食肉哺乳动物水貂SARS-CoV-2组成。3个亚聚类间菌株的时间分布无明显规律。所有具有代表性的印度株间核苷酸序列同源性均为99% ~ 100%。印度株与蝙蝠(EPI_ISL_402131 /COV / Bat /YUNNAN /RATG13 /2013)和穿山甲冠状病毒(EPI_ISL_410540 /COV /穿山甲/广西/ P5L/2017)的同源性分别为92.8% ~ 93%和83.5%。与其他蝙蝠严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒株(如MG772933.1/ SARS -like - cov / bat / bat - sl - covzc45 /2017和MG772934.1/ SARS -like - cov / bat / bat - sl - covzxc21 /2015)的同源性较低(75.8% ~ 76.7%)，而中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS-CoV;KJ713299.1 /MERS-COV/ CAMEL /SAU /KSA-CAMEL-376 /2013和KU308549.1/MERS-COV/ HUMAN/ KOR/ SEOUL-SNU1-035/ 2015)与印度SARS-CoV-2菌株有远缘关系(同源性为52.5%-52.9%;gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 核衣壳蛋白基因gydF4y2Ba

核衣壳(N)基因的系统发育树状图显示，在95个印度研究分离株中，92株聚集在同一谱系gydF4y2Ba BetacoronavirusgydF4y2BaSARS-CoV-2在3个不同的亚簇中(A=33株，B=47株，C=12株)，而来自泰米尔纳德邦(EPI_ISL_ 458040)、古吉拉特邦(EPI_ISL_ 458107)和德里(EPI_ISL_ 435111)的3株分别挤出，接近于C亚簇。亚群A由前3个月(1月、2月和3月)的菌株组成，而亚群B包含后3个月的菌株。亚簇C为混合菌株。分支特异性毒株(A1、A1a、A2、A2a、A5、B1、B4-1)和SARS-CoV-2原型毒株O分支(MN908947.3/SARS-CoV-2/HUMAN/CHN/武汉- hu -1/2019)聚集在B亚簇附近，B4-2、A3、B2分支聚集在c亚簇附近。印度代表性毒株之间以及与不同分支特异性毒株之间核苷酸同源性均为>99.8%。印度株与蝙蝠冠状病毒(EPI_ISL_402131 /COV/ bat /YUNNAN /RATG13 /2013、MG772933.1 /SARS-LIKE-COV / bat / bat - sl - covzc45 /2017、MG772934.1 /SARS-LIKE-COV / bat / bat - sl - covzxc21 / 2015)序列同源性91% ~ 97%，与穿山甲株(EPI_ISL_410540 /COV/穿山甲/广西/ P5L /2017)序列同源性91%。与蝙蝠株相比，MERS-CoV株(KJ713299.1/ MERS-CoV /CAMEL /SAU /KSA-CAMEL-376 /2013和KU308549.1/ MERS-CoV /HUMAN /KOR /SEOUL-SNU1-035/2015)与印度SARS-CoV-2株在遗传上存在距离(同源性56.9%-57.3%;gydF4y2Ba 多媒体附件2gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 RNA依赖RNA聚合酶基因(RdRP/NSP12)gydF4y2Ba

RdRP/NSP12基因的系统发育树状图显示，在95个印度研究分离株中，93株聚集在同一谱系内gydF4y2Ba BetacoronavirusgydF4y2Ba新冠病毒分为3个亚群(A=64株，B=22株，C=7株)。在树状图中，来自喀拉拉邦(Kerala)的两株(EPI_ISL_ 413523)和来自德里(Delhi)的两株(EPI_ISL_ 435111)与这3个亚簇距离较远，与A1a、A2、A3、A5、B1、B2、B1 -1、B4-2和O支原型株距离较近。亚簇A菌株与A2a分支特异性菌株聚在一起，亚簇C与A1菌株聚在一起。3个亚簇的应变分布无时间特异性。所有印度菌株之间以及不同分支特异性菌株之间的核苷酸同源性均为99.8%。SARS-CoV-2 O型菌株原型(MN908947.3 / SARS-CoV-2 /HUMAN /CHN /Wuhan-Hu-1 /2019)与所有3个亚型都相距较远。印度毒株与蝙蝠冠状病毒(EPI_ISL_402131 /COV / bat /YUNNAN /RATG13/2013)序列同源性97.8%，与穿山甲(EPI_ISL_410540 /COV /穿山甲/广西/ P5L/2017)和其他蝙蝠sars样冠状病毒毒株(MG772933.1 / SARS-like -COV / bat / bat - sl - covzc45 /2017和MG772934.1 / SARS-like -COV / bat / bat - sl - covzxc21 /2015)序列同源性86.7% ~ 88.6%。MERS-CoV株(KJ713299.1 / MERS-CoV /CAMEL /SAU/ KSA-CAMEL-376/2013和KU308549.1 / MERS-CoV /HUMAN /KOR /SEOUL-SNU1-035 /2015)与印度SARS-CoV-2株具有远缘关系(同源性68.1%;gydF4y2Ba 多媒体附件2gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 NSP2, NSP3, NSP4, NSP6, NSP7和NSP8基因gydF4y2Ba

这6个基因的树状图显示出相似的模式。所有95株印度菌株均聚集在2个亚簇中(A=39株，B=56株)gydF4y2Ba BetacoronavirusgydF4y2BaSARS-CoV-2谱系。亚簇A株主要来自2020年前3个月，而B株包含2020年未来3个月的菌株。亚簇A和B的DNA同源性为99.9% ~ 100%。除NSP7和NSP8外，所有分支特异性毒株(A1、A1a、A2、A2a、A3、A5、B1、B2、B4-1和B4-2)以及原型SARS-CoV-2分支O (MN908947.3/SARS-CoV-2 /HUMAN /CHN /武汉- hu -1 /2019)均聚集在亚簇A附近(同一性99.9%)，其中原型分支O毒株出现在亚簇B毒株中。从水貂和老虎等肉食性哺乳动物中分离出的SARS-CoV-2菌株在所有树状图中也与A亚簇菌株分组接近(99.9%的同源性)。亚簇A和B株与蝙蝠冠状病毒EPI_ISL_402131 /COV/ bat /YUNNAN /RATG13 /2013的核苷酸序列相似性为95.4% ~ 98.1%，而穿山甲衍生株EPI_ISL_410540/COV/穿山甲/广西/P5L/2017的核苷酸序列相似性较低(83% ~ 87.5%)。MERS-CoV株NC_019843.3/ MERS-CoV /HUMAN/NLD/HCOV-EMC/2012和KU740200.1 / MERS-CoV /CAMEL /EGYPT /NRCE-NC163/2014与印度分离株的系统发育距离显著(同源性仅为49.6% ~ 60.8%)。gydF4y2Ba 多媒体附录gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 L型和s型SARS-CoV-2gydF4y2Ba

在8782 (NSP4基因)和28144(开放阅读框[ORF]8)位点的SNPs在所研究的印度分离株之间显示完全连锁。在这两个位点，有93株菌株表现为“CT”单倍型(编码ORF8蛋白第84位氨基酸亮氨酸的密码子位置t28144为“L”型)，只有2株(来自喀拉拉邦的1株，EPI_ISL_413523和德里的1株，EPI_ISL_435111)表现为“TC”单倍型(编码ORF8蛋白第84位丝氨酸的密码子位置c28144为“S”型)。gydF4y2Ba

 同义和非同义突变分析gydF4y2Ba SARS-CoV-2印度分离株常见突变gydF4y2Ba

为探究95株SARS-CoV-2毒株之间的突变，我们参照SARS-CoV-2原型毒株(MN908947.3/SARS-CoV-2/HUMAN/CHN/ wuhan - hul -1/2019)，从基因组水平和不同蛋白质的氨基酸水平，特别是S糖蛋白、N蛋白、NSP2、NSP3、NSP4、NSP6、NSP7、NSP8、RdRP/NSP12进行了深入的序列分析。在95份样本中，2份(2.1%)未发现显著的“L”型突变(EPI_ISL_435111和EPI_ISL_413523)。在93个“L”型样本中，6个(6.3%;EPI_ISL_481156、EPI_ISL_476840、EPI_ISL_476023、EPI_ISL_458080、EPI_ISL_431101和EPI_ISL_413522)均无突变，为野生型。对其余87株菌株的突变分析显示，在印度有两个主要的“群体”，即“主要群体”和“次要群体”。在95个分离株中，“主要组”包括66个(69.4%)，揭示了4个共存的SNPs: 5 ' UTR中的241C>T, NSP3基因中的3037C>T (F106F)， NSP12基因中的14408C>T (P323L)和S基因中的23403A>G (D614G) (gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba)．这种“主要”的SARS-CoV-2主要在德里、马哈拉施特拉邦、西孟加拉邦、奥里萨邦、泰伦加纳邦和古吉拉特邦等地区传播。另外21份(22.1%)样本，代表“小组”，有5个共存突变:S基因23929C>T (Y789Y)， N基因28311C>T (P13L)， NSP3基因6312C>A (T1198K)， NSP6基因11083G>T (L37F)， NSP12/RdRP基因13730C>T (A97V) (gydF4y2Ba 表2gydF4y2Ba)．不用说，在同一株SARS-CoV-2毒株中，“小群”的5个共存突变和“大群”的4个共存突变并不重叠。SARS-CoV-2的“小群体”在泰米尔纳德邦(南部)和北方邦(中部/北部)占主导地位。gydF4y2Ba

2020年1月至6月印度各地SARS-CoV-2主要毒株(n=66)相关的单核苷酸多态性。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba

州和加入号gydF4y2Ba 穗糖蛋白(21,563-25,384 nts/1273个氨基酸)gydF4y2Ba RdRPgydF4y2BabgydF4y2Ba蛋白质(13442 - 16236 nts/932个氨基酸)gydF4y2Ba 规划的gydF4y2BacgydF4y2Ba3蛋白(2720-8554 nts/1945个氨基酸)gydF4y2Ba 5 ' utrgydF4y2BadgydF4y2Ba(1 - 265元)/非编码gydF4y2Ba NgydF4y2BaegydF4y2Ba蛋白质(28274 - 29533 nts/419个氨基酸)gydF4y2Ba NSP2蛋白(806-2719 nts/638个氨基酸)gydF4y2Ba
Q271RgydF4y2BafgydF4y2Ba D614GgydF4y2BaggydF4y2Ba G1124VgydF4y2BahgydF4y2Ba D294DgydF4y2Ba我gydF4y2Ba P323LgydF4y2BajgydF4y2Ba F106FgydF4y2BakgydF4y2Ba A994DgydF4y2BalgydF4y2Ba K1249KgydF4y2Ba米gydF4y2Ba 241 c > TgydF4y2Ba S194LgydF4y2BangydF4y2Ba RG203KRgydF4y2BaogydF4y2Ba R41RgydF4y2BapgydF4y2Ba T393IgydF4y2Ba问gydF4y2Ba T85IgydF4y2BargydF4y2Ba
德里(n = 13)gydF4y2Ba
EPI_ISL_gydF4y2Ba435061年,EPI_ISL_gydF4y2Ba435062年,EPI_ISL_gydF4y2Ba482665 (n = 3)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 482498 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
ep_isl_ 435069 (n=5)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 435070, EPI_ISL_ 435071 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 435063, EPI_ISL_ 435064 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
泰米尔纳德邦(4人)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 458032, EPI_ISL_ 458033, EPI_ISL_ 458044, EPI_ISL_ 458040 (n=4)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
马哈拉施特拉邦(n = 13)gydF4y2Ba
Epi_isl_ 479493, Epi_isl_ 479510, Epi_isl_ 479553, Epi_isl_ 479533, Epi_isl_ 479538, Epi_isl_ 479497, Epi_isl_ 479550, Epi_isl_ 479554, Epi_isl_ 479557, Epi_isl_ 479560, Epi_isl_ 479562, Epi_isl_ 479571, Epi_isl_ 479564 (n =13)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
西孟加拉邦(n=5)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 430466, EPI_ISL_ 430467 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 430465 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 430468, EPI_ISL_ 430464 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
古吉拉特邦(n = 11)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 458107, EPI_ISL_ 483878, EPI_ISL_ 476869, EPI_ISL_ 469036, MT576031 (n=5)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 461484, EPI_ISL_ 476864 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 471637 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 475058 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 426414, EPI_ISL_ 426415 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
Odisha (n = 7)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 481154, EPI_ISL_ 481157 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 481115, EPI_ISL_ 463078, EPI_ISL_ 481177, EPI_ISL_ 481180, EPI_ISL_ 481186 (n=5)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
中央邦(n=2)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 476884, EPI_ISL_ 476842 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
Telangana (n = 5)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 458080, EPI_ISL_ 431101 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 431117 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 471588 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 471629 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
卡纳塔克邦(n = 5)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 477207, EPI_ISL_ 477250 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 477255, EPI_ISL_ 477237, 477239 (n=3)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
北方邦(n=1)gydF4y2Ba
EPI_ISL_ 435060 (n=1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba与武汉-胡-1 (MN908947.3)进行基因突变分析。gydF4y2Ba

bgydF4y2BaRdRP: RNA依赖的RNA聚合酶。gydF4y2Ba

cgydF4y2BaNSP:非结构蛋白。gydF4y2Ba

dgydF4y2Ba5 ' UTR: 5 '未翻译区域。gydF4y2Ba

egydF4y2BaN:核衣壳。gydF4y2Ba

fgydF4y2Ba22374 > G。gydF4y2Ba

ggydF4y2Ba23403 > G。gydF4y2Ba

hgydF4y2Ba24933 g > T。gydF4y2Ba

我gydF4y2Ba22444 c > T。gydF4y2Ba

jgydF4y2Ba14408 c > T。gydF4y2Ba

kgydF4y2Ba3037 c > T。gydF4y2Ba

lgydF4y2Ba5700 c >。gydF4y2Ba

米gydF4y2Ba6466 G >。gydF4y2Ba

ngydF4y2Ba28854 c > T。gydF4y2Ba

ogydF4y2Ba28881 - 28883年GGG > AAC。gydF4y2Ba

pgydF4y2Ba28396 g > A。gydF4y2Ba

问gydF4y2Ba29451 c > T。gydF4y2Ba

rgydF4y2Ba1059 c > TgydF4y2Ba

2020年1月至6月，印度SARS-CoV-2小群菌株(n=21)的单核苷酸多态性。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba

州和加入号gydF4y2Ba 穗糖蛋白(21,563-25,384 nts/1273个氨基酸)gydF4y2Ba RdRPgydF4y2BabgydF4y2Ba蛋白质(13442 - 16236 nts/932个氨基酸)gydF4y2Ba NgydF4y2BacgydF4y2Ba蛋白质(28274 - 29533 nts/419个氨基酸)gydF4y2Ba 规划的gydF4y2BadgydF4y2Ba3蛋白(2720-8554 nts/1945个氨基酸)gydF4y2Ba NSP6蛋白(10,973-11,842 nts/290个氨基酸)gydF4y2Ba
Y789Y (23929 c > T)gydF4y2Ba A97V (13730 c > T)gydF4y2Ba P13L (28311 c > T)gydF4y2Ba S1197R (6310 c >)gydF4y2Ba T1198K (6312 c >)gydF4y2Ba L37F (11083 g > T)gydF4y2Ba
泰米尔纳德邦(8人)gydF4y2Ba
- EPI_ISL_435096, EPI_ISL_435084, EPI_ISL_435087 (n=6)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_435091, EPI_ISL_435092 (n=2)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
马哈拉施特拉邦(n = 1)gydF4y2Ba
EPI_ISL_435077 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
Odisha (n = 2)gydF4y2Ba
EPI_ISL_463017 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
EPI_ISL_463010 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
中央邦(n=1)gydF4y2Ba
EPI_ISL_476848 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
Telangana (n = 1)gydF4y2Ba
EPI_ISL_431103 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
卡纳塔克邦(n = 4)gydF4y2Ba
EPI_ISL_486399, EPI_ISL_486394, EPI_ISL_486408, EPI_ISL_MT396248 (n=4)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
北方邦(n=3)gydF4y2Ba
EPI_ISL_435100, EPI_ISL_435099, EPI_ISL_435082 (n=3)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba
比哈尔邦(n = 1)gydF4y2Ba
EPI_ISL_435112 (n = 1)gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba ✓gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba与武汉-胡-1 (MN908947.3)进行基因突变分析。gydF4y2Ba

bgydF4y2BaRdRP: RNA依赖的RNA聚合酶。gydF4y2Ba

cgydF4y2BaN:核衣壳。gydF4y2Ba

dgydF4y2BaNSP:非结构蛋白。gydF4y2Ba

 SARS-CoV-2印度分离株的独特突变gydF4y2Ba

“主组”S基因除23403A>G (D614G)外，还发现23374A>G (Q271R)、24933G>T (G1124V)、22444C>T (D294D) 3个不常见突变(gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba)．67株主组分离株中28株出现4个新突变:28854C>T (S194L;n=13)， 28881-28883GGG>AAC (R203K和G204R;n=13)，共进化突变29451C>T (T393I)和28395G>A (R41R;n=2)在n基因(gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba)．有趣的是，在主要组的11个样本中，发现N基因中的28854C>T (S194L)与S基因中的22444C>T (D294D)突变共同进化(gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba)．我们还观察到NSP2基因中1059T>A (T85I)和NSP3基因中6466A>G (K1249K)的变化(n=2)。在小组的3个样本中，6310C>A (S1197R)与小组相关。NSP7和NSP8基因均未发现突变。gydF4y2Ba

 错义突变A97V对NSP12/RdRP二级结构的影响gydF4y2Ba

RdRP是病毒RNA复制和维持基因组保真度的关键酶。因此，RdRP结构的任何显著变化都可能影响其功能，导致基因组突变率的增加。我们在RdRP蛋白中发现了2个错义突变:P323L与“主组”分离株相关，A97V与“小组”分离株相关。P323L对RdRP二级结构的影响已被描述[gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba］．因此，我们利用CFSSP服务器分析了新突变A97V对RdRP二级结构的影响。A97V突变导致RdRP二级结构中β-层94、95和96位α-螺旋的取代，这可能改变其三级构象并影响其功能(gydF4y2Ba 多媒体附录10gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 讨论gydF4y2Ba 主要研究结果gydF4y2Ba

多个科学小组基于全基因组测序研究了全球SARS-CoV-2大流行毒株的分子和遗传特征[gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba］．通过这项综合分析，我们的目标是密切调查印度各地新出现的SARS-CoV-2毒株的祖先、进化动态、快速突变的积累和跨基因翻译。自SARS-CoV-2起源以来，基因组中几个点突变的快速积累是不同单系分支进化的主要驱动力。根据我们研究中不同的系统发育树谱图，所有SARS-CoV-2菌株都与原型菌株(武汉IME-WH01/2019)存在单系进化分支。所有印度分离株与全球报告的其他SARS-CoV-2株(99.8%-100%核苷酸序列相同)的聚类表明，这种病毒在印度的传入来自几个国家。系统发育树状图中来自武汉的原型毒株的聚类模式强调了这样一个事实，即中国可能是这种人畜共患病毒的起源，该病毒最终在世界范围内传播[gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

SARS-CoV-2的起源仍未确定，但迫切需要鉴定其中间宿主，以防止在不久的将来进一步传播和种间传播。因此，我们启动了这项研究，作为印度首次破译在该地方病环境中流行的SARS-CoV-2菌株的基因系统发育的研究之一。结果描述了95个印度分离株的基因组型簇，包括结构基因S和N以及非结构基因RdRP/NSP12。通过对不同分支特异性菌株的聚类研究，建立了基因组型聚类的发展。尽管每个基因都存在DNA同源性变异，但据推测，这些来自蝙蝠和马来亚穿山甲衍生的SARS-CoV-2株最近发生了分叉，随后通过所有9个树状图描述了人畜共患传播给人类。此外，SARS-CoV-2菌株与MERS-CoV和其他人类冠状病毒距离较远。这一结论与其他将蝙蝠和穿山甲确定为SARS-CoV-2近源的系统发育研究一致[gydF4y2Ba 14gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

我们的研究强调，印度研究分离株的S基因与一些蝙蝠源性毒株(如bat- sl - covzc45和bat- sl - covzxc21)的序列相似性较低，而与蝙蝠sars样冠状病毒(SARSr-CoV/RaTG13)的同源性最高。这一观察结果与一份报告一致，该报告显示，在中国流行的SARS-CoV-2毒株的S基因与蝙蝠毒株(如SL-CoVZC45和SL-CoVZXC21)的序列同源性最低(近70%)，而与蝙蝠sars相关冠状病毒(SARSr-CoV/RaTG13)的同源性为96.2%。所有印度SARS-CoV-2和穿山甲衍生菌株S基因S1亚基内的rna结合域在进化上是保守的，在系统发育上比蝙蝠RaTG13更接近，强调了两者之间熟悉的发病模式。印度SARS-CoV-2分离物也具有一个多碱基切割位点(RRAR;根据Andersen等人的报道，在S蛋白S1和S2亚基交界处的氨基酸位置682-685)[gydF4y2Ba 14gydF4y2Ba］．SARS-CoV-2株被分为两大类，其特征是在8782位(NSP4基因)和28144位(ORF8基因)上有两个snp位点，揭示了完全连锁[gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba］．在我们印度的研究分离株中，l型(CT单倍型)的频率(93/ 95,97.9%)远高于s型(TC单倍型;2/ 95,2.1%)，表明l型在该地理区域的优势大于s型。gydF4y2Ba

卷积突变分析还发现印度两组SARS-CoV-2突变株共循环。SARS-CoV-2毒株的“主要类群”(66/ 95,69.4%)代表了先前在非洲、南美洲、大洋洲、南亚和西亚报道的A2a分支，包括具有共同进化突变的菌株，如241 C>T (5 ' UTR)、3037 C>T (F106F, NSP3)、14403 C>T (P323L, RdRP/NSP12)和23403 A>G (D614G, S糖蛋白)[gydF4y2Ba 18gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba］．“主组”部分菌株S基因发生22374A>G (Q271R)、24933G>T (G1124V)和22444C>T (D294D)突变，为印度特有。研究发现，S蛋白中的错义突变Q271R和G1124V分别位于n链糖基化位点282和1134附近，这些突变可能影响蛋白功能[gydF4y2Ba 21gydF4y2Ba］．在“主群”13株SARS-CoV-2毒株的N基因中观察到28881-28883 GGG>AAC (R203K和G204R)三位点突变并不奇怪。此前，墨西哥、南美、澳大利亚、新西兰和一些亚洲国家都报道过这种情况[gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba］．203/204区域是N蛋白SR二肽结构域的一部分。gydF4y2Ba 老gydF4y2BaNSgydF4y2Ba 老gydF4y2BaNSTPGSgydF4y2Ba 老gydF4y2BaGTSPARMA)和203位精氨酸转变为赖氨酸;甘氨酸在204位与精氨酸相连，导致在丝氨酸和精氨酸之间插入赖氨酸残基(gydF4y2Ba 老gydF4y2BaNSgydF4y2Ba 老gydF4y2BaNSTPGSgydF4y2Ba SKRgydF4y2BaTSPARMA)，这可能会干扰N蛋白正常功能所需的丝氨酸残基磷酸化[gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba］．这种突变需要特别注意，因为之前在sars相关冠状病毒中观察到SR结构域缺失会降低致病性[gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba］．NSP3基因6310 C>A (S1197R)、7392 C>T (P1558L)和6466 A>G (K1249K)位点的突变完全是印度菌株所特有的。NSP2中1059 T>A (T85I)位点和NSP4中8782 C>T (S76S)位点的少数罕见突变在其他国家也有报道[gydF4y2Ba 19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

印度SARS-CoV-2“小群”(21/ 95,22.1%)由5种共进化突变株组成:13730C>T (A97V, RdRP/NSP12)、23929C>T (Y789Y, S)、28311C>T (P13L, N)、6312C>A (T1198K, NSP3)和11083G>T (L37F, NSP6)。除了11083G>T (L37F, NSP6)之前被报道为来自澳大利亚、日本、荷兰和其他一些欧洲国家的罕见突变外，所有“小群”突变在印度分离株中都是新的[gydF4y2Ba 18gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba］．L37F突变强烈暗示正向选择进化gydF4y2Ba BetacoronavirusesgydF4y2Ba，表明这种阳性选择可能是“小群体”的起源，随后在已经携带11083G>T突变的菌株中获得突变[gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba］．NSP6与NSP3和NSP4的相互作用对双膜囊泡的形成至关重要[gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba］．因此，值得注意的是，在“小群”菌株的NSP3中存在共存突变6312 C> a (T1198K)，尽管这种共存(L37F和T1198K)在NSP6-NSP3相互作用中的意义只能通过关联研究来证实。由于13730 C>T (A97V)变化的存在，RdRP的功能准确性受到了挑战，该变化被预测对RdRP的二级结构有显著影响[gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba］．此外，A97V被发现位于niidvirus rdrp相关核苷酸转移酶结构域，其功能尚不清楚[gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba］．P13L突变位于N蛋白的内在无序区，可能影响N蛋白N端结构域和c端结构域的rnd结合活性[gydF4y2Ba 28gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 29gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

RdRP/NSP12蛋白的任何显著突变都可能改变复制机制，从而损害病毒RNA复制的保真度和随后可能的新突变的积累。RdRP中的错义突变14408C>T (P323L)于2020年2月在意大利(伦巴第)首次被观察到。自2020年2月以来，来自欧洲和北美的少数菌株显示，在RdRP基因内含有14408C>T (P323L)突变的SARS-CoV-2基因组中出现了3037C>T (F106F, NSP3)、23403A>G (D614G)和28881-28883GGG>AAC (R203K和G204R, N)等突变，这表明与来自亚洲的病毒基因组相比，14408C>T (P323L)可能存在关联或共存，并出现了更多的新点突变[gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba］．因此，我们可以认为，14408C>T (P323L)和13730C>T (A97V)这两个被发现对RdRP二级结构有显著影响的突变，可能在印度(亚洲)同时建立具有几个特征“共进化突变”的SARS-CoV-2“两组”中发挥关键作用。然而，这需要实验验证。最近的一项研究报告显示，不同地理区域的新冠病毒基因组突变频率不同，欧洲和北美的新冠病毒基因序列突变频率高于亚洲。他们的研究在来自欧洲的分离株中发现了一些在亚洲国家传播的病毒中没有检测到的复发突变，如3037C>T (F106F/NSP3基因)、14408C>T (P323L/RdRP基因)、28881-28883GGG>AAC (R203K和G204R/N基因)和23403A>G (D614G/S基因)[gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba］．相比之下，我们的分析显示，所有这些突变都是随着时间的推移在欧洲以外积累起来的，并在印度(亚洲)流行的SARS-CoV-2菌株的“主要群体”中广泛存在。gydF4y2Ba

在国家生物技术信息中心和GISAID等公开服务器上免费提供基因组序列，使基因组研究发生了革命性变化，从而实现了对突变、重组事件的持续监测、分子诊断技术的发展、疫苗毒株的鉴定等。持续的致命大流行需要记录完整的患者元数据以及SARS-CoV-2毒株的全基因组序列，以便更好地了解这种病毒的流行病学和毒性。开发新的技术，除了完整的病毒基因组序列外，还可以帮助记录其他信息，如特定疾病特征(共病、呼吸评分、基本血液参数)、治疗、住院或门诊治疗的要求、治疗结果、危及生命的并发症或死亡率。这也有助于就治疗方式作出基于地理区域的决定，以及在疫苗配方中纳入高毒力亚型毒株。gydF4y2Ba

 结论gydF4y2Ba

印度人口密度高，贫困线以下人口众多，医疗设施负担过重，因此新冠肺炎社区传播的风险更大。因此，严格监测和监测病毒流行病学和新病毒的遗传多样性可以为更好的卫生保健策略和疫苗设计铺平道路。这项研究全面分析了在印度不同地区流行的SARS-CoV-2毒株的祖先、进化动态、分支特异性遗传变异，以及独特的共进化突变的发展。由于缺乏患者元数据，无法确定新突变对临床结果的影响或印度两组不同的流行菌株的毒力差异。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株S基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布具有不变位点的一般时间可逆模型(GTR+G+I)。斯派克。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株N基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布具有不变位点的一般时间可逆模型(GTR+G+I)。N:核衣壳。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株RdRP/NSP12基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布的一般时间可逆模型(GTR+G)。NSP12:非结构蛋白12;RdRP: RNA依赖的RNA聚合酶。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP2基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布的一般时间可逆模型(GTR+G)。NSP2:非结构蛋白2。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP3基因核苷酸序列与其他已知的各自基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为一般时间可逆模型(GTR)。NSP3:非结构蛋白3。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP4基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。构建系统发育树状图的最佳拟合模型为具有不变位点的一般时间可逆模型(GTR+I)。NSP4:非结构蛋白4。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP6基因核苷酸序列与其他已知的各自基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。用于构建系统发育树状图的最佳拟合模型为具有不变位点的Tamura-3模型(T92+I)。NSP6:非结构蛋白6。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP7基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。构建系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布的Tamura-3模型(T92+G)。NSP7:非结构蛋白8。gydF4y2Ba

最大似然法分子系统发育分析。基于2020年初在印度流行的SARS-CoV-2毒株NSP8基因核苷酸序列与其他已知基因型毒株的系统发育树状图。有代表性的印度品系已用实心圈标出。比例尺设为每个位点0.1个核苷酸取代。引导值小于70%时不显示。建立系统发育树状图的最佳拟合模型为gamma分布具有不变位点的一般时间可逆模型(GTR+G+I)。NSP8:非结构蛋白8。gydF4y2Ba

A97V突变对RdRP/NSP12蛋白二级结构的影响(A) SARS-CoV-2武汉分离物97a(丙氨酸)残基附近RdRP的二级结构。(B)印度分离物第97 V(缬氨酸)残基附近RdRP的二级结构。NSP12:非结构蛋白12;RdRP: RNA依赖的RNA聚合酶。gydF4y2Ba

 缩写gydF4y2Ba CFSSPgydF4y2Ba

Chou和Fasman二级结构预测gydF4y2Ba

 GISAIDgydF4y2Ba

共享所有流感数据全球倡议gydF4y2Ba

 MEGAXgydF4y2Ba

分子进化遗传学分析，第十版gydF4y2Ba

 MERS-CoVgydF4y2Ba

中东呼吸综合征相关冠状病毒gydF4y2Ba

 NgydF4y2Ba

核衣壳gydF4y2Ba

 规划的gydF4y2Ba

非结构蛋白gydF4y2Ba

 羊痘疮gydF4y2Ba

开式阅读架gydF4y2Ba

 RdRPgydF4y2Ba

依赖RNA的RNA聚合酶gydF4y2Ba

 年代gydF4y2Ba

斯派克gydF4y2Ba

 “非典”gydF4y2Ba

严重急性呼吸系统综合症gydF4y2Ba

 单核苷酸多态性gydF4y2Ba

单核苷酸多态性gydF4y2Ba

 5 ' UTRgydF4y2Ba

五撇非平移区域gydF4y2Ba

这项研究得到了印度新德里印度医学研究委员会的校内拨款支持。作者对科学家和实验室工作人员在COVID-19检测和下一代基因组测序实验室的辛勤工作和奉献精神表示感谢。gydF4y2Ba

RS和ML分别得到了印度大学教育资助委员会和科学与工业研究理事会的奖学金支持。gydF4y2Ba

没有宣布。gydF4y2Ba

 卡拉威gydF4y2Ba EgydF4y2Ba 冠状病毒疫苗:试验开始时的五个关键问题gydF4y2Ba 自然gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 579gydF4y2Ba 7800gydF4y2Ba 481gydF4y2Ba 10.1038 / d41586 - 020 - 00798 - 8gydF4y2Ba 32203367gydF4y2Ba 10.1038 / d41586 - 020 - 00798 - 8gydF4y2Ba 周gydF4y2Ba PgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 如果gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 朱gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 罗gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 郭gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 姜gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 沈gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 郑gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba KgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 邓gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 杨ydF4y2Ba BgydF4y2Ba 张ydF4y2Ba FgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 肖gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 史gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 与一种可能来自蝙蝠的新型冠状病毒有关的肺炎爆发gydF4y2Ba 自然gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 579gydF4y2Ba 7798gydF4y2Ba 270gydF4y2Ba 273gydF4y2Ba 10.1038 / s41586 - 020 - 2012 - 7gydF4y2Ba 32015507gydF4y2Ba 10.1038 / s41586 - 020 - 2012 - 7gydF4y2Ba PMC7095418gydF4y2Ba 亚达夫gydF4y2Ba PDgydF4y2Ba PotdargydF4y2Ba 弗吉尼亚州gydF4y2Ba 超gydF4y2Ba 毫升gydF4y2Ba NyayanitgydF4y2Ba 达gydF4y2Ba AgrawalgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba JadhavgydF4y2Ba SMgydF4y2Ba MajumdargydF4y2Ba 道明gydF4y2Ba Shete-AichgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 巴苏gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 亚伯拉罕gydF4y2Ba PgydF4y2Ba CheriangydF4y2Ba 党卫军gydF4y2Ba 来自印度的前两种SARS-CoV-2病毒全基因组序列gydF4y2Ba 印度医学杂志gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 151gydF4y2Ba 2 & 3gydF4y2Ba 200gydF4y2Ba 209gydF4y2Ba 10.4103 / ijmr.IJMR_663_20gydF4y2Ba 32242873gydF4y2Ba 281471gydF4y2Ba PMC7258756gydF4y2Ba # IndiaFightsCorona COVID-19gydF4y2Ba 印度政府gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba https://www.mygov.in/covid-19/?cbps=1gydF4y2Ba 莫汉蒂gydF4y2Ba SKgydF4y2Ba SahoogydF4y2Ba UgydF4y2Ba MishragydF4y2Ba 我们gydF4y2Ba DubeygydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 印度不同COVID-19感染情景下过早死亡的年龄格局gydF4y2Ba medRxivgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 06gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 10.1101 / 2020.06.11.20128587gydF4y2Ba 共享所有流感数据全球倡议gydF4y2Ba GISAID EpiFlu数据库gydF4y2Ba GISAIDgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 10.17616 / R3Q59FgydF4y2Ba 周gydF4y2Ba PYgydF4y2Ba FasmangydF4y2Ba GDgydF4y2Ba 蛋白质构象预测gydF4y2Ba 生物化学gydF4y2Ba 1974gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 222gydF4y2Ba 45gydF4y2Ba 10.1021 / bi00699a002gydF4y2Ba 4358940gydF4y2Ba 集gydF4y2Ba GBgydF4y2Ba 巴纳吉gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 自由gydF4y2Ba 门将gydF4y2Ba SARS-CoV-2 RNA依赖RNA聚合酶的新突变及其对其蛋白质结构的影响gydF4y2Ba PeerJgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba e9492gydF4y2Ba 10.7717 / peerj.9492gydF4y2Ba 32685291gydF4y2Ba 9492gydF4y2Ba PMC7337032gydF4y2Ba AdhikarigydF4y2Ba SPgydF4y2Ba 孟gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 毛gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 叶gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 太阳gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 西尔维娅gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 罗思高gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba RaatgydF4y2Ba HgydF4y2Ba 周gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 冠状病毒病(COVID-19)暴发早期的流行病学、病因、临床表现和诊断、预防和控制:范围综述gydF4y2Ba 传染疾病贫穷gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 29gydF4y2Ba 10.1186 / s40249 - 020 - 00646 - xgydF4y2Ba 32183901gydF4y2Ba 10.1186 / s40249 - 020 - 00646 - xgydF4y2Ba PMC7079521gydF4y2Ba 陆gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 妞妞gydF4y2Ba PgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 首歌gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 朱gydF4y2Ba NgydF4y2Ba BigydF4y2Ba YgydF4y2Ba 妈gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 张ydF4y2Ba FgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 周gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 周gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 孟gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 林gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 元gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 谢gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 妈gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba WJgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 徐gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 福尔摩斯gydF4y2Ba 电子商务gydF4y2Ba 高gydF4y2Ba 女朋友gydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 史gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 唐ydF4y2Ba WgydF4y2Ba 2019新型冠状病毒的基因组特征和流行病学:对病毒起源和受体结合的影响gydF4y2Ba 《柳叶刀》gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 395gydF4y2Ba 10224gydF4y2Ba 565gydF4y2Ba 574gydF4y2Ba 10.1016 / s0140 - 6736 (20) 30251 - 8gydF4y2Ba 32007145gydF4y2Ba s0140 - 6736 (20) 30251 - 8gydF4y2Ba PMC7159086gydF4y2Ba 费雪gydF4y2Ba DgydF4y2Ba Wilder-SmithgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 国际社会需要迅速加强应对措施，遏制COVID-19gydF4y2Ba 《柳叶刀》gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 395gydF4y2Ba 10230gydF4y2Ba 1109gydF4y2Ba 1110gydF4y2Ba 10.1016 / s0140 - 6736 (20) 30679 - 6gydF4y2Ba 32199470gydF4y2Ba s0140 - 6736 (20) 30679 - 6gydF4y2Ba PMC7138255gydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 郭gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 曹gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 余gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 首歌gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 汉gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 李gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 罗gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 宁gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 2019年重、中度冠状病毒病临床及免疫特征分析gydF4y2Ba J临床投资gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 130gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2620gydF4y2Ba 2629gydF4y2Ba 10.1172 / JCI137244gydF4y2Ba 32217835gydF4y2Ba 137244gydF4y2Ba PMC7190990gydF4y2Ba 风扇gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 锅gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 道格拉斯gydF4y2Ba 兆瓦gydF4y2Ba 保gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 甘肃省冠状病毒病流行病学分析，2020年gydF4y2Ba 新兴感染疾病gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 06gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 1257gydF4y2Ba 1265gydF4y2Ba 10.3201 / eid2606.200251gydF4y2Ba 32168465gydF4y2Ba PMC7258465gydF4y2Ba 安徒生gydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba 兰姆伯特gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 利普金gydF4y2Ba WIgydF4y2Ba 福尔摩斯gydF4y2Ba 电子商务gydF4y2Ba 加里gydF4y2Ba 射频gydF4y2Ba SARS-CoV-2的近端来源gydF4y2Ba Nat地中海gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 450gydF4y2Ba 452gydF4y2Ba 10.1038 / s41591 - 020 - 0820 - 9gydF4y2Ba 32284615gydF4y2Ba 10.1038 / s41591 - 020 - 0820 - 9gydF4y2Ba PMC7095063gydF4y2Ba 李gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 裴gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 首歌gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 萨满gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 大量无证感染促进了新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的快速传播gydF4y2Ba 科学gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 368gydF4y2Ba 6490gydF4y2Ba 489gydF4y2Ba 493gydF4y2Ba 10.1126 / science.abb3221gydF4y2Ba 32179701gydF4y2Ba science.abb3221gydF4y2Ba PMC7164387gydF4y2Ba ShereengydF4y2Ba 妈gydF4y2Ba 汗gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 伤势严重gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 巴希尔gydF4y2Ba NgydF4y2Ba 克gydF4y2Ba RgydF4y2Ba COVID-19感染:人类冠状病毒的起源、传播和特征gydF4y2Ba J Adv ResgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 91gydF4y2Ba 98gydF4y2Ba 10.1016 / j.jare.2020.03.005gydF4y2Ba 32257431gydF4y2Ba s2090 - 1232 (20) 30054 - 0gydF4y2Ba PMC7113610gydF4y2Ba 唐gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 首歌gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 姚gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 段gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 钱gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 崔gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 陆gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 关于SARS-CoV-2的起源和持续演变gydF4y2Ba 自然科学gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 1012gydF4y2Ba 1023gydF4y2Ba 10.1093 / nsr / nwaa036gydF4y2Ba MercatelligydF4y2Ba DgydF4y2Ba GiorgigydF4y2Ba 调频gydF4y2Ba SARS-CoV-2突变的地理和基因组分布gydF4y2Ba 预印本gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba 王gydF4y2Ba JTgydF4y2Ba 林gydF4y2Ba YYgydF4y2Ba 常gydF4y2Ba SYgydF4y2Ba 叶gydF4y2Ba 上海gydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba 黑洞gydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba PJgydF4y2Ba 常gydF4y2Ba SCgydF4y2Ba 系统发育分析在明确COVID-19患者感染源中的作用gydF4y2Ba J感染gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 81gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 147gydF4y2Ba 178gydF4y2Ba 10.1016 / j.jinf.2020.03.031gydF4y2Ba 32277969gydF4y2Ba s0163 - 4453 (20) 30159 - 6gydF4y2Ba PMC7141704gydF4y2Ba 关gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba SadykovgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba NugmanovagydF4y2Ba RgydF4y2Ba 卡尔gydF4y2Ba 乔丹gydF4y2Ba AroldgydF4y2Ba 圣gydF4y2Ba 疼痛gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 基于SARS-CoV-2全球流行分支的基因组变异格局，构建了一种遗传条形码方案gydF4y2Ba bioRxivgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba 10.1101 / 2020.04.21.054221gydF4y2Ba 墙gydF4y2Ba 交流gydF4y2Ba 公园gydF4y2Ba YgydF4y2Ba TortoricigydF4y2Ba 妈gydF4y2Ba 墙gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba McGuiregydF4y2Ba 在gydF4y2Ba VeeslergydF4y2Ba DgydF4y2Ba SARS-CoV-2刺突糖蛋白的结构、功能和抗原性gydF4y2Ba 细胞gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 181gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 281gydF4y2Ba 292. e6gydF4y2Ba 10.1016 / j.cell.2020.02.058gydF4y2Ba 32155444gydF4y2Ba s0092 - 8674 (20) 30262 - 2gydF4y2Ba PMC7102599gydF4y2Ba LaamartigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba AlouanegydF4y2Ba TgydF4y2Ba KarttigydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba Chemao-ElfihrigydF4y2Ba 兆瓦gydF4y2Ba HakmigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba EssabbargydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba LaamartigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba HlaligydF4y2Ba HgydF4y2Ba 勒姆gydF4y2Ba lgydF4y2Ba El HafidigydF4y2Ba NgydF4y2Ba El JaoudigydF4y2Ba RgydF4y2Ba AllaligydF4y2Ba 我gydF4y2Ba MarchoudigydF4y2Ba NgydF4y2Ba FekkakgydF4y2Ba JgydF4y2Ba BenrahmagydF4y2Ba HgydF4y2Ba NejjarigydF4y2Ba CgydF4y2Ba AmzazigydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba BelyamanigydF4y2Ba lgydF4y2Ba 易卜拉欣gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 对3067个SARS-CoV-2基因组进行了大规模基因组分析，发现其具有克隆性地理分布和丰富的热点突变遗传变异gydF4y2Ba bioRxivgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 21gydF4y2Ba 10.1101 / 2020.05.03.074567gydF4y2Ba 伊本阿尤布gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 报告两株新型冠状病毒(SARS-CoV-2)菌株基于独特的三核苷酸团突变及其潜在致病性差异gydF4y2Ba 预印本gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 19gydF4y2Ba 10.20944 / preprints202004.0337.v1gydF4y2Ba 泰勒gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba AndonovgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 卡兹gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 曹gydF4y2Ba JgydF4y2Ba GrudeskygydF4y2Ba EgydF4y2Ba 范DomselaargydF4y2Ba GgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 他gydF4y2Ba RgydF4y2Ba SARS-CoV核衣壳蛋白中的SR-rich motif对病毒复制很重要gydF4y2Ba J微生物可以吗gydF4y2Ba 2009gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 55gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba 254gydF4y2Ba 60gydF4y2Ba 10.1139 / w08 - 139gydF4y2Ba 19370068gydF4y2Ba w08 - 139gydF4y2Ba PhelangydF4y2Ba JgydF4y2Ba DeeldergydF4y2Ba WgydF4y2Ba 病房gydF4y2Ba DgydF4y2Ba CampinogydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba HibberdgydF4y2Ba 毫升gydF4y2Ba 克拉克gydF4y2Ba TGgydF4y2Ba 控制SARS-CoV-2疫情，从世界各地产生的大规模全基因组序列中获得见解gydF4y2Ba bioRxivgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 10.1101 / 2020.04.28.066977gydF4y2Ba BenvenutogydF4y2Ba DgydF4y2Ba AngelettigydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba GiovanettigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 比安奇gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba PascarellagydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 尾gydF4y2Ba RgydF4y2Ba CiccozzigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 意大利大箱gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba SARS-CoV-2的进化分析:非结构蛋白6 (NSP6)突变如何影响病毒自噬gydF4y2Ba J感染gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 81gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba e24gydF4y2Ba e27gydF4y2Ba 10.1016 / j.jinf.2020.03.058gydF4y2Ba 32283146gydF4y2Ba s0163 - 4453 (20) 30186 - 9gydF4y2Ba PMC7195303gydF4y2Ba 高gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 杨ydF4y2Ba lgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 曹gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 太阳gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 明gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 通用电气gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 郑gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 朱gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 朱gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 华gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 徐gydF4y2Ba WgydF4y2Ba GuddatgydF4y2Ba LWgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 卢gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 饶gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba COVID-19病毒RNA依赖RNA聚合酶的结构gydF4y2Ba 科学gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 368gydF4y2Ba 6492gydF4y2Ba 779gydF4y2Ba 782gydF4y2Ba 10.1126 / science.abb7498gydF4y2Ba 32277040gydF4y2Ba science.abb7498gydF4y2Ba PMC7164392gydF4y2Ba 常gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 许gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 常gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 曹国伟gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 严重急性呼吸综合征冠状病毒核衣壳蛋白的多核酸结合位点和内在紊乱:对核衣壳蛋白包装的影响gydF4y2Ba J性研究gydF4y2Ba 2009gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 83gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2255gydF4y2Ba 64gydF4y2Ba 10.1128 / JVI.02001-08gydF4y2Ba 19052082gydF4y2Ba JVI.02001-08gydF4y2Ba PMC2643731gydF4y2Ba 常gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 侯gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 常gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 萧gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 黄gydF4y2Ba TgydF4y2Ba SARS冠状病毒核衣壳蛋白的形态和功能gydF4y2Ba 抗病毒ResgydF4y2Ba 2014gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 103gydF4y2Ba 39gydF4y2Ba 50gydF4y2Ba 10.1016 / j.antiviral.2013.12.009gydF4y2Ba 24418573gydF4y2Ba s0166 - 3542 (13) 00378 - 1gydF4y2Ba PMC7113676gydF4y2Ba PachettigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 马里尼gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 贝内代蒂gydF4y2Ba FgydF4y2Ba GiudicigydF4y2Ba FgydF4y2Ba 毛罗。gydF4y2Ba EgydF4y2Ba StoricigydF4y2Ba PgydF4y2Ba MasciovecchiogydF4y2Ba CgydF4y2Ba AngelettigydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba CiccozzigydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 加洛gydF4y2Ba 钢筋混凝土gydF4y2Ba ZellagydF4y2Ba DgydF4y2Ba IppodrinogydF4y2Ba RgydF4y2Ba 新出现的SARS-CoV-2突变热点包括一种新的rna依赖rna聚合酶变体gydF4y2Ba 翻译医学杂志gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 18gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 179gydF4y2Ba 10.1186 / s12967 - 020 - 02344 - 6gydF4y2Ba 32321524gydF4y2Ba 10.1186 / s12967 - 020 - 02344 - 6gydF4y2Ba PMC7174922gydF4y2Ba
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