JBBgydF4y2Ba JMIR生物信息学生物技术gydF4y2Ba JMIR生物信息学和生物技术gydF4y2Ba 2563 - 3570gydF4y2Ba 卡塔尔世界杯8强波胆分析 加拿大多伦多gydF4y2Ba v1i1e19371gydF4y2Ba 32776022gydF4y2Ba 10.2196/19371gydF4y2Ba 原始论文gydF4y2Ba 原始论文gydF4y2Ba 设计抗COVID-19感染的多表位疫苗的结构基础:在硅疫苗的设计和验证gydF4y2Ba EysenbachgydF4y2Ba 冈瑟gydF4y2Ba RathigydF4y2Ba BrijeshgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba 常gydF4y2Ba 斯利瓦斯塔瓦gydF4y2Ba SukritgydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba
感染生物学组gydF4y2Ba 生物技术系gydF4y2Ba Mangalayatan大学gydF4y2Ba Aligarh-Mathura高速公路gydF4y2Ba 阿里格尔,202145gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 91 8178718421gydF4y2Ba srivastav.sukrit@gmail.comgydF4y2Ba
2gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0003-0295-0272gydF4y2Ba 时gydF4y2Ba 索尼娅gydF4y2Ba MScgydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0001-8828-9096gydF4y2Ba KamthaniagydF4y2Ba MohitgydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0002-6361-7257gydF4y2Ba 考尔gydF4y2Ba RupindergydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0001-6933-5384gydF4y2Ba BadyalgydF4y2Ba 前腿KirangydF4y2Ba 硕士研究生gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0001-9845-3718gydF4y2Ba SaxenagydF4y2Ba Ajay KumargydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0001-6967-030XgydF4y2Ba 胫骨gydF4y2Ba Ho-JoongydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0002-9065-5902gydF4y2Ba 科尔伯gydF4y2Ba 迈克尔gydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0002-1219-0249gydF4y2Ba PandeygydF4y2Ba 凯拉什CgydF4y2Ba 博士学位gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba https://orcid.org/0000-0003-3936-4357gydF4y2Ba 感染生物学组gydF4y2Ba 生物技术系gydF4y2Ba Mangalayatan大学gydF4y2Ba 阿里格尔gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 分子医学实验室gydF4y2Ba 生命科学学院gydF4y2Ba 尼赫鲁大学gydF4y2Ba 新德里gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 寄生-宿主生物学组gydF4y2Ba 蛋白质生物化学与工程实验室gydF4y2Ba icmr -国家疟疾研究所gydF4y2Ba 新德里gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 生物技术系gydF4y2Ba 应用药物研究所gydF4y2Ba 加济阿巴德gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 化学系gydF4y2Ba 纳纳克开发大学gydF4y2Ba 阿姆利则gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 经济学系gydF4y2Ba Mangalayata大学gydF4y2Ba 阿里格尔gydF4y2Ba 印度gydF4y2Ba 微生物学系gydF4y2Ba 医学院gydF4y2Ba 亚州大学gydF4y2Ba 韩国水原京畿道gydF4y2Ba 大韩民国gydF4y2Ba 结构系统生物学中心“，gydF4y2Ba 结构感染生物学教研室gydF4y2Ba 亥姆霍兹感染研究中心gydF4y2Ba 汉堡gydF4y2Ba 德国gydF4y2Ba 数学、信息学和自然科学学院“，gydF4y2Ba 汉堡大学gydF4y2Ba 汉堡gydF4y2Ba 德国gydF4y2Ba 通讯作者:Sukrit SrivastavagydF4y2Ba srivastav.sukrit@gmail.comgydF4y2Ba Jan-DecgydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 19gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba e19371gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba ©Sukrit Srivastava, Sonia Verma, Mohit Kamthania, Rupinder Kaur, Ruchi Kiran Badyal, Ajay Kumar Saxena, Ho-Joon Shin, Michael Kolbe, Kailash C Pandey。最初发表在JMIR Bioinformatics biotechnology (http://bioinform.www.mybigtv.com)， 19.06.2020。gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba

这是一篇开放获取的文章，根据创作共用署名许可协议(http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)的条款发布，允许在任何媒介上不受限制地使用、分发和复制，前提是正确引用最初发表在JMIR生物信息学生物技术上的原创作品。必须包括完整的书目信息，http://bioinform.www.mybigtv.com上的原始出版物的链接，以及此版权和许可信息。gydF4y2Ba

 背景gydF4y2Ba

由严重急性呼吸综合征2型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒病(COVID-19)导致了2019-2020年的大流行。SARS-CoV-2是阳性意义的单链RNA冠状病毒。针对新冠病毒感染的有效对策需要设计和开发特异性和有效的候选疫苗。gydF4y2Ba

 客观的gydF4y2Ba

为了满足对SARS-CoV-2疫苗的迫切需求，在本研究中，我们使用各种硅质方法设计并验证了一种抗SARS-CoV-2的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和一种辅助T淋巴细胞(HTL)多表位疫苗(MEV)。gydF4y2Ba

 方法gydF4y2Ba

设计的mev均由从11个开放阅读框(ORF)中筛选的CTL和HTL表位、SARS-CoV-2蛋白质组的结构蛋白和非结构蛋白组成。两种mev还携带潜在的b细胞线性和不连续表位以及干扰素γ诱导表位。为了增强我们疫苗设计的免疫反应，截断(残基10-153)gydF4y2Ba 盘尾属肠扭结gydF4y2Ba激活相关分泌蛋白-1在两个mev的N端被用作佐剂。生成、改进了这两种mev的三级模型，并进一步分析了它们与toll样受体3的稳定分子相互作用。为这两种mev生成密码子偏置互补DNA (cDNA)，并在哺乳动物(人)宿主细胞系中进行高水平表达的硅分析。gydF4y2Ba

 结果gydF4y2Ba

在本研究中，我们从SARS-CoV-2蛋白质组的11个ORF蛋白序列中筛选出38个CTL, 33个HTL和12个B细胞表位。此外，筛选的表位与其各自的人白细胞抗原等位基因结合物和与抗原加工相关的转运体(TAP)复合物的分子相互作用得到了积极的验证。利用入围筛选的表位设计了两种新型抗SARS-CoV-2 mev。进一步建立了两种mev的分子模型，并积极验证了它们与toll样受体3的稳定分子相互作用。两种mev的密码子优化cdna在人类细胞系中也被积极分析为高水平的过表达。gydF4y2Ba

 结论gydF4y2Ba

本研究在针对SARS-CoV-2感染的前瞻性CTL和HTL疫苗的分子设计方面具有重要意义，有可能引发细胞和体液免疫反应。所设计的mev表位预计将覆盖全球大量人口(96.10%)。因此，这两种设计的mev都可以作为对抗SARS-CoV-2的潜在候选疫苗在体内进行试验。gydF4y2Ba

 新型冠状病毒肺炎gydF4y2Ba 严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)gydF4y2Ba 冠状病毒gydF4y2Ba 人抗原加工相关转运蛋白(TAP)gydF4y2Ba toll样受体(TLR)gydF4y2Ba 抗原决定基gydF4y2Ba immunoinformaticsgydF4y2Ba 分子对接，分子动力学模拟gydF4y2Ba multiepitope疫苗gydF4y2Ba 简介gydF4y2Ba

新型冠状病毒病(COVID-19)是由严重急性呼吸综合征2型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的，已导致一种严重呼吸道疾病的持续爆发，导致死亡，死亡率为3.4% [gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba］．SARS-CoV-2是一种与呼吸道疾病相关的新型冠状病毒，起源于中国湖北省武汉市。这种疾病具有高度传染性;自2019年12月在中国爆发以来，截至2020年3月21日，它已蔓延到182个国家和地区。截至2020年3月21日，全球确诊病例总数为266073例，死亡总人数为11,184例[gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba］．总体而言，SARS-CoV-2感染已造成全球紧急情况。2019冠状病毒病的经济影响更加严重，使世界面临经济风险。截至2020年3月9日，最坏的情况是全球收入缺口2万亿美元，对发展中国家的影响为2200亿美元。2019冠状病毒病的冲击将导致多个国家出现衰退，并将今年的全球年增长率压低至2.5%以下，这是世界经济衰退的门槛[gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

目前，新型冠状病毒的感染机制和发病机制尚不清楚。根据国家生物信息中心(NCBI)蛋白质序列数据库[gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba]， SARS-CoV-2的蛋白质组由11个开放阅读框(ORF)、结构蛋白和非结构蛋白组成。其中包括多蛋白(ORF1ab)、表面蛋白(S蛋白)、ORF3、包膜蛋白(E蛋白)、膜蛋白(M蛋白)、ORF6、ORF7a、ORF7b、ORF8、核衣壳蛋白(N蛋白)和ORF10。这些SARS-CoV-2冠状病毒蛋白的实际功能和致病或增殖作用目前在很大程度上尚不清楚。gydF4y2Ba

SARS-CoV-2多蛋白(ORF1ab)全长7096个氨基酸(AAs)，由16个不同表达蛋白组成，分别为:先导蛋白(nsp1，位置:1-180 AA);nsp2(地址:181-818 AA);nsp3(前nsp1，携带保守结构域:n端酸性，预测磷酸酯酶，木瓜蛋白酶样蛋白酶，y结构域，跨膜结构域1和二磷酸腺苷核糖1 " -磷酸酶，位置:819-2763 AA);nsp4(包含跨膜结构域2，位置:2764-3263 AA);3C-like蛋白酶(nsp5，主要蛋白酶，介导nsp4下游的裂解，位置:3264-3569 AA);nsp6(假定跨膜结构域，位置:3570-3859 AA);nsp7 (location: 3860-3942 AA);nsp8 (location: 3943-4140 AA);nsp9 (ssrna结合蛋白，位置:4141-4253 AA);nsp10(以前称为生长因子样蛋白，位置:4254-4392 AA); nsp11 (location: 4393-4405 AA); RNA-dependent RNA polymerase (nsp12, location: 4393-5324 AA); helicase (nsp13; zinc-binding domain, NTPase/helicase domain, RNA 5'-triphosphatase, location: 5325-5925 AA); 3'-to-5' exonuclease (nsp14, location: 5926-6452 AA); endo RNAse (nsp15, location: 6453-6798 AA); and 2'-O-ribose methyltransferase (nsp16; location: 6799-7096 AA).

SARS-CoV-2冠状病毒S蛋白是一种结构蛋白，起刺突蛋白的作用;其位置为21563-25384 AA，长度为1273 AA。ORF3a蛋白位于25393- 26220aa，长度为275 AA。E蛋白(ORF4)是一种结构蛋白;其位置为26245-26472 AA，长度为75 AA。M蛋白(ORF5)是一种结构蛋白;位置为26523- 271919aa，长度为222aa。ORF6蛋白位于27202-27387 AA，长度为61 AA。ORF7a蛋白位于27394-27759 AA，长度为121 AA。ORF7b蛋白位于27756-27887 AA，长度为43 AA。 The SARS-CoV-2 coronavirus ORF8 protein is located at 27894-28259 AA, and its length is 121 AA. The N protein) (ORF9) is a structural protein; its location is 28274-29533 AA, and its length is 419 AA. The ORF10 protein is located at 29558-29674 AA and has a length of 38 AA [ 4gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

尽管SARS-CoV-2冠状病毒蛋白质组中上述蛋白质的确切机制和作用尚不清楚，但这些蛋白质是用于抗SARS-CoV-2冠状病毒感染疫苗的潜在候选蛋白质。在本研究中，我们从上述所有蛋白质中筛选出了高潜能表位;此外，我们设计并提出了针对SARS-CoV-2冠状病毒感染的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T淋巴细胞(HTL)多表位的候选疫苗。gydF4y2Ba

 方法gydF4y2Ba 背景gydF4y2Ba

本研究以SARS-CoV-2冠状病毒为研究对象，筛选了潜在表位，设计并提出了两种由B细胞表位重叠区域的CTL和HTL表位组成的多表位疫苗(mev)。因此，所提出的mev有可能引起体液和细胞免疫反应。增强免疫反应，截断(残基10-153)gydF4y2Ba 盘尾属肠扭结gydF4y2Ba激活相关分泌蛋白-1 (Ov-ASP-1)在两个mev的n端被用作佐剂。选择截断的Ov-ASP-1是因为它具有激活抗原处理细胞(apc)的潜力[gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba］．利用介绍中提到的所有SARS-CoV-2蛋白筛选潜在的CTL、HTL和B细胞表位。进一步研究筛选的表位，确定它们之间的重叠共识区域。选择显示部分或完全重叠区域的表位进行进一步的详细研究。gydF4y2Ba

分析所选CTL和HTL表位与其各自的人类白细胞抗原(HLA)等位基因结合物的分子相互作用。此外，我们还分析了所选CTL表位与与抗原加工相关的转运蛋白(TAP)腔的分子相互作用，观察其从细胞质到内质网(ER)腔的顺利通过[gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba］．生成并细化了两种mev的三级模型。进一步利用两种MEV模型筛选B细胞线性和不连续表位以及干扰素γ (IFNγ)诱导表位。gydF4y2Ba

多个toll样受体的分子信号是对抗SARS-CoV-2的先天免疫反应的重要组成部分。由于Ov-ASP-1主要结合人外周血单个核细胞中的APCs，并通过toll样受体3 (TLR3)触发促炎细胞因子的产生，因此通过分子对接研究进一步分析了CTL和HTL MEV模型与TLR3的分子相互作用[gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba］．此外，对两种mev的密码子优化cdna进行了分析，发现它们在哺乳动物(人类)细胞系中具有高水平的表达，这将促进体内表达、实验和试验(见附录S1)gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 潜在表位的筛选gydF4y2Ba T细胞表位预测gydF4y2Ba CTL表位的筛选gydF4y2Ba

使用免疫表位数据库(IEDB)工具MHC(主要组织相容性复合体)-I结合预测和MHC-I加工预测筛选CTL表位[gydF4y2Ba 14gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba］．这两个工具使用六种不同的方法(共识、NN-align、SMM-align、组合库、Sturniolo和NetMHCIIpan)，它们分别生成一个百分位排名和总分。gydF4y2Ba

筛选是基于蛋白质中切割位点的总数。TAP评分估计一半最大抑制浓度(IC)的有效-对数值gydF4y2Ba50gydF4y2Ba)用于与肽或其n端延长前体的TAP结合。MHC结合预测评分为-log (ICgydF4y2Ba50gydF4y2Ba)与肽的MHC结合的值[gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba］．的集成电路gydF4y2Ba50gydF4y2Ba使用MHC- i结合预测IEDB工具获得每个表位和MHC等位基因结合对的值(纳摩尔)。与HLA等位基因结合体具有高、中、低亲和力的表位具有ICgydF4y2Ba50gydF4y2Ba值分别为<50 nM、<500 nM和<5000 nM。gydF4y2Ba

所有筛选的CTL表位的免疫原性也通过MHC I Immunogenicity IEDB工具获得[gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba]，所有参数设置为默认值，分析每个筛选表位的第一、第二和c端氨基酸。该工具根据其构成氨基酸的物理化学性质及其在肽序列中的位置预测给定肽- mhc复合体的免疫原性。gydF4y2Ba

 HTL表位的筛选gydF4y2Ba

为了从SARS-CoV-2蛋白中筛选出HTL表位，使用了IEDB工具MHC-II结合预测。该工具为每个潜在的肽生成一个百分位排名。百分位排名越低，亲和性越高。该百分位数排名是由三种不同方法的组合生成的，即组合库、SMM_align和Sturniolo，并通过将肽的得分与SWISS-PROT数据库中其他500万个随机15-mer肽的得分进行比较[gydF4y2Ba 18gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 21gydF4y2Ba］．所有三种方法的共识排名由三种方法的中位数百分比排名生成。gydF4y2Ba

 基于CTL和HTL表位的人群覆盖gydF4y2Ba

IEDB人口覆盖工具通过从9种SARS-CoV-2蛋白中提取的38个CTL和33个HTL表位来阐明世界人口覆盖率[gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba］．T细胞识别特定的主要MHC分子和特定的病原体来源的表位之间的复合物。给定的表位只会在表达MHC分子的个体中引起反应，该MHC分子能够结合特定的表位。这种以MHC限制T细胞反应和MHC多态性为人群覆盖研究提供了基础。MHC类型在不同种族中的表达频率有显著差异。因此，覆盖面更广的疫苗可能更重要[gydF4y2Ba 21gydF4y2Ba］．多种表位(包括CTL和HTL表位)的临床管理在这里被预测有更高的概率覆盖全球更大的人群。gydF4y2Ba

 B细胞表位预测gydF4y2Ba 基于序列的B细胞表位预测gydF4y2Ba

基于蛋白序列的Bepipred线性表位预测方法[gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba]用于从11种不同的SARS-CoV-2蛋白orf中筛选线性B细胞表位。使用IEDB服务器的B细胞表位预测工具。在该筛选中，多肽的亲水性、柔韧性、可及性、转弯度、暴露表面、极性和抗原性等参数与它们在蛋白质中的位置相关。这使得从蛋白质序列中预测连续表位成为可能。这一预测是基于20种氨基酸中的每一种的倾向量表。对于窗口大小为n的情况，利用残基i两侧的i - (n - 1)/2个相邻残基来计算残基i的得分。本文使用的Bepipred线性表位预测方法是基于倾向尺度法以及给定抗原序列的理化性质来筛选潜在的表位[gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 潜在表位的鉴定gydF4y2Ba 表位保存分析gydF4y2Ba

从11种SARS-CoV-2蛋白中筛选出的CTL、HTL和B细胞表位使用IEDB表位保护分析工具分析其氨基酸序列的保护性。表位保护是指从NCBI蛋白质数据库中检索到的包含特定表位的蛋白质序列的数量。从NCBI蛋白数据库检索SARS-CoV-2蛋白的全部源蛋白序列进行分析[gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 表位毒性预测gydF4y2Ba

ToxinPred工具用于分析候选CTL, HTL和B细胞表位的毒性。该工具能够识别剧毒或无毒的短肽。毒性检查分析使用基于支持向量机的tox - pred方法，使用SWISS-PROT数据库中包含1805个阳性序列和3593个阴性序列的数据集，以及来自翻译欧洲分子生物学实验室(TrEMBL)数据库中包含相同1805个阳性序列和12541个阴性序列的替代数据集[gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 重叠残留分析gydF4y2Ba

使用欧洲生物信息学研究所的Clustal Omega工具进行多序列比对分析，对入围的38个CTL、33个HTL和12个B细胞线性表位进行重叠残留分析[gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba］．该Clustal Omega多序列比对工具几乎对齐任何数量的蛋白质序列，并提供一个准确的比对。gydF4y2Ba

 HLA等位基因和TAP转运体分子相互作用研究表位的选择gydF4y2Ba

在对候选CTL、HTL和线性B细胞表位进行重叠残基分析的基础上，筛选出少量CTL和HTL表位进行进一步分析。所选的表位在补充图S10中圈出(gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．这些表位是根据它们在所有三种表位(CTL、HTL和B细胞)之间的部分或全部重叠序列区域选择的。进一步分析所选表位与各自HLA等位基因结合体的相互作用以及TAP腔的相互作用。gydF4y2Ba

 所选表位与HLA等位基因及TAP转运体的分子相互作用分析gydF4y2Ba HLA等位基因和T细胞表位的三级结构建模gydF4y2Ba

瑞士模式(gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba]用于所选表位的HLA I类和II类等位基因结合物的同源建模。从免疫多态性数据库(immune Polymorphism Database, IPD-IMGT/HLA)中检索HLA等位基因结合物的氨基酸序列。基于最高氨基酸序列相似性选择同源建模模板。所有生成的HLA等位基因模型均具有可接受的QMEAN值(截断值-4.0)(补充表S1，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．QMEAN值给出了涉及模型的全局和局部分析的综合质量估计[gydF4y2Ba 28gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

Pep-fold 2.0 [gydF4y2Ba 29gydF4y2Ba]是RPBS Web Portal上提供的一种从头结构预测工具，用于为所选的CTL和HTL表位生成三级结构。gydF4y2Ba

 所选CTL和HTL表位与HLA等位基因的分子相互作用分析gydF4y2Ba

PatchDock工具用于将所选CTL和HTL表位与各自的HLA I类和II类等位基因结合物进行硅分子对接研究。PatchDock利用一种算法对蛋白质-蛋白质复合物形成的分子进行非绑定(现实生活)对接。该算法进行刚性对接，通过自由分子间渗透隐式解决表面可变性/灵活性问题。该算法着重于在局部的、基于曲率的表面斑块上进行初始分子表面拟合，利用几何哈希和姿态聚类进行初始变换检测，利用距离变换计算形状互补，基于多分辨率形状表示的高效空间碰撞检测和几何拟合评分，以及通过关注热点丰富的表面斑块利用生物信息[gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 32gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 选择性CTL表位与TAP转运体的分子相互作用分析gydF4y2Ba

TAP转运蛋白在CTL表位的表达中起着重要作用。外源蛋白的片段肽经蛋白酶体处理后从细胞质中通过TAP转运体转运至内质网。这些短肽从内质网到达高尔基体，然后呈现在细胞表面[gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba］．使用PatchDock工具进行分子对接，对TAP腔内所选CTL表位进行分子相互作用研究。为了准确预测，TAP转运体(PDB ID: 5u1d)的冷冻电镜结构是通过从原始结构的TAP腔中去除抗原来使用的[gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 mev与免疫受体的设计、表征和分子相互作用分析gydF4y2Ba mev的设计gydF4y2Ba

利用筛选和入围的38个高得分CTL和33个HTL表位设计CTL和HTL mev (gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba)．两种短肽EAAAK和GGGGS分别作为刚性和柔性连接剂(补充图S2，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．GGGGS连接子为疫苗三级结构提供了适当的构象灵活性，从而促进了疫苗的稳定构象。EAAAK连接子促进结构域的形成，从而帮助疫苗获得最终的稳定结构。在CTL和HTL mev的N端利用截断的Ov-ASP-1蛋白作为佐剂[gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 33gydF4y2Ba-gydF4y2Ba 37gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 所设计mev的特性gydF4y2Ba 所设计mev的理化性质分析gydF4y2Ba

ProtParam工具[gydF4y2Ba 38gydF4y2Ba]，分析了所设计的CTL和HTL mev氨基酸序列的理化性质。ProtParam分析在给定的查询中执行氨基酸序列的实证调查。ProtParam计算来自给定蛋白质序列的各种物理化学性质。gydF4y2Ba

 ifn γ诱导表位预测gydF4y2Ba

从设计的两个mev的氨基酸序列中，IFN表位服务器使用混合motif和支持向量机方法筛选潜在的IFNγ表位;所使用的基于motif的方法是MERCI (Motif-EmeRging and with class - identification)。该工具从蛋白质序列中预测有能力诱导IFNγ从CD4释放的肽gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。该模块从查询序列生成重叠肽，并预测ifn γ诱导肽。为了筛选，IEDB数据库使用了3705个ifn γ诱导和6728个非ifn γ诱导MHC II类结合物[gydF4y2Ba 39gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 40gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 MEV致敏性及抗原性预测gydF4y2Ba

使用AlgPred进一步分析了所设计的mev的致敏性和抗原性预测[gydF4y2Ba 41gydF4y2Ba]和VaxiJen [gydF4y2Ba 42gydF4y2Ba]工具。AlgPred预测是基于已知表位与所提交蛋白质的任何区域的相似性。为了筛选致敏性，使用了由101725个非致敏原和323个致敏原组成的SWISS-PROT数据集。VaxiJen利用一种完全基于查询氨基酸序列的物理化学性质的无校准方法。为了预测抗原性，VaxiJen使用细菌、病毒和肿瘤蛋白质数据集来推导整个蛋白质的抗原性预测模型。每组由已知的100个抗原和100个非抗原组成。gydF4y2Ba

 mev的三级结构建模、优化与验证gydF4y2Ba

利用I-TASSER建模工具对所设计的CTL和HTL mev的三级结构进行同源建模[gydF4y2Ba 43gydF4y2Ba］．I-TASSER是一种基于序列-结构-功能范式的蛋白质结构预测工具。该工具根据提交的AA序列的多个线程对齐和迭代结构组装模拟生成3D原子模型。I-TASSER基于LOMETS识别的结构模板，LOMETS是蛋白质数据库(PDB)库中的元服务器。I-TASSER只使用z分数最高的模板，z分数是原始分数和平均分数之间的差值，以标准差为单位。对于每个目标模型，I-TASSER模拟生成一个大的结构构象集合，称为诱饵。为了选择最终模型，I-TASSER使用SPICKER程序根据它们的成对结构相似性对所有诱饵进行聚类，并报告多达5个模型。标准化z分数>1表示对齐良好，反之亦然。Cov表示线程对齐的覆盖率，等于对齐残基的数量除以查询蛋白的长度。模板蛋白的排序是基于查询结构模型与已知结构之间的结构对齐的tm评分。 The root mean square deviation (RMSD) is the RMSD between template residues and query residues that are structurally aligned by the TM-align algorithm.

两个生成的MEV模型都使用ModRefiner [gydF4y2Ba 44gydF4y2Ba]和GalaxyRefine [gydF4y2Ba 45gydF4y2Ba)工具。ModRefiner生成的TM-score表示改进后的模型与原始输入模型的结构相似性。TM-score越接近1，原始模型和改进模型的相似性越大。精化模型的RMSD反映了与初始输入模型的构象偏差。gydF4y2Ba

GalaxyRefine工具通过重复结构扰动和通过分子动力学模拟使用后续结构松弛来细化查询三级结构。GalaxyRefine工具从多个模板生成可靠的核心结构，然后使用基于优化的细化方法重新构建不可靠的循环或终端[gydF4y2Ba 46gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 47gydF4y2Ba］．为了避免在3D模型中出现任何断裂，GalaxyRefine使用了三轴环闭合方法。为给定的精炼模型生成的MolProbity分数表示冲突分数、Ramachandran不受欢迎残基的百分比和坏侧链旋转器的百分比的对数加权组合。gydF4y2Ba

 CTL和HTL mev精细化模型的验证gydF4y2Ba

通过RAMPAGE分析工具进一步验证了改进后的CTL和HTL MEV 3D模型[gydF4y2Ba 48gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 49gydF4y2Ba］．为MEV模型生成的Ramachandran图显示了空间允许和不允许残差以及它们的二面体psi (ψ)和phi (φ)角。gydF4y2Ba

 mev的线性和不连续b细胞表位预测gydF4y2Ba

使用IEDB提供的ElliPro抗体表位预测工具从MEV模型中筛选线性和不连续的B细胞表位。ElliPro方法分析基于蛋白质三维结构中残基的位置。例如，位于覆盖90%内芯蛋白质残基的椭球外的残基的突出指数(PI)最高，为0.9。ElliPro工具预测的不连续表位基于位于最大可能椭球外的两个残基质心之间的距离R(埃)聚类。R值越大，表明在表位中筛选的残基距离越远(残基不连续)[gydF4y2Ba 50gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 51gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

 mev与免疫受体的分子相互作用分析gydF4y2Ba mev与TLR3的分子对接研究gydF4y2Ba

通过分子对接和分子动力学模拟，对两种mev与TLR3的分子相互作用进行了分析。分子对接使用PatchDock服务器[gydF4y2Ba 32gydF4y2Ba］．如前所述，PatchDock利用一种算法对分子进行非绑定对接(模拟真实世界环境)，以形成蛋白质-蛋白质复合物[gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 31gydF4y2Ba］．为了进行分子对接，从PDB (PDB ID: 2A0Z)中检索了人体TLR3外结构域的三维结构。研究提供了MEV-TLR3配合物所设计体系的动力学性质，并猜测了分子间的相互作用;此外，它给出了体积性质的准确预测，包括氢键的形成和分子的构象形成复合物。gydF4y2Ba

 mev和TLR3配合物的分子动力学模拟研究gydF4y2Ba

利用分子动力学模拟进一步评价了MEV-TLR3分子间的相互作用。分子动力学模拟使用YASARA (Yet Another Scientifc artificial Reality Application)进行10纳秒[gydF4y2Ba 52gydF4y2Ba］．模拟是在十二面体模拟箱中的显式水环境中进行的，温度恒定(298开尔文)，压力恒定(1个大气压)，pH值7.4，细胞边界条件为周期性。溶剂化体系用反离子(氯化钠，浓度0.9摩尔)中和。在模拟过程中，将AMBER14力场应用于系统[gydF4y2Ba 53gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 54gydF4y2Ba］．利用基于粒子网格的Ewald方法计算远程静电能量和力[gydF4y2Ba 55gydF4y2Ba］．在298 K温度和恒压条件下，用最陡下降法使溶剂化结构最小化。然后，配合物平衡周期为1纳秒。平衡后，在恒定的温度和压力下进行10 ns的生产分子动力学模拟，每次模拟每10皮秒保存一次时间框架。碳(C)的RMSD和均方根波动(RMSF)值gydF4y2BaαgydF4y2Ba)原子，主原子，和所有的两种MEV配合物的原子进行了每次模拟分析。gydF4y2Ba

 mev cDNA的生成与分析gydF4y2Ba

两种mev的cdna，密码子优化表达在哺乳动物(人类)细胞系中，使用Java密码子适应工具生成。用GenScript稀有密码子分析工具对两种mev生成的cdna进行进一步分析。该工具分析给定cDNA的GC含量，密码子适应指数(CAI)和串联稀有密码子频率[gydF4y2Ba 56gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 57gydF4y2Ba］．CAI表明cDNA在选择的表达系统中表达的可能性。串联稀有密码子频率表明在给定的cDNA中存在低频密码子。gydF4y2Ba

 结果gydF4y2Ba 潜在表位的筛选gydF4y2Ba T细胞表位预测gydF4y2Ba CTL表位的筛选gydF4y2Ba

使用MHC-I结合预测和MHC-I加工预测IEDB工具筛选CTL表位。这些表位是根据蛋白质中切割位点的总数，低IC入围的gydF4y2Ba50gydF4y2Ba(nM)值为表位- hla I类等位基因对，并结合到TAP腔。gydF4y2Ba

由MHC-I结合预测工具预测的38个表位具有最高百分位排名入围MEV设计，并在gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba．其余101个表位- hla I等位基因对列于补充表S8 (gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．MHC-I加工预测工具预测的67个hla I表位等位基因对，总分最高，列于补充表S9 (gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

候选CTL表位的免疫原性也被测定并记录在gydF4y2Ba 表1gydF4y2Ba及补充表格S8及S9 (gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．免疫原性得分越高，表明所给表位的免疫原性潜力越大。gydF4y2Ba

入围的高百分位SARS-CoV-2 CTL表位及其各自HLA等位基因结合物的特征。gydF4y2Ba

SARS-CoV-2gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba 蛋白质gydF4y2Ba 肽长度，氨基酸gydF4y2Ba 肽序列gydF4y2Ba 保护(%)gydF4y2Ba 免疫原性gydF4y2Ba 毒性gydF4y2Ba 等位基因gydF4y2Ba 方法gydF4y2BabgydF4y2Ba 百分位gydF4y2Ba排名gydF4y2Ba
E蛋白gydF4y2BacgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba LLFLAFVVFgydF4y2Ba 480/482 (99.59)gydF4y2Ba 0.2341gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B15:01gydF4y2Ba 共识gydF4y2Ba多发性骨髓瘤(安/ / comblib_sidneygydF4y2Ba2008)gydF4y2Ba 0．1gydF4y2Ba
E蛋白gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba LTALRLCAYgydF4y2Ba 478/482 (99.17)gydF4y2Ba 0.01886gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A01:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.12gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2BadgydF4y2Ba 11gydF4y2Ba YFIASFRLFARgydF4y2Ba 474/477 (99.37)gydF4y2Ba 0.19709gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A33:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.03gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba ATSRTLSYYKgydF4y2BaegydF4y2Ba 472/477 (98.95)gydF4y2Ba -0.13563gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A11:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2BafgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba MEVTPSGTWgydF4y2Ba 485/498 (97.39)gydF4y2Ba -0.06279gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B44:02gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba KPRQKRTATgydF4y2Ba 487/498 (97.79)gydF4y2Ba -0.20542gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B07:02gydF4y2Ba 共识gydF4y2Ba多发性骨髓瘤(安/ / comblib_sidneygydF4y2Ba2008)gydF4y2Ba 0．1gydF4y2Ba
orf10gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba MGYINVFAFgydF4y2Ba 477/480 (99.38)gydF4y2Ba -0.09452gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B35:01gydF4y2Ba 共识gydF4y2Ba多发性骨髓瘤(安/ / comblib_sidneygydF4y2Ba2008)gydF4y2Ba 0．1gydF4y2Ba
orf10gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba GYINVFAFPFgydF4y2BaegydF4y2Ba 232/236 (98.31)gydF4y2Ba 0.20158gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A23:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.11gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 11gydF4y2Ba SEMVMCGGSLYgydF4y2Ba 452/456 (99.12)gydF4y2Ba 0.32633gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B44:02gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.03gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 11gydF4y2Ba FYWFFSNYLKRgydF4y2Ba 455/456 (99.78)gydF4y2Ba 0.37766gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A33:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.04gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 8gydF4y2Ba ISNSWLMWgydF4y2Ba 454/456 (99.56)gydF4y2Ba -0.24791gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B58:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.05gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba ETISLAGSYKgydF4y2Ba 455/456 (99.78)gydF4y2Ba 0.08174gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A68:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba QEILGTVSWgydF4y2Ba 455/456 (99.78)gydF4y2Ba 0.27341gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B44:02gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba STFNVPMEKgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba -0.32016gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A11:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba RMYIFFASFYgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 0.21107gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A30:02gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba FLFVAAIFYLgydF4y2Ba 454/456 (99.56)gydF4y2Ba -0.19814gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba RYFRLTLGVYgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 0.03976gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A30:02gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba FLNGSCGSVgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba -0.20585gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:03gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba CTDDNALAYgydF4y2Ba 476/479 (99.37)gydF4y2Ba 0.32004gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A01:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba CTDDNALAYYgydF4y2BaegydF4y2Ba 476/479 (99.37)gydF4y2Ba 0.28694gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A01:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 11gydF4y2Ba MYKGLPWNVVRgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba -0.11151gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A33:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba SIINNTVYTKgydF4y2BaegydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 0.15936gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A11:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba LPVNVAFELWgydF4y2Ba 450/456 (98.68)gydF4y2Ba -0.00254gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B53:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba DEWSMATYYgydF4y2BaegydF4y2Ba 455/456 (99.78)gydF4y2Ba 0.07355gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B44:03gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba YILFTRFFYVgydF4y2Ba 454/456 (99.56)gydF4y2Ba -0.02845gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:06gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
orf-1abgydF4y2Ba 10gydF4y2Ba YIFFASFYYVgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 0.12661gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:06gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba 9gydF4y2Ba YLYALVYFLgydF4y2BaegydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 0.40924gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:01gydF4y2Ba 共识gydF4y2Ba多发性骨髓瘤(安/ / comblib_sidneygydF4y2Ba2008)gydF4y2Ba 0．1gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba 10gydF4y2Ba IPYNSVTSSIgydF4y2Ba 454/456 (99.56)gydF4y2Ba 0.13772gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B51:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.11gydF4y2Ba
Orf6gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba RTFKVSIWgydF4y2Ba 466/481 (96.88)gydF4y2Ba 0.13151gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B57:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.05gydF4y2Ba
Orf6gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba AEILLIIMRTFgydF4y2Ba 471/481 (97.92)gydF4y2Ba -0.32835gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B44:02gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba 8gydF4y2Ba RARSVSPKgydF4y2Ba 480/481 (99.79)gydF4y2Ba -0.18221gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A30:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.11gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba 10gydF4y2Ba QLRARSVSPKgydF4y2Ba 479/481 (99.58)gydF4y2Ba 0.1815gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A03:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.16gydF4y2Ba
orf7bgydF4y2Ba 9gydF4y2Ba FLAFLLFLVgydF4y2Ba 472/480 (98.33)gydF4y2Ba -0.16177gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A02:03gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
orf8gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba HFYSKWYIRgydF4y2Ba 472/480 (98.33)gydF4y2Ba -0.27456gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A31:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.11gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2BaggydF4y2Ba 10gydF4y2Ba WTAGAAAYYVgydF4y2Ba 470/472 (99.58)gydF4y2Ba 0.15455gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A68:02gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba FPNITNLCPFgydF4y2Ba 472/472 (100.00)gydF4y2Ba 0.1009gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba B53:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba NYNYLYRLFRgydF4y2Ba 465/472 (98.52)gydF4y2Ba 0.08754gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A33:01gydF4y2Ba 共识(安/多发性骨髓瘤)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba NYLYRLFRgydF4y2Ba 465/472 (98.52)gydF4y2Ba 0.13144gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba A33:01gydF4y2Ba 安gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba

一个gydF4y2BaSARS-CoV-2:严重急性呼吸综合征冠状病毒gydF4y2Ba

bgydF4y2Ba方法:人工神经网络。Comblib_sidney2008:组合肽库[gydF4y2Ba 19gydF4y2Ba］．稳定矩阵法。gydF4y2Ba

cgydF4y2BaE蛋白:包膜蛋白。gydF4y2Ba

dgydF4y2BaM蛋白:膜蛋白。gydF4y2Ba

egydF4y2Ba与最近发表的表位匹配，表明与结果一致[gydF4y2Ba 58gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

fgydF4y2BaN蛋白:核衣壳蛋白。gydF4y2Ba

ggydF4y2BaS蛋白:表面蛋白。gydF4y2Ba

 HTL表位的筛选gydF4y2Ba

基于百分位排序对11种不同的SARS-CoV-2 ORF蛋白进行HTL表位筛选。百分位秩越小，肽对其各自HLA等位基因结合物的亲和性越高。33个高百分位的表位入围(gydF4y2Ba 表2gydF4y2Ba)．在我们的研究中筛选出的另外180个高百分位的潜在HTL细胞表位- hla等位基因II对列在补充表S10 (gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

入围的高得分SARS-CoV-2 HTL表位及其各自HLA等位基因结合物的特征。gydF4y2Ba

SARS-CoV-2gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba蛋白质gydF4y2Ba 肽gydF4y2Ba 保护(%)gydF4y2Ba 毒性gydF4y2Ba 等位基因gydF4y2Ba 方法gydF4y2BabgydF4y2Ba 百分等级gydF4y2Ba
E蛋白gydF4y2BacgydF4y2Ba LLFLAFVVFLLVTLAgydF4y2Ba 480/482 (99.59)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-03:01 / DPB1-04:02gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
E蛋白gydF4y2Ba VLLFLAFVVFLLVTLgydF4y2Ba 480/482 (99.59)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-03:01 / DPB1-04:02gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2BadgydF4y2Ba GLMWLSYFIASFRLFgydF4y2Ba 465/477 (97.48)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-01:03 / DPB1-02:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.05gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2Ba LMWLSYFIASFRLFAgydF4y2Ba 466/477 (97.69)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-01:03 / DPB1-02:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.05gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2Ba LSYYKLGASQRVAGDgydF4y2BaegydF4y2Ba 472/477 (98.95)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2BafgydF4y2Ba AQFAPSASAFFGMSRgydF4y2Ba 486/498 (97.59)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2Ba IAQFAPSASAFFGMSgydF4y2Ba 485/498 (97.39)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2Ba PQIAQFAPSASAFFGgydF4y2Ba 485/498 (97.39)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba AIILASFSASTSAFVgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba ESPFVMMSAPPAQYEgydF4y2BaegydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba IILASFSASTSAFVEgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-09:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba QESPFVMMSAPPAQYgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba SPFVMMSAPPAQYELgydF4y2Ba 456/456 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba FVRATATIPIQASLPgydF4y2Ba 478/481 (99.37)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-02:01 / DPB1-14:01gydF4y2Ba NetMHCIIpangydF4y2Ba 0.12gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba LLFVTVYSHLLLVAAgydF4y2Ba 467/481 (97.08)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．1gydF4y2Ba
ORF6gydF4y2Ba FKVSIWNLDYIINLIgydF4y2Ba 478/481 (99.38)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DQA1-01:01 / DQB1-05:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
ORF6gydF4y2Ba KVSIWNLDYIINLIIgydF4y2Ba 478/481 (99.38)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DQA1-01:01 / DQB1-05:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
ORF6gydF4y2Ba TFKVSIWNLDYIINLgydF4y2BaegydF4y2Ba 478/481 (99.38)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DQA1-01:01 / DQB1-05:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba IILFLALITLATCELgydF4y2Ba 479/480 (99.79)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.16gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba ILFLALITLATCELYgydF4y2Ba 479/480 (99.79)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.16gydF4y2Ba
ORF7bgydF4y2Ba CFLAFLLFLVLIMLIgydF4y2Ba 231/236 (97.88)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-03:01 / DPB1-04:02gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.03gydF4y2Ba
ORF7bgydF4y2Ba LCFLAFLLFLVLIMLgydF4y2Ba 231/236 (97.88)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-03:01 / DPB1-04:02gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
ORF7bgydF4y2Ba YLCFLAFLLFLVLIMgydF4y2Ba 231/236 (97.88)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-03:01 / DPB1-04:02gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0．02gydF4y2Ba
ORF8gydF4y2Ba CTQHQPYVVDDPCPIgydF4y2Ba 476/480 (99.17)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB3-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.08gydF4y2Ba
ORF8gydF4y2Ba HQPYVVDDPCPIHFYgydF4y2Ba 476/480 (99.17)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB3-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.08gydF4y2Ba
ORF8gydF4y2Ba QPYVVDDPCPIHFYSgydF4y2Ba 476/480 (99.17)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB3-01:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.07gydF4y2Ba
ORF10gydF4y2Ba INVFAFPFTIYSLLLgydF4y2Ba 476/480 (99.17)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba HLA-DPA1-01:03 / DPB1-02:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.29gydF4y2Ba
ORF10gydF4y2Ba YINVFAFPFTIYSLLgydF4y2Ba 476/479 (99.37)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DPA1-01:03 / DPB1-02:01gydF4y2Ba 多发性骨髓瘤的共识(comb.lib. / /神经网络)gydF4y2Ba 0.29gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2BaggydF4y2Ba KTQSLLIVNNATNVVgydF4y2Ba 472/472 (100.00)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-13:02gydF4y2Ba 共识模式/神经网络/ sturniolo)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba LLIVNNATNVVIKVCgydF4y2Ba 469/472 (99.36)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-13:02gydF4y2Ba 共识模式/神经网络/ sturniolo)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba QSLLIVNNATNVVIKgydF4y2Ba 471/472 (99.79)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-13:02gydF4y2Ba 共识模式/神经网络/ sturniolo)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba SLLIVNNATNVVIKVgydF4y2BaegydF4y2Ba 471/472 (99.79)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-13:02gydF4y2Ba 共识模式/神经网络/ sturniolo)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba TQSLLIVNNATNVVIgydF4y2Ba 471/472 (99.79)gydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba DRB1-13:02gydF4y2Ba 共识模式/神经网络/ sturniolo)gydF4y2Ba 0.01gydF4y2Ba

一个gydF4y2BaSARS-CoV-2:严重急性呼吸综合征冠状病毒gydF4y2Ba

bgydF4y2Ba方法:comb.lib.:组合库。Nn:神经网络。稳定矩阵法。gydF4y2Ba

cgydF4y2BaE蛋白:包膜蛋白。gydF4y2Ba

dgydF4y2BaM蛋白:膜蛋白。gydF4y2Ba

egydF4y2Ba与最近发表的表位匹配，表明与结果一致[gydF4y2Ba 58gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

fgydF4y2BaN蛋白:核衣壳蛋白gydF4y2Ba

ggydF4y2BaS蛋白:表面蛋白。gydF4y2Ba

 基于CTL和HTL表位的人群覆盖gydF4y2Ba

还研究了入围表位的人群覆盖率，特别是在中国、法国、意大利、美国、南亚、东亚、东北亚和中东。从这项研究中，我们可以得出结论，联合使用所有入围的CTL和HTL表位，全球平均人口覆盖率高达96.10% (SD 23.74)(补充表S12，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 B细胞表位预测gydF4y2Ba 基于序列的B细胞表位预测gydF4y2Ba

为了筛选B细胞表位，我们使用Bepipred线性表位预测方法。在我们的研究中，我们从11种SARS-CoV-2 ORF蛋白中筛选出了12个B细胞表位，这些表位与入围的CTL和HTL表位部分或完全重叠(gydF4y2Ba 表3gydF4y2Ba)．另外筛选了206个B细胞表位，表位长度至少为4个AAs，最多为20个AAs，列在补充表S11中。gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

BepiPred方法获得候选SARS-CoV-2线性B细胞表位的特征gydF4y2Ba

SARS-CoV-2gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba蛋白质gydF4y2Ba 肽长度，氨基酸gydF4y2Ba 保护(%)gydF4y2Ba 重叠B细胞表位gydF4y2Ba 毒性gydF4y2Ba
M蛋白gydF4y2BabgydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 471/477 (98.74)gydF4y2Ba KLGASQRVAGDSgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
N蛋白gydF4y2BacgydF4y2Ba 42gydF4y2Ba 483/498 (96.99)gydF4y2Ba RLNQLESKMSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKgydF4y2BaKPRQKRTATKAgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF1abgydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba 455/456 (99.78)gydF4y2Ba GTTQTACTDDNALAYYNTTKgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 478/481 (99.37)gydF4y2Ba QGEIKDATPSDFgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF3agydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 471/481 (97.92)gydF4y2Ba PYNSVTgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 479/480 (99.79)gydF4y2Ba LYHYQECVRgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF7agydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 470/480 (97.92)gydF4y2Ba VKHVYQLRARSVSPKLFIRQEEVQELgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF8gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba 460/480 (95.83)gydF4y2Ba QSCTQHQPYVVDDPCPIHFYSKWgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
ORF8gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 476/480 (99.17)gydF4y2Ba RVGARKSAPgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2BadgydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 470/472 (99.58)gydF4y2Ba TPGDSSSGWTAgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba 35gydF4y2Ba 470/472 (99.58)gydF4y2Ba FPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVAgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba
S蛋白gydF4y2Ba 62gydF4y2Ba 454/472 (96.19)gydF4y2Ba NLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYgydF4y2BaQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNgydF4y2Ba 无毒gydF4y2Ba

一个gydF4y2BaSARS-CoV-2:严重急性呼吸综合征冠状病毒gydF4y2Ba

bgydF4y2BaM蛋白:膜蛋白。gydF4y2Ba

cgydF4y2BaN蛋白:核衣壳蛋白gydF4y2Ba

dgydF4y2BaS蛋白:表面蛋白。gydF4y2Ba

 潜在表位的鉴定gydF4y2Ba 表位保存分析gydF4y2Ba

对筛选的CTL、HTL和B细胞表位的序列保守性分析表明，候选表位具有高度保守性。在ncbi检索的SARS-CoV-2蛋白序列中，CTL表位和HTL表位的氨基酸序列均具有显著的保守性(CTL表位的保守性为96.88% ~ 100%，HTL表位的保守性为97.08% ~ 100%;看到gydF4y2Ba 表1、表2gydF4y2Ba、4及补充表S8、S9、S10及S11、gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 表位毒性预测gydF4y2Ba

还对所有筛选的CTL, HTL和B细胞表位进行了毒性分析。ToxinPred对所有候选表位的研究表明，它们都是无毒的(gydF4y2Ba 表1、表2gydF4y2Ba， 4;补充表S8、S9、S10和S11gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 重叠残留分析gydF4y2Ba

使用Clustal Omega多序列比对分析工具分析了11个SARS-CoV-2 ORF蛋白的候选CTL、HTL和B细胞表位之间的AA序列重叠。分析表明，几个CTL, HTL和B细胞表位有重叠的AA序列。含有两个或多个重叠AA残基的CTL、HTL和B细胞表位见补充图S3 (gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 HLA等位基因和TAP转运体分子相互作用研究表位的选择gydF4y2Ba

显示CTL、HTL和B细胞表位重叠的表位在补充图S10中圈出(gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)，并被选择用于进一步研究它们与HLA等位基因和TAP转运体的相互作用。gydF4y2Ba

 所选表位与HLA等位基因及TAP转运体的分子相互作用分析gydF4y2Ba 所选CTL和HTL表位与HLA等位基因的分子相互作用分析gydF4y2Ba

使用PatchDock工具将所选的CTL和HTL表位与其各自的HLA I类和II类等位基因结合物进行分子对接研究。图像由PyMOL生成[gydF4y2Ba 59gydF4y2Ba］．该研究揭示了所有选择的表位与其HLA等位基因结合物之间的显著分子相互作用，显示了多个氢键的形成(gydF4y2Ba 图1gydF4y2Ba)．此外，所有表位- HLA等位基因复合物的b因子分析表明，表位配体与HLA等位基因分子复合物具有稳定的(蓝色)结合构象(补充图S4，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．使用紫罗兰-靛蓝-蓝绿色-黄绿色-橙红色(VIBGYOR)颜色表示，其中蓝色非常稳定。gydF4y2Ba

SARS-CoV-2 CTL表位与HLA等位基因分子对接分析所选CTL和HTL表位的分子对接(青色棒)结合各自HLA I类和II类等位基因结合物的氨基酸残基(品红棒)。研究表明，停靠的配合物是稳定的，形成多个氢键(绿色点，长度单位为埃)。CTL:细胞毒性T淋巴细胞。人类白细胞抗原。gydF4y2Ba

 所选CTL表位与TAP腔的分子相互作用分析gydF4y2Ba

所选CTL表位与TAP腔的分子对接相互作用分析显示，在TAP腔的不同位点形成多个氢键，具有明显的强分子相互作用。两个相互作用的位点是特别感兴趣的:一个更接近细胞质端，另一个更接近内质网腔(gydF4y2Ba 图2gydF4y2Ba)．本研究证实了所选CTL表位从细胞质运输到内质网腔的可行性，这是HLA等位基因分子在抗原提呈细胞表面表达表位的一个重要事件。gydF4y2Ba

TAP转运体腔内两种CTL表位的分子对接分析。CTL表位(青色棒)在TAP腔内(灰色带/棒)的分子相互作用显示。表位残基与TAP转运体残基之间的详细相互作用如图所示，绿色圆点表示氢键的形成。H键用绿点表示，长度单位为埃。TAP:与抗原加工相关的转运蛋白。gydF4y2Ba

 所设计的mev与免疫受体的特性及分子相互作用分析gydF4y2Ba 所设计mev的特性gydF4y2Ba 所设计mev的理化性质分析gydF4y2Ba

对CTL和HTL mev进行ProtParam分析，分析其理化性质。表4给出了CTL和HTL mev的经验理化性质。两种mev的脂肪族指数和亲水性的大平均表明它们的球形和亲水性质。两种mev的不稳定性指数得分表明了蛋白质分子的稳定性。gydF4y2Ba

根据所设计的CTL和HTL mev的氨基酸序列进行理化性质分析。gydF4y2Ba

财产gydF4y2Ba 细胞毒性T淋巴细胞多表位疫苗gydF4y2Ba 辅助性T淋巴细胞多表位疫苗gydF4y2Ba
长度(氨基酸)gydF4y2Ba 704gydF4y2Ba 810gydF4y2Ba
分子gydF4y2Ba重量(kilodaltons)gydF4y2Ba 72.62gydF4y2Ba 82.80gydF4y2Ba
理论突出指数gydF4y2Ba 9.70gydF4y2Ba 8.64gydF4y2Ba
预期半衰期(小时)gydF4y2Ba
大肠杆菌gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba
酵母gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba
哺乳动物细胞gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba
脂肪指数gydF4y2Ba 61.09gydF4y2Ba 96.43gydF4y2Ba
亲水性的大平均gydF4y2Ba -0.090gydF4y2Ba 0.501gydF4y2Ba
不稳定指数gydF4y2Ba 44.31gydF4y2Ba 40.28gydF4y2Ba
ifn γ诱导表位预测gydF4y2Ba

ifn γ诱导表位参与适应性和先天免疫反应。利用IFNepitope服务器从CTL和HTL mev的氨基酸序列中筛选出ifn γ诱导的15mer肽表位。共筛选出得分≥1的20个CTL MEV和20个HTL MEV inf γ诱导阳性表位(补充表S2，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 mev的致敏性和抗原性预测gydF4y2Ba

AlgPred分析发现，CTL和HTL mev均无致敏性(得分分别为-0.95185601和-1.1293352;阈值为-0.4)。VaxiJen分析表明，CTL和HTL mev也可能是抗原(预测得分分别为0.4485和0.4215;默认阈值为0.4)。因此，使用上述分析工具，预测CTL和HTL mev本质上都是非过敏性和抗原性的。gydF4y2Ba

 mev的三级结构建模、优化与验证gydF4y2Ba

使用I-TASSER建模工具(gydF4y2Ba 图3gydF4y2Ba)．建立了CTL MEV (PDB ID: 5n8pA，正常Z-score为1.49,Cov为0.92,TM-score为0.916,RMSD为1.04 Å)和HTL MEC (PDB ID: 5n8pA，正常Z-score为1.52,Cov为0.97,TM-score为0.916,RMSD为1.04 Å)的模型。gydF4y2Ba

CTL和HTL多表位疫苗的三级结构建模。表位用青色表示。橙色显示佐剂(Ov-ASP-1)。链接器显示为灰色，6xHis标记显示为洋红色。展示了两种mev的卡通和表面演示。CTL:细胞毒性T淋巴细胞。HTL:辅助T淋巴细胞。gydF4y2Ba

生成的CTL和HTL 3D模型都由ModRefiner进一步细化，以修复任何空白，然后是GalaxyRefine细化。ModRefiner对CTL和HTL模型的tm -score分别为0.9189和0.9498;因为这些值接近于1，所以初始模型和细化模型在结构上是相似的。经过细化后，CTL和HTL模型相对于初始模型的rmsd分别为3.367 Å和2.318 Å。进一步，利用GalaxyRefine对CTL和HTL MEV模型进行细化，并根据最佳评分参数选择模型1。CTL MEV模型精细化输出模型(Ramachandran偏好83.6%，GDT-HA 0.9371, RMSD 0.459, MolProbity 2.539，冲突得分23.2，糟糕的轮扰者1.8)和HTL MEV模型精细化输出模型(Ramachandran偏好87.7%，GDT-HA 0.9552, RMSD 0.402, MolProbity 2.537，冲突得分27.9，糟糕的轮扰者1.6)表明，两种MEV都生成了精细化且可接受的模型。经过改进后，所有上述参数均较初始CTL和HTL MEV模型有明显改善(补充表S3，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 CTL和HTL mev精细化模型的验证gydF4y2Ba

对CTL和HTL模型进行细化后，使用RAMPAGE分析工具进行分析。改进后的CTL MEV模型在有利区域有85.8%的残留，在允许区域有11.3%的残留，在异常区域只有3.0%的残留;同时，改进后的HTL MEV模型在有利区域有88.9%的残留，在允许区域有8.9%的残留，在离群区域只有2.2%的残留(补充图S5，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 来自mev的线性和不连续b细胞表位预测gydF4y2Ba

利用IEDB服务器上的ElliPro工具进行线性和不连续b细胞表位预测，以识别CTL和HTL mev精细3D模型中潜在的线性和不连续表位。筛选结果显示，CTL MEV携带17个线性和2个潜在不连续B细胞表位，HTL MEV携带17个线性和4个潜在不连续B细胞表位。CTL和HTL MEV中线性和不连续表位的PI得分范围很广，表明表位引起体液免疫反应的潜力很大(PI得分:CTL MEV线性和不连续B细胞表位:分别为0.511-0.828和0.664-0.767;HTL MEV线性和不连续B细胞表位:分别为0.518-0.831和0.53-0.776)(补充表S4, S5, S6和S7，gydF4y2Ba 多媒体附件1gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

 mev与免疫受体的分子相互作用分析gydF4y2Ba mev与TLR3的分子对接研究gydF4y2Ba

进一步研究了CTL和HTL mev的精细模型，研究了它们与人TLR3外畴的分子相互作用。因此，利用PatchDock工具将CTL和HTL MEV模型与TLR3晶体结构模型(PDB ID: 2A0Z)进行分子对接。分别选取CTL和HTL mev生成的得分最高的20776和20350的对接构象进行进一步研究。对接得分越高，表明MEV与TLR3受体的几何形状互补拟合构象越符合PatchDock工具的预测结果。CTL和HTL mev对接后均能进入TLR3的外畴区，与TLR3腔区活性位点残基发生大量分子相互作用(gydF4y2Ba 图4gydF4y2BaA, C, D, F)gydF4y2Ba 图4gydF4y2Ba在A和4D中，TLR3空腔表面的整个斑块参与了分子与mev的相互作用，有利于mev与TLR3外畴空腔之间形成分子复合物。图4C和4F显示了参与这种相互作用的特定残基(CTL:TLR3: Y496:D437, K467:H359, A521:K416, P547:K416, S545:N361, G544:K330, V565:Y307, Y538:H129, V537:N105, Y634:H108)。Htl: tlr3: s629: k416, s649: y307, g668: k330, h810: e533, h809: r484, h805: h359, n801: r325, h613: n230, n252: n718, y701: q107)。CTL和HTL mev在TLR3的外畴腔区形成了多个氢键。gydF4y2Ba

对MEV-TLR3配合物进行了b因子分析。b因子表示原子位置相对于平均值的位移，即原子越灵活，其相对于平均值的位移就越大(均方位移)(gydF4y2Ba 图4gydF4y2BaB, 4 d)。PDBsum [gydF4y2Ba 60gydF4y2Ba]用于计算TLR3受体上指示结合位点区域的斑块。结合TLR3受体的CTL和HTL mev的b因子分析表明，与TLR3结合的mev的大部分区域是稳定的。b因子分析由VIBGYOR颜色表示，其中蓝色表示低b因子，红色表示高b因子(gydF4y2Ba 图4gydF4y2BaB, 4 d)。这些结果表明，CTL和HTL mev与人TLR3受体外结构域都倾向于形成稳定的复合物。gydF4y2Ba

CTL和HTL mev与TLR3的分子对接研究。(A)， (D): CTL-TLR3和HTL-TLR3的对接复合物，TLR3受体上的斑块表示PDBsum计算的结合位点区域[gydF4y2Ba 60gydF4y2Ba］．(C)， (F): CTL和HTL MEVs和TRL3结合位点残基之间的详细分子相互作用(CTL, HTL: cyan;TLR3:红色)。氢键的形成用橙色虚线表示。(B)， (E):与TLR3受体对接的mev的B因子。演示采用VIBGYOR颜色，蓝色表示低b因子，红色表示高b因子。大部分MEV区域呈蓝色，b因子较低;这表明与TLR3受体形成了稳定的复合物。CTL，细胞毒性T淋巴细胞。HTL，辅助性T淋巴细胞。 TLR3, toll-like receptor 3.

 mev与TLR3配合物的分子动力学模拟研究gydF4y2Ba

进一步对配合物CTL-TLR3和HTL-TLR3进行分子动力学模拟分析，研究所涉及的分子相互作用的稳定性。MEV-TLR3配合物均表现出非常令人信服的、相当稳定的RMSD值gydF4y2BaαgydF4y2Ba，骨架和所有原子(CTL-TLR3复合物:大约4-7.5 Å;HTL-TLR3 complex:大约3.0-9.8 Å)，趋于稳定(gydF4y2Ba 图5gydF4y2BaA和5C)。在合理不变的温度(约278 K)和压力(约1atm)下，两种配合物的RMSD均保持在上述RMSD范围内10 ns。所有MEV-TLR配合物的分子对接和分子动力学模拟研究表明，配合物趋于稳定形成。几乎所有CTL和HTL mev与TLR3配合物的AA残基均显示rmsf在可接受范围内(约2-6 Å) (gydF4y2Ba 图5gydF4y2BaB和5D)。这些结果表明CTL-TLR3和HTL-TLR3配合物都是稳定的，具有可接受的分子相互作用倾向。gydF4y2Ba

TLR3对CTL和HTL mev的分子动力学模拟。(A)， (C): CTL MEV-TLR3配合物和HTL MEV-TLR3配合物的Cα、骨架和所有原子的均方根偏差。(B)， (D): CTL MEV和HTL MEV所有氨基酸残基与TLR3免疫受体复合物的均方根波动。埃。COVID-19:冠状病毒病CTL:细胞毒性T淋巴细胞。HTL:辅助T淋巴细胞。MEV:多表位疫苗。TL3: toll样受体3。RMSD:均方根偏差。 RMSD Ca: root mean square deviation for the alpha carbon atoms. RMSD Bb: root mean square deviation for the backbone atoms. RMSD All: root mean square deviation for all atoms. RMSF: root mean square fluctuation.

 mev基因的克隆及在哺乳动物宿主细胞系中的表达效能的硅晶分析gydF4y2Ba

使用Java密码子适配工具生成了在哺乳动物(人类)宿主细胞系中CTL和HTL表达的优化cDNA。此外，使用GenScript稀有密码子分析工具对两种mev生成的优化cdna进行分析。分析表明，密码子优化的CTL和HTL MEV的cdna在哺乳动物细胞系中具有重要和有利的组成(CTL MEV: GC含量70.40%，CAI评分1.00,0%串联稀有密码子;HTL MEV: GC含量69.26%，CAI得分1.00，串联稀有密码子0%)。理想情况下，cDNA的GC含量为30%-70%;表明cDNA在选择的表达系统中表达的可能性的CAI分数应在0.8和1.0之间;表明cDNA中存在低频密码子的串联稀有密码子频率应<30%。串联稀有密码子可能阻碍cDNA的正常表达，甚至中断所选表达系统的翻译机制。因此，根据GenScript稀有密码子分析，这两个mev的cdna满足所有上述参数，并预测在哺乳动物(人)宿主细胞系中具有高表达。gydF4y2Ba

 讨论gydF4y2Ba 主要研究结果gydF4y2Ba

在本研究中，我们报道了针对SARS-CoV-2感染的CTL和HTL多表位候选疫苗的设计。这些mev由多个CTL和HTL表位组成，在mev的N端截断Ov-ASP-1作为佐剂。为了设计上述mev，我们从SARS-CoV-2冠状病毒的整个蛋白质组中筛选了潜在的CTL和HTL表位。筛选的表位由于IC低而显示出潜力gydF4y2Ba50gydF4y2BaHLA相互作用的值(nM)，高免疫原性，无毒，良好的TAP腔相互作用，高保护和高百分位排名(使用IEDB MHC-I结合预测和MHC-II结合预测工具确定)。进一步分析了入选的38个CTL和33个HLT表位及其HLA等位基因结合物的人群覆盖率;结果非常令人满意，世界人口覆盖率达到96.10%。此外，还筛选出了12个长度为4-20个AAs的B细胞表位，这些表位与入围的CTL和HTL表位完全或部分重叠。所有候选表位均高度保守，保守范围在97.08% ~ 100%之间;同时，所有表位均无毒。所有入围的CTL, HTL和B细胞表位也显示出彼此重叠，这进一步表明它们具有高度的免疫原性。选择重叠的CTL和HTL表位进一步分析其与HLA等位基因和TAP腔的分子相互作用。所选择的重叠表位与其各自的HAL等位基因结合物的分子相互作用分析显示了非常好的结果。同样，TAP腔内CTL表位的分子相互作用分析显示，表位从跨膜转运体的细胞质端(C端)顺利通过腔内，到达ER腔内端(N端)，结果非常有利。 Further, the two MEVs were designed and modeled utilizing a flexible linker (GGGGS). The chosen adjuvant (truncated Ov-ASP-1) was linked at the N terminal of both the MEVs using a rigid linker (EAAAK). Modeling and further refinement of both the MEVs was performed, and highly sterically acceptable models were generated. The molecular weights of both the MEVs were also very acceptable for expression in suitable systems (CTL MEV: 72.62 kilodaltons, HTL MEV: 82.80 kDa). Further, both the MEVs were shown to contain 20 INFγ-inducing positive epitopes. Both the MEVs were also analyzed to contain numerous linear (CTL: 17, HTL: 17) and discontinuous (CTL: 2, HTL: 4) B cell epitopes. Both the MEVs were analyzed and found to be nonallergenic but antigenic in nature.

此外，分析了CTL和HTL mev与免疫受体TLR3的分子相互作用。TLRs是人类免疫系统的哨兵;因此，两种mev与TLR3良好稳定的相互作用是必不可少的。在我们的研究中，我们证实了CTL和HTL mev与TLR3受体的稳定相互作用。分子对接研究表明，两种mev的大量残基参与了与TLR3受体AA残基的极性接触的形成。此外，基于CTL-MEV-TLR3和HTL-MEV-TLR3骨架均可接受的rmsd，分子动力学研究证实了mev和TLR3之间稳定的分子相互作用。gydF4y2Ba

此外，两种mev在体外均有良好的表达。我们分析了哺乳动物(人类)细胞系表达系统的CTL和HTL mev的密码子偏向cdna，发现非常可接受的CG含量和CAIs以及0%串联稀有密码子。因此，所设计的mev均可在所选择的表达体系中表达，并可作为潜在的抗SARS-CoV-2感染疫苗候选。gydF4y2Ba

 结论gydF4y2Ba

我们设计并提出了两个mev，它们来自针对SARS-CoV-2 (COVID-19)的多个CTL和HTL表位。所选的CTL和HTL表位与筛选的线性B细胞表位有显著的序列重叠。候选的CTL和HTL表位用于设计CTL和HTL mev。生成的CTL和HTL mev的三级模型均显示包含潜在的线性和不连续B细胞表位以及潜在的INFγ表位。因此，所设计的mev被预测能够引起体液和细胞免疫反应。由于Ov-ASP-1与apc结合并通过TLR3触发促炎细胞因子的产生，因此在CTL和HTL MEV模型的N端使用截断的Ov-ASP-1作为佐剂。所选重叠聚类表位与其各自HLA等位基因结合位点的分子相互作用通过分子对接研究得到验证。分析了所选CTL表位与TAP转运体空腔的分子相互作用。结合候选CTL和HTL表位对世界人口平均覆盖率的分析显示，覆盖率为世界人口的96.10%。CTL和HTL MEVs与免疫受体TLR3的分子相互作用分析表明，MEVs与TLR3腔的外畴结构非常吻合。 This result was further confirmed by molecular dynamics simulation studies of both the CTL-MEV-TLR3 and HTL-MEV-TLR3 complexes, indicating tendencies toward stable molecular complex formation of both MEVs with TLR3. cDNAs for both MEVs were generated considering codon-biasing for expression in a mammalian (human) host cell line. Both cDNAs were optimized with respect to their GC content and zero tandem rare codons to increase their possibility of high expression in the mammalian host cell line (human). Therefore, for further studies, both the designed CTL and HTL MEVs could be cloned, expressed, and tested for in vivo validation and animal trials as potential vaccine candidates against SARS-CoV-2 infection.

补充材料。gydF4y2Ba

 缩写gydF4y2Ba AAgydF4y2Ba

氨基酸gydF4y2Ba

 CαgydF4y2Ba

α碳gydF4y2Ba

 互补脱氧核糖核酸gydF4y2Ba

互补脱氧核糖核酸gydF4y2Ba

 新型冠状病毒肺炎gydF4y2Ba

冠状病毒病gydF4y2Ba

 细胞毒性t淋巴细胞gydF4y2Ba

细胞毒性T淋巴细胞gydF4y2Ba

 E蛋白gydF4y2Ba

包膜蛋白gydF4y2Ba

 呃gydF4y2Ba

内质网gydF4y2Ba

 HLAgydF4y2Ba

人白细胞抗原gydF4y2Ba

 HTLgydF4y2Ba

辅助性T淋巴细胞gydF4y2Ba

 IC50gydF4y2Ba

最大抑制浓度的一半gydF4y2Ba

 IEDBgydF4y2Ba

免疫表位数据库gydF4y2Ba

 IFNγgydF4y2Ba

干扰素γgydF4y2Ba

 谢谢gydF4y2Ba

主题显现与类别识别gydF4y2Ba

 兆电子伏gydF4y2Ba

multiepitope疫苗gydF4y2Ba

 MHCgydF4y2Ba

主要组织相容性复合体gydF4y2Ba

 M蛋白gydF4y2Ba

膜蛋白gydF4y2Ba

 NCBIgydF4y2Ba

国家生物信息中心gydF4y2Ba

 N蛋白gydF4y2Ba

核衣壳蛋白gydF4y2Ba

 羊痘疮gydF4y2Ba

开放式阅读架gydF4y2Ba

 Ov-ASP-1gydF4y2Ba

盘尾丝虫病扭转激活相关分泌蛋白-1gydF4y2Ba

 PDBgydF4y2Ba

蛋白质数据库gydF4y2Ba

 πgydF4y2Ba

突出指数gydF4y2Ba

 表示时gydF4y2Ba

均方根偏差gydF4y2Ba

 RMSFgydF4y2Ba

均方根波动gydF4y2Ba

 SARS-CoV-2gydF4y2Ba

严重急性呼吸综合征冠状病毒2gydF4y2Ba

 S蛋白gydF4y2Ba

表面蛋白gydF4y2Ba

 利用gydF4y2Ba

与抗原处理相关的转运蛋白gydF4y2Ba

 TLRgydF4y2Ba

toll样受体gydF4y2Ba

 TLR3gydF4y2Ba

toll样受体3gydF4y2Ba

 TrEMBLgydF4y2Ba

翻译欧洲分子生物学实验室gydF4y2Ba

 VIBGYORgydF4y2Ba

violet-indigo-blue-green-yellow-orange-redgydF4y2Ba

 YASARAgydF4y2Ba

另一个科学的人工现实应用gydF4y2Ba

我们感谢印度医学研究委员会(ICMR)为SV提供SRF奖学金(ISRM/11(98)/2019)。我们还感谢ICMR国家疟疾研究所为这些实验提供基础设施和计算设施。我们还感谢曼加拉亚坦大学为实验提供基础设施。gydF4y2Ba

方案由SS和MK设计。方法学由SS、SV、MK和RK执行。全球经济风险分析由RKB进行。数据分析、科学写作和文章修改由SS、SV、MK、RK、RKB、AKS、HJS、MK和KCP完成。gydF4y2Ba

没有宣布。gydF4y2Ba

 世界卫生组织gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba 2020-05-29gydF4y2Ba 世卫组织总干事在2019冠状病毒病疫情媒体吹风会上的讲话gydF4y2Ba https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---3-march-2020gydF4y2Ba 世界卫生组织gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 20.gydF4y2Ba 2020-03-21gydF4y2Ba 2019冠状病毒病(COVID-19)疫情报告- 61gydF4y2Ba https://www.who.int/docs/default - source/coronaviruse/situation reports/20200321军情报告- 61 covid - 19. - pdf?sfvrsn=6aa18912_2)gydF4y2Ba 联合国gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 09gydF4y2Ba 2020-05-29gydF4y2Ba COVID-19的经济影响:政策制定者能否避免数万亿美元的危机?gydF4y2Ba https://unctad.org/en/pages/PressRelease.aspx?OriginalVersionID=548)gydF4y2Ba 国家生物技术信息中心gydF4y2Ba 2020-05-29gydF4y2Ba SARS-CoV-2(严重急性呼吸综合征冠状病毒2)序列gydF4y2Ba https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/gydF4y2Ba 麦克唐纳gydF4y2Ba AJgydF4y2Ba 曹gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 他gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 赵gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba 姜gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba LustigmangydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba rOv-ASP-1是蠕虫盘尾鼠的一种重组分泌蛋白，是一种诱导卵白蛋白、HIV-1多肽和SARS-CoV肽抗原抗体的有效佐剂gydF4y2Ba 疫苗gydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 3446gydF4y2Ba 52gydF4y2Ba 10.1016 / j.vaccine.2005.01.098gydF4y2Ba 15837368gydF4y2Ba s0264 - 410 x (05) 00148 - 9gydF4y2Ba PMC7115491gydF4y2Ba 郭gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 肖gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 太阳gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 余gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 杜gydF4y2Ba lgydF4y2Ba LustigmangydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 姜gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 口gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 周gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 由核心致病相关-1 (PR-1)结构域组成的Ov-ASP-1的截断片段保持了全长蛋白的佐剂性gydF4y2Ba 疫苗gydF4y2Ba 2015gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 33gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 1974gydF4y2Ba 80gydF4y2Ba 10.1016 / j.vaccine.2015.02.053gydF4y2Ba 25736195gydF4y2Ba s0264 - 410 x 00242 - x (15)gydF4y2Ba PMC7115538gydF4y2Ba 他gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 巴克gydF4y2Ba SJgydF4y2Ba 麦克唐纳gydF4y2Ba AJgydF4y2Ba 余gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 曹gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba JgydF4y2Ba ParhargydF4y2Ba RgydF4y2Ba 真见鬼gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 哈特曼gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba GolenbockgydF4y2Ba DTgydF4y2Ba 姜gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 利布里gydF4y2Ba NAgydF4y2Ba 永远gydF4y2Ba AEgydF4y2Ba 罗森博格gydF4y2Ba WMgydF4y2Ba LustigmangydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 重组Ov-ASP-1是一种th1偏压蛋白佐剂，来源于蠕虫盘尾尾虫(Onchocerca volvulus)，可以直接结合并激活抗原提呈细胞gydF4y2Ba J ImmunolgydF4y2Ba 2009gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 182gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 4005gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 10.4049 / jimmunol.0800531gydF4y2Ba 19299698gydF4y2Ba 182/7/4005gydF4y2Ba 奥尔德姆gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba GrigorieffgydF4y2Ba NgydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 单纯疱疹病毒捕获的与抗原加工相关的转运体结构gydF4y2Ba ElifegydF4y2Ba 2016gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 09gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 10.7554 / eLife.21829gydF4y2Ba 27935481gydF4y2Ba PMC5199193gydF4y2Ba 银白杨gydF4y2Ba RgydF4y2Ba TampegydF4y2Ba RgydF4y2Ba 免疫学基础知识:与抗原处理相关的转运体TAP的结构和功能gydF4y2Ba 生理学(贝塞斯达)gydF4y2Ba 2004gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 19gydF4y2Ba 216gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 10.1152 / physiol.00002.2004gydF4y2Ba 15304636gydF4y2Ba 19/4/216gydF4y2Ba 安东尼奥由于gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 战胜挑战者博伊斯gydF4y2Ba SJgydF4y2Ba 艾略特gydF4y2Ba TgydF4y2Ba MHC I类肽配体的组装和出口gydF4y2Ba Curr Opin ImmunolgydF4y2Ba 2003gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 75gydF4y2Ba 81gydF4y2Ba 10.1016 / s0952 - 7915 (02) 00010 - 9gydF4y2Ba DelnestegydF4y2Ba YgydF4y2Ba BeauvillaingydF4y2Ba CgydF4y2Ba JeanningydF4y2Ba PgydF4y2Ba 先天免疫:TLRs的结构和功能。法语文章gydF4y2Ba 医学(巴黎)gydF4y2Ba 2007gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 67gydF4y2Ba 73gydF4y2Ba 10.1051 / medsci / 200723167gydF4y2Ba 17212934gydF4y2Ba 00/00/0A / 32 /gydF4y2Ba ToturagydF4y2Ba 艾尔gydF4y2Ba 惠特莫尔gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba AgnihothramgydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 谢弗gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 卡茨gydF4y2Ba 毫克gydF4y2Ba HeisegydF4y2Ba 太gydF4y2Ba 气压的gydF4y2Ba RSgydF4y2Ba 通过TRIF的toll样受体3信号通路有助于对严重急性呼吸综合征冠状病毒感染的保护性先天免疫反应gydF4y2Ba mBiogydF4y2Ba 2015gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba 10.1128 / mbio.00638-15gydF4y2Ba 淀粉gydF4y2Ba CgydF4y2Ba KrumbholzgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba GiesegydF4y2Ba TgydF4y2Ba 哈特曼gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 半场结束gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 麦尔gydF4y2Ba EgydF4y2Ba toll样受体3在人星形胶质细胞中的优先表达及功能gydF4y2Ba J NeuroimmunolgydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 159gydF4y2Ba 1 - 2gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 10.1016 / j.jneuroim.2004.09.009gydF4y2Ba 15652398gydF4y2Ba s0165 - 5728 (04) 00326 - 1gydF4y2Ba TenzergydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba BulikgydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba SchoorgydF4y2Ba OgydF4y2Ba LemmelgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 宝贝gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 克洛泽gydF4y2Ba PgydF4y2Ba RammenseegydF4y2Ba HgydF4y2Ba 席尔德gydF4y2Ba HgydF4y2Ba HolzhuttergydF4y2Ba HGgydF4y2Ba 通过结合蛋白酶体切割、TAP转运和MHC I类结合的预测来建模MHC I类通路gydF4y2Ba 细胞Mol生命科学gydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 62gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 1025gydF4y2Ba 37gydF4y2Ba 10.1007 / s00018 - 005 - 4528 - 2gydF4y2Ba 15868101gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba BulikgydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba TampegydF4y2Ba RgydF4y2Ba 范EndertgydF4y2Ba 点gydF4y2Ba HolzhuttergydF4y2Ba HGgydF4y2Ba 通过预测表位前体的TAP运输效率来识别MHC I类表位gydF4y2Ba J ImmunolgydF4y2Ba 2003gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 171gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 1741gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 10.4049 / jimmunol.171.4.1741gydF4y2Ba 12902473gydF4y2Ba 蹄gydF4y2Ba 我gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 需要好好gydF4y2Ba 勒gydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 隆德gydF4y2Ba OgydF4y2Ba 我校gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 尼尔森gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba NetMHCpan，一种超越人类的MHC I类结合预测方法gydF4y2Ba 免疫遗传学gydF4y2Ba 2009gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 61gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba 10.1007 / s00251 - 008 - 0341 - zgydF4y2Ba 19002680gydF4y2Ba PMC3319061gydF4y2Ba Calis)gydF4y2Ba JgydF4y2Ba MaybenogydF4y2Ba 米gydF4y2Ba GreenbaumgydF4y2Ba JgydF4y2Ba WeiskopfgydF4y2Ba DgydF4y2Ba 德席尔瓦gydF4y2Ba 广告gydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 柯ş米尔gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba MHC I类肽具有增强免疫原性的特性gydF4y2Ba PLoS计算生物学gydF4y2Ba 2013gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba e1003266gydF4y2Ba 10.1371 / journal.pcbi.1003266gydF4y2Ba 24204222gydF4y2Ba pcompbiol - d - 12 - 01795gydF4y2Ba PMC3808449gydF4y2Ba 王gydF4y2Ba PgydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 金gydF4y2Ba YgydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 隆德gydF4y2Ba OgydF4y2Ba 尼尔森gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba HLA DR, DP和DQ分子的肽结合预测gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2010gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 568gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-11-568gydF4y2Ba 21092157gydF4y2Ba 1471-2105-11-568gydF4y2Ba PMC2998531gydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba AssarssongydF4y2Ba EgydF4y2Ba 摩尔gydF4y2Ba CgydF4y2Ba 非政府组织gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba PinillagydF4y2Ba CgydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba 使用位置扫描组合肽库获得19个人和小鼠MHC I类分子的定量肽结合基序gydF4y2Ba Immunome ResgydF4y2Ba 2008gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 25gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 10.1186 / 1745-7580-4-2gydF4y2Ba 18221540gydF4y2Ba 1745-7580-4-2gydF4y2Ba PMC2248166gydF4y2Ba 尼尔森gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba LundegaardgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 隆德gydF4y2Ba OgydF4y2Ba 利用SMM-align预测MHC II类结合亲和力，这是一种新的稳定矩阵对齐方法gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2007gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 238gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-8-238gydF4y2Ba 17608956gydF4y2Ba 1471-2105-8-238gydF4y2Ba PMC1939856gydF4y2Ba SturniologydF4y2Ba TgydF4y2Ba 波诺gydF4y2Ba EgydF4y2Ba 丁gydF4y2Ba JgydF4y2Ba RaddrizzanigydF4y2Ba lgydF4y2Ba TuerecigydF4y2Ba OgydF4y2Ba 领域gydF4y2Ba UgydF4y2Ba BraxenthalergydF4y2Ba 米gydF4y2Ba GallazzigydF4y2Ba FgydF4y2Ba 普罗蒂gydF4y2Ba 国会议员gydF4y2Ba SinigagliagydF4y2Ba FgydF4y2Ba 锤gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 使用DNA微阵列和虚拟HLA II类矩阵生成组织特异性和混杂的HLA配体数据库gydF4y2Ba 生物科技Nat》gydF4y2Ba 1999gydF4y2Ba 06gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 555gydF4y2Ba 61gydF4y2Ba 10.1038/9858gydF4y2Ba 10385319gydF4y2Ba 中方通过gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba DinhgydF4y2Ba KgydF4y2Ba SouthwoodgydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 纽曼gydF4y2Ba 乔丹gydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 预测t细胞表位诊断和疫苗的人群覆盖率gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2006gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 17gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 153gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-7-153gydF4y2Ba 16545123gydF4y2Ba 1471-2105-7-153gydF4y2Ba PMC1513259gydF4y2Ba 拉森gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 隆德gydF4y2Ba OgydF4y2Ba 尼尔森gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 预测线性b细胞表位的改进方法gydF4y2Ba Immunome ResgydF4y2Ba 2006gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 10.1186 / 1745-7580-2-2gydF4y2Ba 16635264gydF4y2Ba 1745-7580-2-2gydF4y2Ba PMC1479323gydF4y2Ba 中方通过gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 无事自扰gydF4y2Ba NgydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 开发表位保护分析工具，以促进基于表位的诊断和疫苗的设计gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2007gydF4y2Ba 09gydF4y2Ba 26gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 361gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-8-361gydF4y2Ba 17897458gydF4y2Ba 1471-2105-8-361gydF4y2Ba PMC2233646gydF4y2Ba 古普塔gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 卡普尔gydF4y2Ba PgydF4y2Ba 乔杜里gydF4y2Ba KgydF4y2Ba GautamgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 库马尔gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 开源药物发现联盟gydF4y2Ba RaghavagydF4y2Ba 全球定位系统(GPS)gydF4y2Ba 预测多肽和蛋白质毒性的计算机方法gydF4y2Ba 《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba 2013gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba e73957gydF4y2Ba 10.1371 / journal.pone.0073957gydF4y2Ba 24058508gydF4y2Ba 玉米饼- d - 13 - 21458gydF4y2Ba PMC3772798gydF4y2Ba 西弗斯gydF4y2Ba FgydF4y2Ba WilmgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba DineengydF4y2Ba DgydF4y2Ba 吉布森gydF4y2Ba TJgydF4y2Ba KarplusgydF4y2Ba KgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 洛佩兹gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 坎迪娅·迈克威廉gydF4y2Ba HgydF4y2Ba RemmertgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 草皮gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 汤普森gydF4y2Ba JDgydF4y2Ba 希金斯gydF4y2Ba DGgydF4y2Ba 使用Clustal Omega快速，可扩展生成高质量的蛋白质多序列比对gydF4y2Ba Mol系统生物学gydF4y2Ba 2011gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 539gydF4y2Ba 10.1038 / msb.2011.75gydF4y2Ba 21988835gydF4y2Ba msb201175gydF4y2Ba PMC3261699gydF4y2Ba 阿诺德gydF4y2Ba KgydF4y2Ba BordoligydF4y2Ba lgydF4y2Ba 科普gydF4y2Ba JgydF4y2Ba SchwedegydF4y2Ba TgydF4y2Ba SWISS-MODEL工作空间:一个基于网络的蛋白质结构同源建模环境gydF4y2Ba 生物信息学gydF4y2Ba 2006gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 195gydF4y2Ba 201gydF4y2Ba 10.1093 /生物信息学/ bti770gydF4y2Ba 16301204gydF4y2Ba bti770gydF4y2Ba BenkertgydF4y2Ba PgydF4y2Ba TosattogydF4y2Ba 南加州爱迪生公司gydF4y2Ba 才gydF4y2Ba DgydF4y2Ba QMEAN:模型质量评价的综合评分函数gydF4y2Ba 蛋白质gydF4y2Ba 2008gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 71gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 261gydF4y2Ba 77gydF4y2Ba 10.1002 / prot.21715gydF4y2Ba 17932912gydF4y2Ba 沈gydF4y2Ba YgydF4y2Ba MaupetitgydF4y2Ba JgydF4y2Ba DerreumauxgydF4y2Ba PgydF4y2Ba TufferygydF4y2Ba PgydF4y2Ba 肽和微蛋白结构预测的改进PEP-FOLD方法gydF4y2Ba 化学理论计算gydF4y2Ba 2014gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 14gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 4745gydF4y2Ba 58gydF4y2Ba 10.1021 / ct500592mgydF4y2Ba 26588162gydF4y2Ba 贝尔gydF4y2Ba JKgydF4y2Ba 宝途gydF4y2Ba 我gydF4y2Ba 大厅gydF4y2Ba 公关gydF4y2Ba 阿斯顿gydF4y2Ba JgydF4y2Ba ShiloachgydF4y2Ba JgydF4y2Ba 西格尔gydF4y2Ba DMgydF4y2Ba 戴维斯gydF4y2Ba 博士gydF4y2Ba toll样受体3配体结合域的分子结构gydF4y2Ba 美国国家科学研究院gydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 102gydF4y2Ba 31gydF4y2Ba 10976gydF4y2Ba 80gydF4y2Ba 10.1073 / pnas.0505077102gydF4y2Ba 16043704gydF4y2Ba 0505077102gydF4y2Ba PMC1182468gydF4y2Ba DuhovnygydF4y2Ba DgydF4y2Ba NussinovgydF4y2Ba RgydF4y2Ba 沃尔夫森gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 刚性分子的高效非绑定对接gydF4y2Ba 生物信息学中的算法。《侘2002。计算机科学课堂讲稿，第2452卷gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 生物信息学算法国际研讨会gydF4y2Ba 2002gydF4y2Ba 罗马,意大利gydF4y2Ba 柏林gydF4y2Ba 施普林格gydF4y2Ba 185gydF4y2Ba 200gydF4y2Ba 10.1007 / 3 - 540 - 45784 - 4 - _14gydF4y2Ba Schneidman-DuhovnygydF4y2Ba DgydF4y2Ba InbargydF4y2Ba YgydF4y2Ba NussinovgydF4y2Ba RgydF4y2Ba 沃尔夫森gydF4y2Ba HgydF4y2Ba PatchDock和SymmDock:用于刚性和对称对接的服务器gydF4y2Ba 核酸测定gydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 33gydF4y2Ba Web服务器问题gydF4y2Ba W363gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 10.1093 / nar / gki481gydF4y2Ba 15980490gydF4y2Ba 33 / suppl_2 / W363gydF4y2Ba PMC1160241gydF4y2Ba 胡gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 杨gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 夏gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 王gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 一种柔性肽连接子增强了两个拷贝的HBsAg preS1(21-47)融合蛋白的免疫反应性gydF4y2Ba 生物科技J》gydF4y2Ba 2004gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 107gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 83gydF4y2Ba 90gydF4y2Ba 10.1016 / j.jbiotec.2003.09.009gydF4y2Ba 14687974gydF4y2Ba S0168165603002517gydF4y2Ba HajighahramanigydF4y2Ba NgydF4y2Ba NezafatgydF4y2Ba NgydF4y2Ba 伊斯拉米gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba NegahdaripourgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba RahmatabadigydF4y2Ba 党卫军gydF4y2Ba GhasemigydF4y2Ba YgydF4y2Ba 一种新型抗金黄色葡萄球菌多表位肽疫苗的免疫信息学分析及硅晶设计gydF4y2Ba 感染Genet EvolgydF4y2Ba 2017gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 48gydF4y2Ba 83gydF4y2Ba 94gydF4y2Ba 10.1016 / j.meegid.2016.12.010gydF4y2Ba 27989662gydF4y2Ba s1567 - 1348 (16) 30528 - 7gydF4y2Ba 陈gydF4y2Ba XgydF4y2Ba ZarogydF4y2Ba 莱托gydF4y2Ba 沈gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 融合蛋白连接物:性质、设计和功能gydF4y2Ba Adv药物输送gydF4y2Ba 2013gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 65gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 1357gydF4y2Ba 69gydF4y2Ba 10.1016 / j.addr.2012.09.039gydF4y2Ba 23026637gydF4y2Ba s0169 - 409 x 00300 - 6 (12)gydF4y2Ba PMC3726540gydF4y2Ba 斯利瓦斯塔瓦gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba KamthaniagydF4y2Ba 米gydF4y2Ba Kumar PandeygydF4y2Ba RgydF4y2Ba Kumar SaxenagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba SaxenagydF4y2Ba VgydF4y2Ba Kumar辛格gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba Kumar沙玛gydF4y2Ba RgydF4y2Ba 沙玛gydF4y2Ba NgydF4y2Ba 针对严重急性呼吸综合征的新型多表位疫苗设计通过多阶段分子相互作用和动力学验证gydF4y2Ba 生物ol结构动力学gydF4y2Ba 2019gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 37gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 4345gydF4y2Ba 4360gydF4y2Ba 10.1080 / 07391102.2018.1548977gydF4y2Ba 30457455gydF4y2Ba 斯利瓦斯塔瓦gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba KamthaniagydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 辛格gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba SaxenagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 沙玛gydF4y2Ba NgydF4y2Ba 硅法制备中东呼吸综合征多表位疫苗的结构基础gydF4y2Ba 印尼盾gydF4y2Ba 2018gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 卷11gydF4y2Ba 2377gydF4y2Ba 2391gydF4y2Ba 10.2147 / idr.s175114gydF4y2Ba GasteigergydF4y2Ba EgydF4y2Ba HooglandgydF4y2Ba CgydF4y2Ba GattikergydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba DuvaudgydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 威尔金斯gydF4y2Ba 先生gydF4y2Ba AppelgydF4y2Ba 理查德·道金斯gydF4y2Ba BairochgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 沃克gydF4y2Ba JMgydF4y2Ba ExPASy服务器上的蛋白质鉴定和分析工具gydF4y2Ba 蛋白质组学协议手册gydF4y2Ba 2005gydF4y2Ba 风险中,新泽西gydF4y2Ba 胡玛纳出版社gydF4y2Ba 571gydF4y2Ba 607gydF4y2Ba NagpalgydF4y2Ba GgydF4y2Ba 古普塔gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 乔杜里gydF4y2Ba KgydF4y2Ba DhandagydF4y2Ba SKgydF4y2Ba 普拉卡什gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba RaghavagydF4y2Ba 全球定位系统(GPS)gydF4y2Ba 疫苗:基于寡核苷酸的疫苗佐剂的预测、设计和全基因组筛选gydF4y2Ba Sci代表gydF4y2Ba 2015gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 12478gydF4y2Ba 10.1038 / srep12478gydF4y2Ba 26212482gydF4y2Ba srep12478gydF4y2Ba PMC4515643gydF4y2Ba DhandagydF4y2Ba SKgydF4y2Ba 梵gydF4y2Ba PgydF4y2Ba RaghavagydF4y2Ba 全科医生gydF4y2Ba 干扰素诱导MHC ii类结合剂的设计gydF4y2Ba 杂志直接gydF4y2Ba 2013gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba 10.1186 / 1745-6150-8-30gydF4y2Ba 24304645gydF4y2Ba 1745-6150-8-30gydF4y2Ba PMC4235049gydF4y2Ba 萨哈gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba RaghavagydF4y2Ba 全球定位系统(GPS)gydF4y2Ba AlgPred:致敏蛋白的预测和IgE表位的定位gydF4y2Ba 核酸测定gydF4y2Ba 2006gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 34gydF4y2Ba Web服务器问题gydF4y2Ba W202gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 10.1093 / nar / gkl343gydF4y2Ba 16844994gydF4y2Ba 34 / suppl_2 / W202gydF4y2Ba PMC1538830gydF4y2Ba DoytchinovagydF4y2Ba 我gydF4y2Ba 花gydF4y2Ba 博士gydF4y2Ba VaxiJen:用于预测保护性抗原、肿瘤抗原和亚单位疫苗的服务器gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2007gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-8-4gydF4y2Ba 17207271gydF4y2Ba 1471-2105-8-4gydF4y2Ba PMC1780059gydF4y2Ba 罗伊gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba KucukuralgydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 张gydF4y2Ba YgydF4y2Ba I-TASSER:自动化蛋白质结构和功能预测的统一平台gydF4y2Ba Nat ProtocgydF4y2Ba 2010gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 725gydF4y2Ba 38gydF4y2Ba 10.1038 / nprot.2010.5gydF4y2Ba 20360767gydF4y2Ba nprot.2010.5gydF4y2Ba PMC2849174gydF4y2Ba 徐gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 通过两步原子级能量最小化来提高蛋白质模型的物理真实性和结构精度gydF4y2Ba Biophys JgydF4y2Ba 2011gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 16gydF4y2Ba 101gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 2525gydF4y2Ba 34gydF4y2Ba 10.1016 / j.bpj.2011.10.024gydF4y2Ba 22098752gydF4y2Ba s0006 - 3495 (11) 01245 - 8gydF4y2Ba PMC3218324gydF4y2Ba KogydF4y2Ba JgydF4y2Ba 公园gydF4y2Ba HgydF4y2Ba HeogydF4y2Ba lgydF4y2Ba SeokgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 用于蛋白质结构预测和细化的GalaxyWEB服务器gydF4y2Ba 核酸测定gydF4y2Ba 2012gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 40gydF4y2Ba Web服务器问题gydF4y2Ba W294gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 10.1093 / nar / gks493gydF4y2Ba 22649060gydF4y2Ba gks493gydF4y2Ba PMC3394311gydF4y2Ba 王gydF4y2Ba ZgydF4y2Ba 徐gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 利用进化和物理约束的整数规划预测蛋白质接触图gydF4y2Ba 生物信息学gydF4y2Ba 2013gydF4y2Ba 07gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 29gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba i266gydF4y2Ba 73gydF4y2Ba 10.1093 /生物信息学/ btt211gydF4y2Ba 23812992gydF4y2Ba btt211gydF4y2Ba PMC3694661gydF4y2Ba 胫骨gydF4y2Ba WHgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba GRgydF4y2Ba HeogydF4y2Ba lgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba HgydF4y2Ba SeokgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 通过GALAXY蛋白质建模程序预测蛋白质结构和相互作用gydF4y2Ba 个人简历设计gydF4y2Ba 2014gydF4y2Ba 03gydF4y2Ba 31gydF4y2Ba 2gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 洛弗尔gydF4y2Ba SCgydF4y2Ba 戴维斯gydF4y2Ba 信息战gydF4y2Ba ArendallgydF4y2Ba 白平衡gydF4y2Ba de赞美上帝gydF4y2Ba PIWgydF4y2Ba 词gydF4y2Ba JMgydF4y2Ba PrisantgydF4y2Ba 毫克gydF4y2Ba 理查森gydF4y2Ba JSgydF4y2Ba 理查森gydF4y2Ba 直流gydF4y2Ba 通过Calpha几何结构验证:phi,psi和Cbeta偏差gydF4y2Ba 蛋白质gydF4y2Ba 2003gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 50gydF4y2Ba 3.gydF4y2Ba 437gydF4y2Ba 50gydF4y2Ba 10.1002 / prot.10286gydF4y2Ba 12557186gydF4y2Ba RamakrishnangydF4y2Ba CgydF4y2Ba 拉玛钱德朗gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 多肽和蛋白质链构象的立体化学标准gydF4y2Ba Biophys JgydF4y2Ba 1965gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 5gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 909gydF4y2Ba 933gydF4y2Ba 10.1016 / s0006 - 3495 (65) 86759 - 5gydF4y2Ba KringelumgydF4y2Ba 合资企业gydF4y2Ba LundegaardgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 隆德gydF4y2Ba OgydF4y2Ba 尼尔森gydF4y2Ba 米gydF4y2Ba 可靠的B细胞表位预测:方法开发和改进的基准测试的影响gydF4y2Ba PLoS计算生物学gydF4y2Ba 2012gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba e1002829gydF4y2Ba 10.1371 / journal.pcbi.1002829gydF4y2Ba 23300419gydF4y2Ba pcompbiol - d - 12 - 00306gydF4y2Ba PMC3531324gydF4y2Ba PonomarenkogydF4y2Ba JgydF4y2Ba 中方通过gydF4y2Ba HgydF4y2Ba 李gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 无事自扰gydF4y2Ba NgydF4y2Ba 伯恩gydF4y2Ba PgydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba ElliPro:一种新的基于结构的抗体表位预测工具gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2008gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 02gydF4y2Ba 9gydF4y2Ba 514gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-9-514gydF4y2Ba 19055730gydF4y2Ba 1471-2105-9-514gydF4y2Ba PMC2607291gydF4y2Ba KriegergydF4y2Ba EgydF4y2Ba VriendgydF4y2Ba GgydF4y2Ba 促进分子动力学模拟的新方法gydF4y2Ba 计算化学gydF4y2Ba 2015gydF4y2Ba 05gydF4y2Ba 15gydF4y2Ba 36gydF4y2Ba 13gydF4y2Ba 996gydF4y2Ba 1007gydF4y2Ba 10.1002 / jcc.23899gydF4y2Ba 25824339gydF4y2Ba PMC6680170gydF4y2Ba 麦尔gydF4y2Ba 晶澳gydF4y2Ba 马丁内斯gydF4y2Ba CgydF4y2Ba KasavajhalagydF4y2Ba KgydF4y2Ba WickstromgydF4y2Ba lgydF4y2Ba 豪泽gydF4y2Ba 柯gydF4y2Ba SimmerlinggydF4y2Ba CgydF4y2Ba ff14SB:提高ff99SB中蛋白质侧链和骨架参数的准确性gydF4y2Ba 化学理论计算gydF4y2Ba 2015gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 8gydF4y2Ba 3696gydF4y2Ba 713gydF4y2Ba 10.1021 / acs.jctc.5b00255gydF4y2Ba 26574453gydF4y2Ba PMC4821407gydF4y2Ba 情况下gydF4y2Ba DgydF4y2Ba BabingydF4y2Ba VgydF4y2Ba 由漫画家gydF4y2Ba JTgydF4y2Ba 贝茨gydF4y2Ba RMgydF4y2Ba 蔡gydF4y2Ba 问gydF4y2Ba CeruttigydF4y2Ba DSgydF4y2Ba 安德拉三世gydF4y2Ba TEgydF4y2Ba 达顿商学院gydF4y2Ba 助教gydF4y2Ba 杜克大学gydF4y2Ba 再保险gydF4y2Ba GohlkegydF4y2Ba HgydF4y2Ba GoetzgydF4y2Ba 亚历山大-伍尔兹gydF4y2Ba 琥珀14gydF4y2Ba 2014gydF4y2Ba 2020-05-29gydF4y2Ba FF14SB力场gydF4y2Ba https://ambermd.org/doc12/Amber14.pdfgydF4y2Ba ToukmajigydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba SaguigydF4y2Ba CgydF4y2Ba 董事会gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 达顿商学院gydF4y2Ba TgydF4y2Ba 固定和诱导偶极相互作用的有效粒子网格Ewald方法gydF4y2Ba 化学物理杂志gydF4y2Ba 2000gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 113gydF4y2Ba 24gydF4y2Ba 10913gydF4y2Ba 10927gydF4y2Ba 10.1063/1.1324708gydF4y2Ba MorlagydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba MakhijagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 库马尔gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 狂犬病毒糖蛋白基因的同义密码子使用模式gydF4y2Ba 基因gydF4y2Ba 2016gydF4y2Ba 06gydF4y2Ba 10gydF4y2Ba 584gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 1gydF4y2Ba 6gydF4y2Ba 10.1016 / j.gene.2016.02.047gydF4y2Ba 26945626gydF4y2Ba s0378 - 1119 (16) 30143 - 3gydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba XgydF4y2Ba 吴gydF4y2Ba 年代gydF4y2Ba 李gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 侯gydF4y2Ba lgydF4y2Ba 妈gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 刘gydF4y2Ba WgydF4y2Ba 任gydF4y2Ba DgydF4y2Ba 朱gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 他gydF4y2Ba FgydF4y2Ba 基于密码子对偏好的大肠杆菌稀有密码子的计算鉴定gydF4y2Ba BMC生物信息学gydF4y2Ba 2010gydF4y2Ba 01gydF4y2Ba 28gydF4y2Ba 11gydF4y2Ba 61gydF4y2Ba 10.1186 / 1471-2105-11-61gydF4y2Ba 20109184gydF4y2Ba 1471-2105-11-61gydF4y2Ba PMC2828438gydF4y2Ba 热那亚gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 西德尼gydF4y2Ba JgydF4y2Ba 张gydF4y2Ba YgydF4y2Ba 本篇报告gydF4y2Ba RHgydF4y2Ba 彼得斯gydF4y2Ba BgydF4y2Ba SettegydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 序列同源性和生物信息学方法可以预测SARS-CoV-2免疫应答的候选靶点gydF4y2Ba 细胞宿主微生物gydF4y2Ba 2020gydF4y2Ba 04gydF4y2Ba 08gydF4y2Ba 27gydF4y2Ba 4gydF4y2Ba 671gydF4y2Ba 680. e2gydF4y2Ba 10.1016 / j.chom.2020.03.002gydF4y2Ba 32183941gydF4y2Ba s1931 - 3128 (20) 30166 - 9gydF4y2Ba PMC7142693gydF4y2Ba 薛定谔gydF4y2Ba 2020-05-29gydF4y2Ba PyMOL分子图形系统，2.0版gydF4y2Ba https://www.schrodinger.com/pymolgydF4y2Ba 拉斯科夫斯基gydF4y2Ba 类风湿性关节炎gydF4y2Ba 哈钦森gydF4y2Ba EgydF4y2Ba 米奇gydF4y2Ba 广告gydF4y2Ba 华莱士gydF4y2Ba 交流gydF4y2Ba 琼斯gydF4y2Ba 毫升gydF4y2Ba 桑顿gydF4y2Ba JMgydF4y2Ba PDBsum:基于web的数据库，对所有PDB结构进行总结和分析gydF4y2Ba 生物化学gydF4y2Ba 1997gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 22gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 488gydF4y2Ba 490gydF4y2Ba 10.1016 / s0968 - 0004 (97) 01140 - 7gydF4y2Ba
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